吾觀上古之時，政治、學術、宗教合於一途，其法鹹備於明堂。明堂者，合太廟太學為一地者也，凡教民、宗祀、朝覲、耕籍、舉賢、饗射、獻俘、議政、望氛、治曆、告朔、行政之典皆行於其中，而有周一代之學術即由此而生。儒家之學即教民之遺法也，墨家之學即宗祀之舊典也，名家之學即舉賢之遺製也，法家之學亦行政之大綱也，推之縱橫家之學出於朝覲，陰陽家之學出於治曆、望氛，農家之學出於耕籍，雜家之學出於議政，兵家之學出於習射、獻俘，即道家之學亦從此起源。厥後明堂各典掌以專官，及官失其傳，私家著作乃各執一術以自鳴，惜章氏未見及此耳。[14]
總之，在劉師培看來，中國古代學術源於宗教並基於實驗，至周代則掌於官守，尤掌於史官。
上述四文，除《古學出於官守論》外，率皆征引西學以為助，涉及進化論、自由學說、中國文化西來說等，但僅用其作為佐證而已，並未給予過多闡發，核心仍在以固有觀念梳理古學源流。而在《中國哲學起原考》中，劉師培則是將西學作為參照係，考析中國哲學宇宙論的起源問題，從“元”至“玄”至“一”，認為：
古人之言哲學也，與歐儒一元論之說相同，此固不易之確論也。古代哲學既鹹持一元論，厥後則由一元論之說易為二元論。[15]
實際上該文既將外來詞“哲學”置於標題中，其意旨已明。
除論古學起源的著作外，劉師培論述先秦學術史著作中最重要、影響最大的當為《周末學術史序》。《周末學術史序》是劉氏擬著之《周末學術史》的序目。有周一代，學權操於史官，到周室東遷，私學興起，遂成周末諸子之學，故該序目實為論次諸子學術之序目。前已言及，國粹派“古學複興”之目的是複興先秦諸子學以重振中國文化，作為國粹派主將之一，劉師培著此便有這方麵意圖，故鄧實稱讚《周末學術史序》為標誌“古學漸興”的力作。[16]劉師培著此書還與當時的子學熱有關，胡適曾描述過這種景象：
到了最近世，如孫詒讓、章炳麟諸君，竟都用全副精力，發明諸子學。於是從前作經學附屬品的諸子學，到此時代，竟成專門學。一般普通學者，崇拜子書，也往往過於儒書。豈但是“附庸蔚為大國”，簡直是“婢作夫人”了。[17]
子學的興起，既是清代學者將樸學研究方法逐漸運用於子書的結果，也與西學的傳播和影響分不開，因人們紛紛發現子書中有能與西學相比附的內容，如《墨子》中的某些內容可與西方自然科學、社會科學甚至社會主義學說相比附，這自然引起欲溝通中西學術以救亡的讀書人的濃厚興趣。《周末學術史序》即反映了這一潮流。實則劉師培還有大量的諸子研究成果，如《老子斠補》、《莊子斠補》、《荀子斠補》、《墨子拾補》等，但這些成果皆為純粹的古典學術研究之作，非具時代關懷的“預流”作品，且不是從學術史角度立論研究，故不論。
《周末學術史序》有兩個突出特點，一是要作諸子的“義理學”，不采學案體。這是因“近世巨儒稍稍治諸子書，大抵甄明詁故，掇拾叢殘，乃諸子之考證學，而非諸子之義理學也”；既不滿意於此，就得加以變通，故“采集諸家之言，依類排列，較前儒學案之例，稍有別矣（學案之體，以人為主；茲書之體，擬以學為主，義主分析）”[18]。二是以西學為參照係，進行中西學類比。這從其標題即可看得很清楚。全書從《心理學史序》至《文章學史序》共16個序目，現將其列出（去掉“史序”二字）：心理學、倫理學、論理學、社會學、宗教學、政法學、計學、兵學、教育學、理科學、哲理學、術數學、文字學、工藝學、法律學、文章學，其中論理學即為邏輯學，政法學即為政治學，計學即為財政學，理科學即為自然科學。這些學科涵蓋之廣，幾包容現今所言人文社會科學和自然科學的各領域。以西方學術體係分類闡述先秦學術，這是劉師培學術史研究的一個創舉。在具體論述中，劉氏把道家和陰陽家之說與西方社會學理論相比附，說：
