大殿之上，方孝孺聲如洪鍾道：“回稟陛下，城中尚有二十萬兵，大可堅守待援，即使真戰敗，國君為社稷而死，也是理所應當的！”
朱允炆不由汗如雨下，仿佛已經預見到最終的結局。
六月十三日，燕軍兵臨京師城下。
這一刻，天下皆知，再沒有人可以阻擋朱棣踏入皇宮。
這一刻，朱棣已不知等待了多久，自起兵靖難算起，已是整整四年，若以姚廣孝追隨朱棣北上算起，則已是十九年光陰。
當日，守衛金川門的李景隆開門迎降，燕軍大舉入城。
天下的格局，在這一刻迎來的翻天覆地的劇變，入城之後，朱棣最迫切想要得到答案的一件事，便是建文帝的下落。
早在第一批燕軍入城之時，朱棣便派遣親衛直奔皇宮，尋找建文帝的下落。對於這個一手屠戮了數位藩王，直接引發了靖難之役的“頭號功臣”，朱棣的命令隻有一個：活要見人，死要見屍。
可出乎朱棣預料的是，親衛趕到皇城時，隻看見了一把熊熊燃燒的大火。大明建文皇帝朱允炆在大火之中消失無形，不知去向，更不知生死。
入京師之後的無數個深夜，朱棣孤獨地漫步在空蕩蕩的大殿之上，一邊手中卻是下意識握緊了刀柄，低聲喃喃道：“我的好侄子啊，你會在哪裏呢？”
而朱棣的一切舉動，都被姚廣孝默默看在眼中。
入城之後，朱棣頒布安民告書，命人洋洋灑灑寫道：“我等本為藩王，因奸臣挑唆，導致宗室骨肉被其殘害，因而不得不奉天靖難，起兵掃除朝中奸佞，以此扶持江山社稷。而今已然掃清京城奸臣，有罪者不敢赦免，無罪者不敢誅殺，如若誤傷受到牽連又禍及到傷亡，絕非靖難本意。”
當月，齊泰、黃子澄、方孝孺皆被殘忍誅殺，其族人也未能幸免，一眾忠於建文的舊臣也遭到清算，或斬首示眾，或充軍流放，鐵鉉遭淩遲，方孝孺遭腰斬，鐵鉉、黃子澄之妻女被充入教坊司為妓，曆史就是如此嘲弄著敗亡之人。
建文四年六月十七日，朱棣拜謁孝陵，祭告天地，宣布革除建文年號，改當年為洪武三十五年。而後，朱棣在奉天殿即皇帝位，定年號為“永樂”，改元明年為永樂元年。
凡建文年間貶斥的官員，一律恢複職務，建文年間的各項改革一律取消；建文年間製定的各項法律規定，凡與太祖相悖的，一律廢除。
建文二年，朝廷曾下令減輕洪武年間浙西一帶的極重的田賦，至此又變重，六月十八，朱棣頒布了第一道聖諭：即日恢複周王朱橚、齊王朱榑之爵位。幾日後又恢複代王朱桂、岷王朱楩之爵位。
在通過雷霆手段迅速清洗了建文舊臣，掃清了建文朝的國策之後，下一步該是封賞靖難功臣。朱能受封成國公，張玉被追封為榮國公，此外又封侯十三人，封伯十二人。為燕軍攻克京師立下大功的李景隆仍為曹國公。至於前魏國公，朱棣入南京後，徐輝祖留在父祠，不肯迎接朱棣，被下獄審問。朱棣親自召見詢問，徐輝祖卻是一言不發，始終沒有推戴朱棣稱帝的意思。法司逼迫他招供，徐輝祖振筆直書：“中山王開國功臣子孫免死。”
朱棣問詢勃然大怒，正欲下令斬殺，腦海中卻忽然浮現徐達的麵孔。
舊人之子，卻是不好趕盡殺絕，朱棣於是勒令徐輝祖返回私宅，革去他的俸祿和爵位，不準他再幹預政事。而與緊鑼密鼓籌備建立新朝的朱棣不同，入城之後的姚廣孝竟然難得的清閑下來。在征求了朱棣的意見之後，姚廣孝僅帶幾名隨身的侍衛，便回到了昔日的天界寺中，終日誦經念法，不問外事，任誰來探望也不見。大批靖難有功的將領私下不由嘀咕：道衍大師不惜賭上身家性命追隨燕王征戰天下，如今大事已成，大師卻反倒要遠離凡塵，重回僧人之身了嗎？
眾人紛紛猜測，時至今日，唯一能敲開姚廣孝屋門的，大概隻有袁珙了。