一、中世紀“學者行會”的自治鬥爭
公元11世紀，在西歐地中海經濟發展迅速的地方逐漸興起了一些自治城市，城中的商人和手工業者自行結成“行會”（universitas）以便能夠自主地管理並決定各自行業內部事務。12世紀的巴黎是一座繁榮而有序的城市，其在斯德島上的聖母院大教堂學校和塞納河左岸的聖熱納維耶夫教堂以教授神學而著稱於世。1180—1210年間，為追求知識和真理聚集在一起的學者或學生也建立了自己的行會，即“教師與學生聯合會”（universitas magistorum et discipulorum），也就是中世紀大學的前身。
中世紀大學的自治權主要是來自國王、教皇、主教或市鎮當局的特權，大學爭取特權的方式主要是罷課或離散，然而不管是因為大學享有知識發源地的美譽，或是出於其在城市中作為重要消費群體的地位，國王和教會通常都會對大學做出讓步。
語言和風俗的差異使大學人員與城市自由民之間的衝突時有發生，國王的士兵有時也會出於嫉妒學者們享有的免稅等特權而在大學周圍頻頻滋事。1200年，在一次流血事件之後，教師和學生以罷課和遷址相威脅向國王菲利普二世嚴正抗議，後者迫於壓力，賦予巴黎大學以“法院地特許權”，將各類與大學相關的司法事務交予教會處理，同時還承認了大學教師和學生享有的罷課權。這一依附於教會的司法地位使得教師和學生感受到自治和自由，當然這一做法更多地是出於對人身和物質安全的考慮，學者們更想得到的是學術事務的自治，包括人員錄用權，授課準許權[1]等，然而這些具有決定意義的權力卻一直掌握在巴黎主教及其督學的手中。這一時期巴黎地方教會濫用職權，要求學生繳費以獲得授課準許，引起了學生和教師的強烈不滿，他們向教皇英諾森三世提出申訴，1208年，曾經在巴黎學習過的英諾森三世要求地方教會無償頒發授課準許證，並將授課準許分為神學、藝術、法學和醫學四大類，這就形成了法國大學最早的四大學院。1215年，英諾森三世正式確認了“教師與學生聯合會”的合法地位，準許大學自行製定章程，標誌著巴黎大學的正式誕生。此後逐漸地，“教皇幫助大學擺脫了教會和世俗的地方政權的控製，……同時在某些地方將大學置於羅馬教廷的直接司法管理（之下）。”[2]1231年，教皇格裏高利九世頒布“科學之父”教諭（parens scientiarum），限製巴黎主教幹涉大學事務，允許能夠頒發授課許可證的學校都稱為“大學”（studia generalia），到1250年，巴黎大學的特權已經擴展到自主製定內部章程、人員選舉和司法豁免，大學教師還享有免除兵役、自用商品稅等特權，成為中世紀歐洲大學中的典範。
總體而言，13世紀是巴黎大學飛速發展的時期，教皇和世俗王權各自看重大學培養人才或發展知識的功能對鞏固自己地位的作用，因此總是出於某些目的給予大學這樣那樣的“恩賜”，但大學由此獲得的特權或自治權仍為有限，有時甚至會因為掌權者個人的主觀態度而出現逆轉。比如1225年，“教皇特使、聖昂日的樞機主教砸碎了授予大學的大印章，直到1246年才得以重新授予”[3]。又如，在大學內部，教皇一直支持虔誠的托缽修會教士[4]，1250年教皇允許所有符合條件的托缽僧都可以獲得神學授課準許證，促進了托缽修會在大學中的發展，到1254年時，其在巴黎大學神學院15個教席中已占據了12席。世俗教士向羅馬教廷申訴希望能夠對修會教士有所限製，然而繼任者亞曆山大四世不僅支持後者，反而於1255年頒布聖諭取消大學教師的罷課權。
二、特權漸失——從百年戰爭到法國大革命
百年戰爭期間（1337—1453年），巴黎大學陷入勃艮第派和王太子查理的阿曼涅克派兩大派係間的仇隙，學生漸漸流失殆盡。由於戰爭中巴黎大學的學究們參與了對貞德的審判，將聖女送上火刑架，因此收複巴黎之後，查理七世及其後繼者路易十一都表現出對大學的極度不信任。1437年查理七世撤銷了大學的稅務特權，1446年又廢除了其司法特權，將大學置於議會的管轄之下，路易十一則大肆驅趕勃艮第學者，不可挽回地破壞了巴黎大學的國際性傳統，他甚至幹涉學者的講課自由，這種狀況一直持續到1483年路易八世登基。此後巴黎大學經曆了王權不加幹涉的十幾年，1498年路易十二宣布重新整治大學的特權，次年，巴黎大學停課以示抗議，反而激怒國王，後者直接廢除了教師的罷課權，自此，巴黎大學幾乎特權殆盡，淪為世俗權力的掌中物，曾經有過的行會自治的“黃金時代”就此結束了[5]。
進入15世紀，歐洲民主國家逐漸形成，世俗統治者不斷利用政治權力和行政程序幹涉大學事務；教會日趨式微，更加重視從精神領域對大學的影響。1458年巴黎大學開設了研究希臘文學的講座，但由於保守派的阻礙，探求古典文化和古代世界的早期人文主義思想在法國傳播遲緩。1494—1515年法國尋釁意大利，王權在戰爭中不斷得以鞏固，弗朗索瓦一世趁戰爭之機向教皇萊昂十世征得向大學學位獲得者授予教階的權力，雖然戰爭以法國失敗而告終，但它卻成了“鞏固法蘭西君主製度的強心劑和誘發法國文藝複興的催化劑”[6]。弗朗索瓦一世不滿意巴黎大學保守派固守經院哲學並堅持頑固的教會製度，1530年他主持在大學之外建立了楓丹白露皇家圖書館和法蘭西學院，致力於希臘語、拉丁語、希伯來語著作的譯介，推動了人文思潮在法國的推廣。