蓋道德家言由經驗而反玄虛，以心體為主觀，以萬物為逆旅，以本為精，以物為粗，以有積為不足，而與時為遷移，乃社會學之歸納派也。
陰陽家言執一理以推萬事，推顯而闡幽，由近而及遠，即小以該大，乃社會學之分析派也。
同時他也看到道、陰陽兩家的不足，指出：
道德家言多舍物而言理，陰陽家言複舍理而信數，此其所以遜西儒也。[19]
他還用政治學原理對儒、墨兩家予以比較，認為：
儒家所言政法，不圓滿之政法學也。墨家不重階級，以眾生平等為歸，以為生民有欲無主則亂，由裏長、鄉長、國君以上同於天子。而為天子者又當公好惡，以達下情，複慮天子之不能踐其言也，由是倡敬天明鬼之說，以儆惕其心。是墨子者，以君權為有限者也，較之儒家，其說進矣。[20]
另外，對法家等諸子各家也均用西學評述之，限於篇幅，不再枚舉。
中西學術分屬於兩種截然不同的知識體係，盲目類比，必有牽強附會之處，且從中西交融的視角看，這樣做也難免被譏為膚淺，這前已言及。但從學術史的角度看，這卻是一種有益的創新，有助於人們轉換立場回過頭來看待本國的學術發展曆程，所以對這種嚐試不能簡單否定。對於劉師培而言，他能這樣做，也與其受過良好的考據學訓練有關，即將中國古典學術按西學標準分類，體現出的是考據學專門化的特征和所具的科學思想。此一時期，受過考據學訓練者多矣，但唯有劉師培做到了這一點，這不能不說是他的一大學術貢獻。實際上，從當時人對《周末學術史序》的反應，便可看出學界是讚賞他這種努力的，如黎錦熙回憶當年“適睹《國粹學報》……所謂《周末學術史序》也，用是大樂，逐篇手抄”[21]；錢玄同認為“劉君對於學術思想，最能綜貫群書，推十合一，故精義極多。……以《周秦學術史序》（“秦”當作“末”）為最精”[22]。就是今天看來，《周末學術史序》也不失為“研精覃思”（章太炎語）之作。
三、論兩漢學術及漢宋學術流變
劉師培論述兩漢學術及漢宋學術流變的著作以《漢代古文學辨誣》、《儒學法學分歧論》、《兩漢學術發微論》、《漢宋學術異同論》為代表。
《漢代古文學辨誣》是劉師培係統闡釋漢代經學演變曆程的著作。與《經學教科書》之類著作不同，這一著作帶有論辯色彩，是劉氏站在古文經學立場，反對當時康有為、廖平等人倡行的今文經說，尤其是反駁康有為古文偽經說的力作。正像全文首、尾所言：
記事之最詳者，莫若古文之經，如《周官經》、《左氏傳》是也；書之稍完善者，亦莫若古文之經，如《毛詩》是也……惟見於古文之經者，則大抵近於征實。至近人創偽經之說，扶今文而抑古文，於漢代古文之經均視為劉歆之偽作，而後人人有疑經之心，於典章人物之確然可據者，亦視為郢書燕說。吾恐此說一昌，則古文之經將廢，且非惟古文之經將廢已也，凡三代典章人物載於古文經者，亦將因此而失傳，非惟經學之厄，亦且中國史學之一大阨矣。故即今人之疑古文經者，陳其說而條辨之，以證古文經之非偽。[23]
夫近儒之辟古文，必援引今文以為重。以今文為是，故以古文為非。惟就漢代之經術觀之，覺經學之中，古文為優，而今文遜於古文。[24]
不過，該文雖有張大古文經的意圖，但全文之立論還是基於事實和學理的，平心靜氣，客觀周詳，極少偏頗之見。劉的基本看法為以下幾點：（一）漢代以前經無今古文之分，今古文經的差異僅為文字不同。六經在孔子之時被作為教本以傳授，
（孔門）弟子各記所聞，故所記互有詳略，或詳故事，或舉微言，詳於此者略於彼。所記既有詳略，因之而即有異同，然溯厥源流，鹹為仲尼所口述。[25]
盡管所記有異，但當時並無門戶之見，亦無今古文之分。
今文古文為漢儒之恒言，猶今日所謂舊板書新板書也。《說文·序》言：孔子書六經，皆以古文。則秦代以前，六經隻有古文，無今文。漢代之所謂古文經，乃秦代之時，未易古文為秦文者也，其故本至漢猶存。
