二次革命失敗，袁世凱在國內實行黑暗的獨裁統治，資產階級革命派遭到嚴重迫害，軍隊潰散、黨人星散，中國上空，封建帝製的陰雲迅速凝聚。在這嚴重關頭，國民黨內部思想混亂，意見分歧，加上生活困難，互相詬誶，20年來之革命精神與革命團體，幾乎一蹶不振。亡命日本的多數國民黨人對革命和討袁失去信心，悲觀失望情緒甚濃。其中少數黨員或因絕望而離開國民黨，或為謀取官祿而投靠袁世凱。孫中山並沒灰心喪氣，也沒有被袁世凱的囂張氣勢所嚇倒，自東渡以來，夙夜以國事為念。他急需重整旗鼓，更急需一批堅定的骨幹分子，因此，戴季陶的到來，使孫中山喜出望外，他要戴季陶繼續當他的機要秘書。
孫中山為了安置同誌培養幹部，以繼續進行革命，與黃興、李烈鈞等在日本辦了兩所學校，其一為軍事研習所，對外稱“浩鈦廬”，其二為政法學校。前者研究軍事，後者則學習政治、法律。
二次革命的失敗，給孫中山以很大的觸動，他花很大的精力，認真總結革命失敗的經驗教訓。他認為革命的失敗，非袁氏兵力之強，乃同黨人心之渙散，意見之分歧，步驟淩亂，黨魁則等於傀儡，黨員則等於散沙，既無團結自治之精神，複無奉令承教之美德。特別重要的是國民黨在二次革命中，號令不能統一，事黨魁未能服從。他特別責備黃興，自辛亥革命後，許多作法違背他的意願。正因為這些原因，革命才遭致失敗。為了重新集結革命力量，孫中山決定另組一個黨，以重新煥發革命精神，這個黨要忠於革命領袖。孫中山決定把國民黨改組為中華革命黨。
孫中山規定：誌願參加中華革命黨者，必須有誌於革命救國，為國民謀自由平等，必須各具誓約，必須服從黨魁—人命令，並須在誓約上用中指按上指印，以誌矢忠，為挽救祖國，犧牲一切。無疑，這裏存在著矯枉過正之弊，這套絕對服從領袖和打指模表忠心的辦法，近乎專製和迷信，是有悖於民主精神的。但孫中山旨在團結同誌，加強黨內統一，以便再接再勵，堅持討袁鬥爭。
黃興、李烈鈞、柏文蔚、陳炯明、譚人鳳、熊克武等人都不同意這樣的做法。他們認為袁世凱鎮壓“二次革命”得逞，其勢力正如日中天，須緩待機而動。他們對孫中山等積極組織新黨，亟謀在國內迅舉義幟，以推翻袁世凱專製統治，抱反對態度，被稱為“緩進派”。
孫中山則對形勢始終抱樂觀態度，認為有誌竟成。他說：“惟我輩既以擔當中國改革發展為己任，雖石爛海枯，而此身尚存，此心不死，既不可以失敗而灰心，亦不能以困難而縮步。精神貫注，猛力向前，應乎世界進步之潮流，合乎善長惡消之天理，則終有最後成功之一日。既使及身而不能成，四億蒼生當亦有聞風而興起者，毋怯也！此次失敗以後，自表麵觀之，已覺勢力全歸烏有，而實則內地各處，其革命分子較之湖北革命前，不啻萬倍。而袁氏之種種政策，尚能力為民國製造革命黨。”
黃興等人認為，逃亡日本的黨人，都是被袁世凱所通緝的，不應在這個非常時期對他們嚴格要求，而應該在現在的基礎上，發展和鞏固反袁力量。黃興等對黨員入黨必須服從黨魁一人命令表示異議，認為黨員入黨並非為某一領袖服務，而是效力於革命事業。入黨要在誓約上按捺指模，是對黨人人格之侮辱。
