創立北京大學中國經濟研究中心
1994年8月，林毅夫與易綱、海聞、張維迎、張帆和餘明德6人在北京大學創辦中國經濟研究中心，林毅夫出任主任，是中國經濟學研究的最前沿，也一直是中國政府決策部門重要的智庫之一。
“下個世紀將是中國經濟學家的世紀。”
這是15年前，北京大學中國經濟研究中心(CCER)主任林毅夫在中心成立之初的一句豪言。幾乎所有的人都隻把它當作一句祝詞時，林毅夫和易綱、海聞等初創元老卻把它當作CCER奮鬥目標，開始了迄今十幾年的實踐。
1992年，40歲出頭的林毅夫和吳敬璉同獲中國經濟學界最高獎--“孫冶方經濟學獎”。1993年，他又被授予國家級有突出貢獻的青年科學家稱號，同年他獲得美國明尼蘇達大學國家糧食和農業研究中心政策論文獎和香港中文大學“大衛·萊姆經濟學家”榮譽稱號，及美國中國經濟學會授予的終身成就會員榮譽。
當年6月，林毅夫和蔡妨、李周共同完成了以“比較優勢戰略”理論模型闡釋中國改革的專著《中國的奇跡:發展戰略與經濟改革》，3個月內一銷而空，成了學習中國經濟改革的一本必讀書，此後暢銷10年。
北京大學中國經濟研究中心的宣傳資料說，“這位芝加哥大學經濟學博士、諾貝爾獎獲得者舒爾茨的弟子，為了在中國建立一座像世界經濟學'重鎮'芝加哥大學經濟係那樣的學術機構，醞釀了多年。現在，終於和同歲的海聞、36歲的易綱、35歲的張維迎走到了一塊，實現了願望的第一步。”
林毅夫本人將自己歸入鴉片戰爭後的第六代中國知識分子。從清朝的林則徐、魏源等人的“師夷長技以製夷”，到曆經維新時期的康有為、梁啟超、嚴複，再到孫中山，到陳獨秀、李大釗和毛澤東，到馬克思的追隨者，經曆了向西方學習物質技術、政治製度、文化民主、革命理論的過程。
林毅夫認為，與前五代相比，他們這一代向西方學習隻是一種研究方法。“西方的理論和經驗在我的知識結構中不起決定性作用，而現在恰恰是中國自身的經濟發展已在世界上創造了奇跡，我們要做的是研究它並且提升它為理論。”
當初決定回國時，有人勸他，回去後就很難看到珍貴的文獻了，對研究不利。林毅夫稱:“我從來就不是從文獻出發的。”
當年，林毅夫、易綱和張維迎，分別從北京、美國和英國趕到海南，參加一個經濟學研討會。共同的理想讓他們一拍即合，決定創辦一個獨立於政府機構，專門吸收歸國學者進行研究和教學的機構。他們給這個機構取名中國經濟研究中心，這是中國第一個由歸國學者成立的獨立研究機構。
在北京大學的努力下，幾個學者的研究中心最終選址北大。離開12年後，林毅夫以研究中心主任的身份，重回北大。
1994年8月17日，北京大學第347次校長辦公會議經研究決定，成立北京大學中國經濟研究中心，明確中心為實體機構。同時任命林毅夫為中心主任，易綱和海聞為中心副主任。
同月下旬，林毅夫離開國務院發展研究中心，回北京大學上班，易綱、海聞、張維迎、張帆、餘明德學成回國後到該中心工作。9月，該中心為經濟學院和管理學院開設了宏觀經濟學、微觀經濟學、計量經濟學和發展經濟學4門課程。