此後，“帝國大學”的模式逐漸延續下來，逐漸穩固了政府對教育領域的集權。值得一提的是，在1815年，剛剛上位的路易十八曾頒布政令取消了“大總管”的職位，並且打破了學區管理的方式，在每所大學內部都設立了管理委員會。他認為“絕對的集權體製有悖於政府奉行的自由精神和懷柔政策，集權在某種程度上必然會忽略或無視一些細節問題，而如果能夠將這種監管的權力放到地方，學校的要求將會更好地得到了解，地方政府也會更好地關注轄區內教育機構的發展，［……］各地的人事任命都集中在一個人的手中，就很可能出現錯誤”[13]。隻可惜這次閃現著“分權和自治”精神的星火很快就隨著百日王朝的卷土重來而灰飛煙滅，此後的複辟王朝則基本延續了過去中央集權的高等教育行政體製。1822年，政府恢複了“大總管”的職位，27個學區得以重新確立。在眾多有關19世紀法國大學的描述中，“大學”一詞常使用單數且首字母大寫，阿蘭·雷諾在《大學的革命》中解釋說，這一寫法特指法國高等教育“囊括全局且等級分明的中央集權行政體係”，而隨著這一體係的確立，法國大學完全喪失了其自治權或特權。雖然七月王朝和第二共和國期間[14]，基佐（Guizot F.）、庫森（Cousin V.）、法魯（Falloux A.F）.等自由主義學者相繼擔任教育大臣，並提出了一些為大學爭取自由的改革建議，隻可惜由於缺乏國王的經費支持，大部分建議均未得以實施。1852年，路易·波拿巴登上第二帝國皇位，繼續對教育實行集權控製。1854年，全法被劃分為16個學區，國家對大學的中央集權繼而轉為通過學區區長對學院的監管，19世紀50年代末，拿破侖三世開始推行“自由帝國”的政治體製改革，其教育部長迪魯伊（Duruy V.）建議改革高等教育，設立“科學預算”經費，使教育適應經濟發展、滿足國家最大利益，隻可惜這些具有建設性的提議均未獲得政府或教會的支持。
1870年拿破侖三世在普法戰爭中慘敗直接導致了第二帝國的土崩瓦解，戰敗的恥辱感使眾多有識之士開始反思戰爭並投入到對德國的研究中，比如著名的教育家泰納（Taine）、勒南（Renan）、拉維斯（Ernest Lavisse）以及政府教育官員路易·裏亞爾（Louis Liard），他們都主張建立洪堡式的大學製度，提倡大學自治，要求打破孤立的學院設置，發展研究型大學。
第一次世界大戰前，第三共和國在教育方麵的改革表現較為積極，為“大學”的發展創造了契機。1875年7月政府出台新的高等教育法，特別指出高等教育享有“自由”的原則。然而法律似乎走得太快太遠，它甚至將國家長期壟斷的學位授予權下放至各個學院，並允許私立大學的設立，因此，這些可能威脅到傳統中央集權體製的條文很快就得到了修正[15]。1885年7月法國政府又連發兩道政令，先是承認“學院”具有民事法人資格，從而準許學院接受贈與、遺贈或社會團體提供的各類資助，接著又在各學院設立了“學院委員會”（conseil général des facultés）和學院大會（Assemblée des facultés）[16]，同時規定學院院長由選舉產生，需具有教授資格，3年為一屆任期。而更有意義的改革則是在1898年，政府出台了“公立大學組織法”，明確規定各個學區內文、理、醫、法、神五所“學院”組成一所“大學”，並將“學院委員會”更名為“大學委員會”（conseil d''''université），委員會委員包括學區區長、大學各學院院長、各學院選出的兩名教授代表、大學下屬的機構負責人、下屬機構的教師代表以及校外代表。自此法國大學內部決策機構的雛形出現，促進了“大學”的複興。