孫中山對黨員必須服從黨魁一人解釋說：“此次組織，其所以必誓服從弟一人者，原第一次革命之際及第二次之時，黨員皆獨斷獨行，各為其是，無複統一。識者論吾黨之失敗，無不歸於渙散，誠為確當。即如南京政府之際，弟為總統，乃同木偶，一切皆不由弟主張。關於袁世凱受命為總統一事，袁氏自稱受命於隆裕，意謂非受命於民國。弟當時憤而力爭之，以為名分大義所關，寧複開戰，不得放任，以開專恣橫行之漸。乃當時，同誌鹹責備弟，且大為反對。其餘建都南京，乃飭袁氏南下受職兩事。弟當時主張極力，又為同誌反對。第二次革命之前，有宋案之發生，弟當時即力主開戰，克強不允，卒遷延時日，以致於開戰即敗。可知不統一服從，實無事不立於敗衄之地位。”
為了籌建中華革命黨，孫中山17次召集會議，討論建黨方案和原則。黃興等人堅持自己的觀點，並請人婉勸孫中山改變自己的主張。但是，孫中山意誌異常堅決。
黃興覺得這樣相持下去，恐與孫中山的矛盾加深，而削弱革命的力量，給袁世凱以可乘之隙，於是，他決定以療養胃病為名，離日遊美，使孫中山行其所是。
1914年3月，黃興在孫中山直接安排下，攜夫人徐宗漢、幼子一美、翻譯徐申伯、唐月池、秘書石陶鈞、李書城等人，乘日輪赴美。
中華革命黨從1913年9月下旬開始吸收黨員，至1914年4月中旬，已發展黨員500餘人，最早入黨的有廖仲愷、陳其美、戴季陶、朱執信、胡漢民、林伯渠、汪精衛、何香凝、鄧仲元等等。
1914年6月22日，中華革命黨在東京召開第一次大會，到會的有8省成員。會議選舉孫中山為總理。7月8日，在東京駐地精養軒召開中華革命黨成立大會。在大會上，孫中山就總理職，並宣讀誓言：
立誓人孫中山，為救中國危亡，拯生民困苦，願犧牲一己之生命自由權利，統率同誌，再舉革命，務達民權、民生兩主義，並創製五權憲權，使政治修明，民生樂利，措國基於鞏固，維世界之和平，特誠謹矢誓如左：
（1）實行宗旨。
（2）慎施命令。
（3）盡忠職務。
（4）嚴守秘密。
（5）誓共生死。
從茲永守此約，至死不渝，如有二心，甘受極刑。中華民國廣東香山縣孫中山（指模）。民國3年7月8日立。
會上，公布了孫中山手訂《中華革命黨總章》，黨的宗旨是：實行民權民生兩主義，掃除專製政治，建設完全民國為目的。
會議選定黨的領導機構，設協理一職，由黃興和做過都督的國民黨員擔任，目的是團結不同意見的國民黨高級幹部。陳其美為總務部長，居正為黨務部長，許崇清為軍事部長，鄧仲元為軍事部副部長，胡漢民為政治部長，楊庶堪為副部長，張靜江為財政部長，廖仲愷為副部長。
9月1日，發表《中華革命黨宣言》，並通告美洲和南洋各地黨組織，將國民黨改組為中華革命黨，都依《總章》第七條規定填寫誓約，履行入黨手續。
中華革命黨除設軍事研習所和政法學校外，於5月創辦機關刊物《民國雜誌》，進行政治宣傳。《民國雜誌》由胡漢民任總編輯，居正為發行人。撰述人有朱執信、田桐、蘇曼殊、戴季陶、邵元衝、鄒魯、葉複聲等。
孫中山在海外立黨開會之時，國內形勢卻急轉直下。袁世凱稱帝後，國內很快反對聲一浪超過一浪，表麵支持帝製的蔡鍔和唐繼堯在雲南宣布起義，發動護國戰爭，討伐袁世凱。
貴州、廣西相繼響應，日本進行“倒袁”活動並扶植親日中央政府， [77]3月份袁世凱被迫宣布取消帝製，起用段祺瑞為國務卿兼陸軍總長，企圖依靠段團結北洋勢力，壓製南方起義力量，但起義各省沒有停止軍事行動。
5月下旬袁世凱憂憤成疾，1916年6月6日，袁世凱因尿毒症不治而亡，時年57歲。同年8月24日正式歸葬於河南省安陽市。
袁世凱這位竊國大盜，算是精心算計了一生，沒想到居然敗亡得如此之快。他的快速滅亡，印證帝製在中國已經完全走不通，而中華民族將會走向一個嶄新的時代！