1987年，就在林毅夫應該回國的前一個多月，他突然音訊皆無。
他的導師董文俊這個月沒有收到林毅夫一封信。“怪了，傳說快要回來了，也不來信，哎喲，我那時候真有點打鼓了。雖然別人問我我還說，不會，他會回來，一直打鼓，打鼓。我沒事就想，這要不回來，真是太遺憾了。”
就在董文俊也開始懷疑林是否會回國時，突然收到一封電報，署名林毅夫。
電報中說第二天晚上11點左右，林毅夫會到達北京。原來最後一個月，林毅夫覺得周圍有點異常，害怕安全出現問題，“是登機牌拿到以後，才給我發的電報。”董文俊回憶。
和林毅夫一起回國的還有30箱英文資料，為了攜帶這些資料回到北京，經濟上算不上富裕的林毅夫花了不少托運費。幾經波折，但林毅夫還是成為中國改革開放後第一位回國的經濟學博士。
很久以後，林毅夫在電視上，對著喜歡他的學生和普通觀眾稱，“在美國當然可以當老師也可以在金融機構工作，但從我個人來講的話，回到國內我內心的滿足會大很多，而且國內呢是處在一個快速發展、快速轉型時期，如果自己能參與的話，這是一個千載難逢的機會。所以我想，對我選擇回來這是應該講不需要考慮的事情，必然是要這麼做的事情。”
當然，也有許多人為他惋惜--中國幾乎沒有研究夥伴，沒有討論和交流，甚至資料都難以搜集。“(這些)我都知道。可研究是什麼?就是要對不能解釋的現象給出合理的解釋。中國有的是這樣的經濟現象，這是最重要的。”林毅夫說，關於回來的決定，他“一點掙紮都沒有”。
有記者追問:“你追求的是什麼樣的滿足感?”
林毅夫答道:“我想說當然今天回過頭來看當時的決策是對的，因為現在呢這個社會發展得非常的好，那我隻能這樣說我是比較運氣，這個時代給了我很多機會。但我並不是說因為一定這個時代會給我什麼我才去做什麼，我想更重要的是要追求的，要問的是自己能做什麼。”①
回國後，林毅夫擔任國務院農村發展研究中心發展研究所副所長，同時兼任北京大學副教授。
北京大學本有希望留下這位曾經“冒險”破格錄取、辛苦培養的學生，但因為一套房子，林毅夫和北大擦肩而過。
“小林拖家帶口的，的確需要一套房子，但當時的北大解決不了。”董文俊說，當時北大房子很緊張，很多當了幾十年的老教師都沒有解決住房，給一個剛畢業的小年輕分套房，實在說不過去。
但在20世紀80年代，房子可是大學機構中最稀缺的資源。為了林毅夫回北大的事情，董文俊四下奔波，還專門跑到校黨委書記那裏要房。書記兩手一攤:實在沒房。
與北大擦肩而過後，林毅夫又站在人生的十字路口。他麵臨一個選擇，為官，還是做學者。當時有兩個機構向林毅夫伸出了橄欖枝，一個是國務院農村發展研究中心，邀請他到農村發展研究所任副所長。一個是國家教委，邀請他到教委國際合作司當司長。
當時的國內經濟學界，林毅夫雖然隻是一個新人，但已經有了一些名氣。回國之後，還不時有國外的大學邀請他去講課。雖然暫別燕園，林毅夫卻對有一天能再回北大念念不忘。
“小林來找我商量，我建議他，如果當了官，這麼多年的學問不是白做了，但我沒給他直接的建議。”董文俊說。
最終，林毅夫選擇到國務院農村發展研究中心工作，堅持了他的學術夢想。