9日晚十一點，答複書送到日本使館。為了彌補袁世凱損毀的聲威，使他的“高大”形象不致矮小，其黨羽群相致電祝賀，同聲頌揚“元首外交成功”，發散“雙方交讓，東亞幸福”的傳單，甚至還有主張開提燈會進行慶祝的。
13日，外交部向各國宣布中日交涉始末，說明中國接受日本要求係出於被迫；同時聲明，如果列強的門戶開放、利益均等原則因此而受到影響，並非中國所致，中國不能負責。
14日，袁世凱就“二十一條”問題向全國百官職司發出一道密諭，要求大家“日以‘亡國滅種’四字懸諸心目，激發天良，屏除私見，各盡職守，協力程功”，“苟利於國，死生以之”。
5月25日，雙方正式簽約，除第五號日後另行協商、第四號袁世凱以命令形式宣布外，其餘各條內容大都包括在內。正式簽約後的條文已不再是二十一條，但關於此次交涉，大家習慣上仍稱之為“二十一條”。
據雲，袁世凱在條約簽後，即想好了破壞條約的法子，對人說：“我已籌畫好了：（1）購地、租地，我叫他一寸地都買不到手。（2）雜居，我叫他一走出附屬地，即遇危險。（3）警察顧問用日本人，用雖用他，月間給他幾個錢便了，顧不顧、問不問，權卻在我。我看用行政手段可以破壞條約，用法律破壞不了。又其他各條，我都有破壞之法。”
袁世凱出賣國家、民族權益，激起全國人民無比憤慨。在談判過程中，人民群起向政府提出嚴厲質問，堅決反對與日本簽約。各地掀起了空前的大規模的抵製日貨運動、救國儲金運動和反對賣國的怒潮。海外華僑競相彙款回國，留日學生組織了歸國請願團，請求抗日救國。散布傳單，開會演說，自願參軍，斷指血書，到處都有。人民悲憤到極點，為捍衛國家和民族利益而獻身的情緒也激昂到極點。
袁世凱非但不支持人民，反而以“外交秘密”搪塞人民的質問，下令禁止抵製日貨。3月25日竟發布命令說：“中國與日本地居唇齒，素敦友睦。近有協議案件，外交部與駐京日使掬誠磋商，可望和平解決。乃商民不悉內容，多生誤會，聞有排斥日貨及有與僑寓日人偶生齟齬之事，殊為可惜。又有亂黨包藏禍心，乘隙煽惑，尤堪痛恨。……各將軍、巡按使等有地方之責，務宜隨時考查，剴切諭禁，認真防範。倘有亂徒假托名目擾亂治安，著即嚴拿懲辦！”妄圖用專政手段把轟轟烈烈的愛國運動鎮壓下去。
但他的花言巧語騙不了人民，暴力鎮壓嚇不倒人民，人民繼續抵製日貨，為維護國權、挽救危亡而奔走呼號。當承認最後通牒的消息傳出，人民怒不可遏，紛紛召開大會，誓死反對“二十一條”，規定5月9日為“國恥紀念日”，要求嚴懲賣國賊，背城一戰。人民的強烈愛國熱情感染了一部分官僚、軍閥，他們也反對在“二十一條”上簽字。
袁世凱目睹群情激憤，如果持續下去，必然危及自己的統治，於簽字的次日又下一個申令，說什麼“昨經簽約，和平解決，……雙方修好，東亞之福，兩害取輕，當能共喻。……顧謀國之道，當出萬全而不當擲孤注，貴蓄實力而不貴騖虛聲。”
公然把簽訂條約謂之“東亞之福”，以計出“萬全”為自己的行為辯護。接著話頭一轉便殺氣騰騰地叫嚷：“乃有倡亂之徒，早巳甘心賣國，而於此次交涉之後，反借以為辭，糾合匪黨，詩張為幻，或謂失領土，或謂喪主權，種種造謠，冀遂其煽亂之私。此輩平日行為，向以傾覆祖國為目的，而其巧為嚐試，欲乘國民之憤慨，借簧鼓以開釁端，其居心至為陰狠。
若不嚴密防範，恐殃及良善，為患地方，尤恐擾害外人，牽動大局。著各省文武各官認真查禁，勿得稍涉大意，致擾治安。倘各該管地方遇有亂徒借故暴動，以及散布傳單、煽惑生事，立即嚴拿懲辦！並隨時曉諭商民，切勿受其愚惑。……切不可徒逞血氣，任意浮囂，甲午、庚子覆轍不遠，凡我國民，其共戒之！”轉而把矛頭指向革命黨人，企圖轉移全國人民的視線。
6月29日，袁世凱又申令說：“中外互市，有無相通”，“設有抵製，即雙方同受其害”，“一朝之忿，明哲不取。”要人民放棄愛國鬥爭，取悅於日本帝國主義。
袁世凱用一係列實際行動，把自己所說的什麼“務必認此次接受日本要求為奇恥大辱”，什麼“日以‘亡國滅種’四字懸諸心目，激發天良”，什麼“毋忘五月七日之事”等等偽言，統統徹底戳穿了。
“二十一條”雖然簽訂了，可是，在全中國人民的堅決反對下，日本帝國主義的侵略陰謀始終未能實現。