在近現代，對高等教育傳統價值觀滿懷熱忱的也不乏其人。比如愛德華·希爾斯，他堅持認為大學應當成為基礎科學和研究的家園，社會應該賦予個人在思想上和行動上免受不當限製的自由，學術機構同樣應當為教授提供學術自由和讓他們管理大學的自主權。法國著名思想家雅克·德裏達（Jacques Derrida）在《無條件的大學》一書中深入分析了全球化的發展趨勢對大學的影響，倡言其心中理想的大學模式，“現代大學應當是無條件的［……］這個大學要求而且應當在原則上享有，除了人們所說的學術自由之外，提問題和建議的無條件的自由，甚至與公開言說對於真理的探求、認知和思想所要求的一切權利［……］大學以真理為業，它宣布並保證毫無保留地為真理而奮鬥。”[24]加拿大西蒙弗雷澤大學校長斯蒂文森（Michael Stevenson）認為：“大學自治影響西方和整個世界曆史，我肯定相信隻要大學能保衛其自主權，不再淪為政治勢力和控製的受害者，那麼大學還能對人類曆史有重大貢獻。”[25]
與德裏達“無條件的大學”不同，許多學者在維護大學自治理念的同時，也提出自治應當具有限度。美國當代思想家德裏克·博克（Derek Bok）認為大學自治就是“智力完整性不受政府條例或其他外部責難的侵擾”[26]，但他同時也指出，為了維護公眾的利益，政府有時可以對大學做出適當的約束。2001年，雅克·朗（Jack Lang）在任法國國家教育部長時出席了在裏爾舉行的法國大學校長聯席會議——事實上，根據1971年法令，成立大學校長聯席會議的初衷也是要保障法國大學的自治，在其成立之初，大學校長聯席會議就因為其成員的地位而享有聲譽，隨後它迅速地開始討論並影響法國教育部的政策決策——朗在此次會議開幕式的發言中也提出實現大學自治的幾個條件：首先，是要發展合同政策[27]，其次，是要推廣校長負責製，最後，是要加強對大學的評估工作[28]。
林肯大學校長羅傑·金（Roger King）特別強調了法人身份對於大學自治的重要性：“大學以前把自己看成是個人的組合（為了實現自治，這種看法會周期性地出現），但現在大學認為：法人組織是大學合法的‘外表’。這種觀念的轉變一般是很慢的。近年來，由於各種需要（包括加強對經費的控製、明確經濟責任以及對人的管理職能的加強等），這些發展加快了。”[29]也就是說，僅僅構成大學的學者實現學術自由是不夠的，大學還需要實現其內政自治權，即包括規章製度製定權、教學研究自主權以及組織自主權。
範德格拉夫（John H.Van de Graaff）主編的《學術權力——七國高等教育管理體製比較》從權力的角度解構了大學自治的可能與必要性。他指出，“外部的權力（包括政府、市場）和內部學術權力之間的博弈決定著大學自治的程度，也決定著政府和社會能在多大程度上監督大學，使大學對社會負責；能在多大程度上規劃大學的發展，使大學不斷創新”[30]，其實也就是外部智力的關係，即國家與大學之間的關係影響著大學功能的實現。正如1998年歐洲比較教育協會副主席尼夫（Guy Neave）在聯合國教科文組織召開的國際高等教育大會上所做的一份題為“自治、社會責任與學術自由”的報告中所指出的：為了能夠讓大學承擔起社會賦予它的責任，兩個條件是必須的：一是大學自治；二是學術自由。不論是從理論還是現實意義上來講，自治對於大學不僅僅是秉承傳統留下的特質，更是大學能夠完整地履行其使命的基本條件[31]。尼夫個人在對大學自治進行研究時，分析了四種模式，分別為巴黎模式、博洛尼亞模式、洪堡模式和英國模式[32]。巴黎模式是典型的教師行會，教授製定大學的學術標準、篩選學生、對學生進行考察，並掌握“授課許可”的頒發。博洛尼亞模式則是學生的自治模式。洪堡模式來自19世紀柏林大學改革，它“結合了學的自由與教的自由，並建立其特殊的教學自治形式——教席製度”，教席教授[33]代表大學自我管理的基層組織——學院，掌握著教學人員招聘、課程製定、確定學科發展方向、教授資格考試等重要事務權。這種“教授大學”的模式在當時影響巨大。英國大學在法律上是私立的，或者靠信托財產而生或者靠皇室授予的大學特許狀而生，英國的自治模式最符合自由主義理念。
生物學家出身的艾瑞克·阿什比（Eric Ashby）從生物學的角度來看待大學及其發展，他認為：“大學是繼承西方文化的機構。它像動物和植物一樣向前進化。所以任何類型的大學都是遺傳與環境的產物。”[34]他在與曆史學家瑪麗·安德森（Mary Anderson）合著的《英國、印度和非洲的大學：高等教育的生態研究》中剖析了大學自治的六項內容[35]。