所謂今古文者，以其由古文易今文有先後之殊，非以其義例亦有不同也。[26]
（二）古文經基本可信，西漢初年學者多治古文經。針對古文經為偽的看法，劉師培以大量例證辯駁之，逐個證明《左傳》、《周禮》、《古文尚書》等古文經傳的真實可靠性，並指出：
秦漢之間，古文之學雖殘佚失傳，然未嚐一日絕也。
西漢初年，古文之學未嚐不與今文並行，特武帝以後立於學官者，均屬於今文，由是古文之學不顯。[27]
（三）今古文立說多同，西漢今文家不廢古文。
西漢儒生之說經，以古文之經參以今文之說，以今文之經參以古文之說……漢儒曷嚐劃分古今二學若冰炭之不相容哉？
例如：
《五經異義》一書，於今文古文辨之最嚴，於先儒之說，必著明某說為今文家言，某說為古文家言。今就其書所引者觀之，則今文之說同於古文，而古文之說同於今文者，計有九條。
之所以如此，是因為：
西漢之初，無今文古文之爭。蓋博士未立，不以經學為祿利之途，故說經者雜引今古文。及今文立於學官，然後所學定於一尊。然舍古文而專說今文者，惟末師俗儒則然耳。若今文大師則不然，於古文之說，旁收博采，所引之說，不必定出於今文，是猶治古文者兼用今文之說也。足證西漢治今文者，並不以古文家言為偽，亦不以古文家言為可廢。[28]
古文、今文之分是經學內部的事情，它們的興起，總歸標誌著儒學在漢代的發展和具有關鍵地位。不過與此同時，法家也沒有放棄成為統治思想的努力。儒、法在兩漢形成了對立的兩派。對這一過程，劉師培在《儒學法學分歧論》一文中進行了論述。他認為，西漢之初，儒生本與法吏沒有太大分歧，儒生亦習申商之書，但“及百家罷黜，儒術日昌，由是取士之道，別有儒術之一途，而儒與吏分”。[29]“由是於法令以外，別立禮義德教之名。自是以降，以吏進身者侈言法令，而以儒進身者則侈言禮義德教。”[30]這種矛盾對立一直延續到東漢。東漢儒生較之西漢儒生更能“舉德教禮義之實而見之施行”，但“就儒法之見於實用者言之，則儒學近於虛，法學近於實”。[31]故禮義德教之儒術愈純，施行愈多，反使救弊之術愈窮，以致“東漢末年，刑賞廢弛，而以虛文相束縛”；在這種情形下，“尚法之論浸興。蓋當時之儒，忝辱高位，以優柔為治，以致綱紀廢弛。憂時之士欲矯其弊，乃揭法律以為標”；法家學說由此抬頭，“及曹氏竊國，然後以法家之言論而見之施行。此三國之政治所由多近於法家也”。[32]上述事實亦可看出，漢武帝之後並未形成儒學一統的局麵，法家一直未沉寂，且在東漢末年再次興起。如此敘述兩漢儒、法發展曆史，可證劉師培對“罷黜百家、獨尊儒術”的看法也非一成不變。
《漢代古文學辨誣》和《儒學法學分歧論》雖對兩漢學術精義作了係統闡發，但皆是從中國固有觀念出發所進行的闡釋，其間尚乏具有中西交融之時代特色的新意。這一缺憾是在《兩漢學術發微論》中得以彌補的。《兩漢學術發微論》采用西方的學科分類和學術概念，借西方政治學、種族學、倫理學的學理，發明兩漢經學的內涵。這一做法，與《周末學術史序》有異曲同工之處。政治學方麵，
漢儒說經往往假經義以言政治，試推其立說之大綱，大約以人民為國家主體……既以人民為國家主體，故以人君之立出於人民。
而民心所歸之人，即可為天下之共主。
民權既伸，君權自當受限，
若君主放僻自肆，則為漢儒所不與，或斥為夷狄……或斥為匹夫……故君失其道，則臣民鹹有抗君之權。
特漢儒處專製之朝，欲伸民權之公理，不得不稱天以製君。……夫所謂以天統君者，即言君心當有所憚也。君心有所憚，斯不至以殘虐加民。凡漢儒之言災異者，大抵皆明於此意耳。此兩漢之時所由無殘虐之君，而人民有殷富之樂也，謂非漢儒之功歟！[33]