與文藝複興遙相呼應的是16世紀風起雲湧的宗教改革。法國人加爾文在路德宗教革新的基礎上提出了“信仰得救”、“廉價教會”、新製學校等反傳統的主張，贏得了眾多追隨者。“自治”也是加爾文教義中的重要理念，他認為“國家永遠不應該成為觸角遍及八方的大章魚，把生活搞僵弄硬”[7]，政府應該尊重維護每一種生命形態，承認他們神聖的自主權，特別是各行業中的權威，而大學就是學術領域的權威。1562年，天主教在瓦西鎮大肆屠殺加爾文派新教徒[8]，挑起了法國持續36年之久的宗教戰爭，大學內部也分裂出天主教派和胡格諾教派，巴黎大學成為兩派相爭的對象。戰爭直至1598年亨利四世頒布“南特赦令”才得以平息，此後法國開始奉行重商主義，推行財政改革，進行殖民擴張，王室的權力得以不斷加強。亨利四世深諳大學的重要性，剛一上台就指定了一個六人小組為大學製定章程，這一工作於1600年完成，新製定的章程對各個學院各方麵管理工作都做出了詳實的規定，具有法律效力。到1715年“太陽王”路易十四去世時，法國經曆了舊製時期最為輝煌的時代，成為歐洲最重要的政治和文化中心，而“王權對於學術的控製也達到了一個頂峰”[9]。
18世紀，法國的封建製度逐漸走向沒落，資本主義經濟進一步發展，以理性哲學和科學精神為基礎的啟蒙運動逐漸興起。這一思想運動是文藝複興反封建、反教會鬥爭的繼續和發展，雖然像笛卡兒、帕斯卡爾等著名啟蒙思想家都並非來自大學，但其著作與精神仍然深入大學。教會企圖通過封禁孟德斯鳩、布封、盧梭等人的進步作品控製大學的課堂，不料反而引發了哲學與宗教之爭，最終1762年法國國會作出解散耶穌會學校的決議，從而促進了學術的進一步發展。1766年，政府打破了耶穌教士對大學教師職位的壟斷，設立了教師資格考試（coucours de l''''agrégation），這一考試聘用製度一直延續至今。另外，為了滿足國家工業的發展，政府在大學之外還陸續建立了一些行業性學校，1716年奧爾良公爵成立了“路橋人才集團”（corps des Ponts），即日後著名的法國路橋學院（Ecole des Ponts et Chaussées），1749年“皇家工程學院”（Ecole du Corps Royal du Genie）在梅茲爾（Meiziers）成立，1780年羅什福柯·裏昂古爾（Duc de la Rochefoucault-Liancourt）成立了“工藝與技術學院”（Ecole des Arts et Métiers）。
舊製度與中央集權的現代性相碰撞最終在法國爆發了大革命。1789年革命黨人攻占巴士底獄，推翻了君主專政，很快新建立的資產階級議會通過了“公共教育組織法”（又稱“達魯法案”）宣布取締各種形式的行會，源自中世紀的大學自然也未能幸免。新政府仿照專業學院的形式也建立了一些工程師學校，為國家培養“技師”，這包括1794年成立的“巴黎理工學校”及後來的“公共工程學院”（Ecoles des travaux publics），“綜合理工”（polytechniques），“巴黎衛生學院”（ecoles de santé）等專門學院。這些學校即發展成為日後的“大學校”，從而法國高等教育呈現出“一個國家，兩種大學”的“雙軌製”特點。
三、拿破侖的“帝國大學”及19世紀末大學的“複興”
波瀾壯闊的大革命揭開了法國現代文明的序幕，雖然拿破侖於1799年建立帝國使得革命出現逆轉，但其建立的資產階級專政仍然是反封建與進步生產力的代表。1806—1808年，拿破侖為法國建立了一套以“帝國大學”為中心的新的教育體係，將全法國分為29個學區，實行學區管理。“帝國大學”並非高等教育機構，這個大寫的“大學”旨在掌管整個帝國的公共教育事業，包括學區內的學院（當時“大學”內的神學院、法學院、醫學院、理學院和文學院為各自獨立的高等教育機構）、高中、初中和小學，掌管業士[10]、學士和博士各級學位的授予權，代表著帝國的壟斷權力。在1806年一份官方文件中，拿破侖如是解釋：“如果對教師隊伍沒有明確的規定，那麼政府的作用就蕩然無存。同樣，如果我們不從小教育孩子應該支持共和製還是君主製，應該選擇天主教還是無神論……，那麼國家就不能形成民族，其基礎就是模糊而不確定的，這樣的國家必然麵臨著無序和變動。”[11]帝國大學的行政首腦被稱作“大總管”（grand-ma?tre），各學區負責人為“學區長”（recteur），每個學區還有“督學”（inspecteur），負責監督學校的運轉情況及中央政策的執行情況。1808年政府發布政令宣布“大學委員會”[12]的成立，該委員會接受“大總管”的領導，負責為“大總管”就教育體製及教學大綱提供谘詢同時監管“學院”的財務預算情況。