美國學者希爾斯（Edward Shils）認為大學自治的核心是大學自身處理內部事務上的獨立決定權。“這裏所說的處理內部事務即為大學內部治理的內容，主要包含兩個方麵：一個是大學管理的機構模式，另一個是這些內部機構的決策模式。”[36]進行類似劃分的還有羅伯特·貝達爾（Robert Berdahl），他在《英國大學的學術自由、自治與財務》一書中將大學自治分為實質性自治（substantive autonomy）和程序性自治（procedure autonomy），“實質性自治指的是大學決定自身的目的和程序的權力，指代的是學術是什麼；程序性自治是大學決定自身目的和程序方式的權力，指代的是學術運營方式。”具體而言，實質自治強調的是政府與高校之間的關係；程序自治則包括審計、財務及個人決策。上文提到的阿什比和安德森對大學自治的闡釋正是基於貝達爾理論中的程序自治。
布魯貝克（John S.Brubacher）在《高等教育哲學》一書中也論述了自己對大學自治和學術自由的看法，並提出對大學自治的研究應該從治理的不同層次出發，一是大學自治和政府之間的關係，即政府“為了保證管理效率，有些協調是必要的，如避免不必要的重複的設施等。隻有從整體觀念出發，才可能在各個或多或少具有自治性的大學中間公正地分配所提供的資源”；二是大學自治與學術管理之間的關係，“高等教育的管理機構必須是由專家和院外人士兩方麵組成，學術自治才會有效。沒有前者，大學就會信息不準；沒有後者，大學就會變得狹隘、僵化，最後就會與公眾的目標完全脫節”；三是大學作為一個辦學整體與校內各組成部分之間的關係，“在這一團體的相互關係中，所有成員的地位都是平等的。在這一群平等的人中，無論在學院還是在係裏，原則都是‘一人一票’，沒有任何例外。”[37]
法國學者夏爾·傅裏葉（Charles Fourrier）在《大學的體製》中首先將法語中franchise（特權、自由）和autonomie（自治）兩個詞做了區分，在他看來前者指涉的是個體，後者指涉的是團體。傅裏葉認為大學與其教育環境的關係，即外部治理模式是不同自治類型的依據。他進一步將自治分為行政自治、財政自治、教學自治以及安全自治四個方麵。行政自治又分為辦學自主權和管理自主權，當然這兩種權力對於大學來講都是有所限製的，因為（在法國）創辦公共機構不同於一般的社團，其身份的取得必須得到政府的認可；對於大學的財政自治情況的考察則是從資金來源、資金的分配條件以及資金使用的監控情況三個維度出發；教學自治包含教師和學生選擇的自由權以及大學活動的組織權[38]；安全自治源於中世紀大學的自治傳統，最早建立這一原則的目的是讓教會和國王的警察遠離大學校園，即便大學中的人員出現違法行為也需要先接受校內的調查而非法院的審判。而今天安全自治的概念顯然已經發生了很大的變化，似乎大學的校園已經變得沒有那麼神聖，但大學校長仍然保留拒絕警力踏入校門的權力。傅裏葉認為大學與其外部環境的關係是大學自治的基本原則，不同的外部環境會對大學自治造成不同的影響。
巴黎政治學院教授皮埃爾·布勒（Pierre Bulher）認為，大學的活力來自於大學的自治，大學應當有決定其教學過程、文憑的內容，資金的來源和使用等權力。他特別強調自治權應當包括選擇學生的權力：高等教育不同於企業的特點之一就是其“顧客”的特殊性——學生在學校中不僅要接受老師的教育，而且教育還發生在學生之間的互動中，學生個人通過這種互動實現自身的社會化，這就是經濟學中所說的“顧客投入技術”（customer input technology）。他認為長期以來，法國的大學在選擇生源問題上都受到限製，而許多國家（布勒列舉了荷蘭和德國的大學為例）在近年來的招生改革中則表現出放權的趨勢[39]。
威廉·布朗（William Brown）在2001年《經濟行為與組織雜誌》發表了自己對教授參與大學事務的最優度與決策類型之間的關係的研究結果，其中他將大學的管理決策分為兩類，一類是學術事務，比如課程設置、學位設置、業績考核等；另一類是行政事務，包括資源分配、新學科建設、院長任命等。這種劃分清晰明了，與上述阿什比對程序自治的概括有異曲同工之妙。布朗的研究表明，教授參與管理學術事務的程度越高，學校的業績表現越好；而教授參與管理行政事務的程度越高，學校的業績表現越糟糕[40]。
不少國際組織曾做過對不同國家大學自治情況的調研，如2003年OECD在年度教育政策分析中對十幾個被調查國家中的大學的自治程度進行了統計。OECD對於大學自治的定義偏重於內部治理，而且更為細化，包括大學對校園建築及設施的自主權、為了達到目的使用預算的權力、自主確定其專業及教學內容的權力、聘用教師及工作人員並確立人員工資製度的權力、授予文憑的權力、確定招生規模及貸款的權力[41]。