9月7日，美軍以美艦護航，組成一支海上大編隊。美國軍艦配置在海上編隊左、右兩側護航，把蔣軍艦隻和運輸船隻夾在中間，美艦和蔣軍艦隻相距僅2海裏，由台灣向金門開來。情況複雜化了，美軍已經卷入，怎麼辦？打不打？葉飛立即請示毛澤東。毛澤東回答：“照打不誤。”
葉飛又請示：“是不是連美艦一起打？”
毛澤東回答：“隻打蔣艦，不打美艦。”
葉飛為了準確執行命令，又請示：“我們不打美艦，但如果美艦向我開火，我們是否還擊？”
毛澤東明確回答：“沒有命令不準還擊。”
葉飛嚴格按照毛澤東的命令，這一下他就極為緊張了，因為要嚴格執行這一命令，隻打蔣艦，不準打美艦，這很不好辦。美艦和蔣艦相距僅2海裏，如果哪一個炮群瞄準不確，稍有誤差，就會打到美艦。至於如美艦向我開炮，我不予還擊，這倒還比較好辦。
葉飛親自向三十一軍及各炮兵群傳達了毛澤東的命令。各炮群接到葉飛傳達的這個命令，都吃驚了，紛紛追問。葉飛又把毛澤東的命令複述一次，並問各炮群是否都聽清楚了，明白了？各炮群回答聽清楚了，明白了，按毛主席的命令嚴格執行。葉飛這才鬆了一口氣。
9月8日，美國第七艦隊旗艦“海倫娜”號巡洋艦親自出馬，率領6艘驅逐艦為蔣軍護航前往金門執行補給任務，當我軍炮火向蔣軍艦船和金門島發起壓倒性炮火打擊時，發生了戲劇性的場麵，美國海軍特混艦隊在旗艦的率領下急忙調轉航向向外海駛去，把中彈累累的國民黨軍艦丟在一旁。
葉飛在前線指揮所裏從望遠鏡看到美艦在我猛烈炮火之下溜走的情形時，大感意外。直到後來葉飛才明白原來毛澤東命令對美艦與蔣艦區別對待的深遠涵義，即試探美蔣共同防禦條約的效力究竟有多大，美軍在台灣海峽的介入究竟到了什麼程度，也就是毛澤東所說的著名的“絞索政策”。
至此，葉飛在指揮部隊進行炮擊時，對蔣艦與美艦嚴格區分，即“隻打蔣艦，不打美艦”。美艦入侵我領海，我有權自衛，但也不一定馬上打炮，可以先發出警告，相機行事。對外宣傳時要強調台灣及沿海島嶼是中國領土，炮打金、馬是懲罰蔣軍，同時也是試探美國的真實態度。
按照毛澤東的分析，讓金、馬留在蔣介石手裏，這樣做的好處是金、馬離大陸很近，我們可以通過這裏同國民黨保持接觸，什麼時候需要，就什麼時候打炮，什麼時候緊張一點就把絞索拉緊一點，什麼時候需要緩和一下就把絞索放鬆一下，不死不活的吊在那裏，可以作為對付美國人的一個手段。對於我們來說，不收複金、馬，並不影響我們建設社會主義。僅僅是駐守金、馬的蔣軍，也不致於對福建造成多大的危害。反之，如果我們收複金、馬，或者讓美國人迫使蔣介石從金、馬撤退，我們就少了一個對付美、蔣的憑借，事實上形成了兩個中國。
讓台灣軍隊繼續留在金門、馬祖，避免了形成兩個中國的被動局麵。後來，毛澤東在幾次中央會議上提到炮打金門，他說：“炮擊金門，就是要幫助蔣介石守好金門。”
炮擊金門逐步發展成為政治鬥爭和外交鬥爭，而且變成一個長期鬥爭了。在軍事上的鬥爭形式，就是單日打，雙日不打。金門炮戰從1958年秋冬一直延續到1979年元旦，整整打了20年，這種奇特的戰爭方式，真是古今中外戰爭史上所罕見。每當人們談及這場當年轟動世界的事件時，就很自然地提到它的指揮者葉飛。金門炮戰是毛澤東親自指揮下進行的，同時它也是葉飛軍事生涯中最璀璨的一筆。