1876—1890年間，法國政府前後共動用了9000多萬法郎用於“學院”及“大學”的發展，巴黎市政廳與中央政府還達成協議，共同投資3000多萬法郎用於巴黎大學的重修及擴建。這一時期，高等學校的入學率呈現上升態勢。1878年起，大學的文理學院也開始招收學生（而不僅僅負責考試和頒發文憑），1888年文理學院招生人數分別為2358人和1355人，到1914年第一次世界大戰爆發時，則分別增長到6000人和7000人[17]。在大學人事方麵，1877年，政府在大學設立“副教授”（ma?tre de conférence），1890年，法國政府頒布財政法正式確立了大學教師的職稱等級，教授為終身教職，由法國總統任命，副教授為非終身教職，由負責高等教育的部長任命。從1880年到1909年，法國大學教授數量增長了一倍多（1880年為503人，1909年為1048人），教師薪金標準也有所提高。
但這裏仍要指出的是，這一時期“大學的複興”是非常有限的。雖然1893年法國財政預算法明確地將大學定義為享有民事權力的“具有統一發展規劃的學院集合”，並且1896年法律的意圖明顯是要打破過去學院的結構，然而“大學”一級的行政和學術權力仍然非常薄弱，大學中實際決策權仍然掌控在學科大教授控製的學院手中。“從第三共和國時期到1968年5月風暴，法國大學最大的特點之一就是學科勢力過於強大”，組成“大學”的學院分散在各地且延續著各自為政的傳統，我們看到的隻不過是“一幅大學的空殼”[18]，教師和學生對於所在的“大學”完全沒有歸屬感或榮譽感。
四、雙重集權的加強——夾縫求生的“大學”
20世紀上半葉兩次世界大戰使法國各項事業的發展幾乎陷入停滯。而從19世紀末到20世紀60年代末近3\/4個世紀中，大學的組織形式都恪守著1896年法令規定的框架，表現得穩固而保守。
戰後，法國人口出生率迅速攀升，二十年內增加了近一千萬，成為西歐人口增長率最高的國家，政府也將教育發展作為戰後重建的重要途徑，推出了一係列有利於大學發展的政策。20世紀60年代，隨著教育民主化[19]運動的不斷發展，特別是由於戰後生育高峰期出生的嬰兒紛紛進入大學入學年齡，曾經的“嬰兒炸彈”直接引發了大學人口“爆炸”，“1945—1970年的25年間，法國大學的教師和學生數量分別增長了6倍和7倍，而1900—1945年的45年裏，大學生數量才增加了3倍”[20]。
為了應對高等教育大眾化的發展需求，法國政府一方麵加快了創建新大學的速度；另一方麵則增加了對青年教育的招聘（除醫學院外）。各個學院招聘的標準參差不齊，地域上也出現不小差異：1963年，巴黎地區大學教師中有40.8%為教授，23.2%為講師，32.4%為助教，副教授和課程負責人隻占3.6%；而在外省，31.4%的大學教師為教授，22.3%的教師為副教授和課程負責人，13.3%的大學講師，33%的助教。到1966年，巴黎教授席位幾乎已經與助教的數量呈對等關係，同年中，法國全國高校教師工會（SNEsup）4800名會員中52%為助教，30%為講師，教授隻占18%[21]，但是，學校的管理仍由教授獨攬大權，年輕教師或低職稱教師根本沒有機會發揮自己的積極性和創造性；另外，教師隊伍的擴大還導致了其社會地位的相對下降，特別是對於講師、助教和兼職教師來講，其職業前景並不樂觀。
然而大學規模擴大的同時卻沒有實施相應的管理改革。一方麵，政府仍然牢牢把持著教授講席的創建、首席教授資格的授予權、教授講席補缺權、學位授予批準權及大學財政預算權，對大學實行集權管理；另一方麵，大學內部的“學院”[22]仍相互孤立、各自為政，它們具有獨立法人資格、享有財政預算權和教學組織權，自主製定教師準入程序和標準[23]，成為阿萊格爾（Claude Allègre）和穆斯蘭筆下描述的“教授共和國”或“學院共和國”。總之，這一時期中央行政與學術權威“雙重集權”體製的加強使得“大學”奄奄一息，“大學不過是學院的組合，真正的權力屬於學院院長。在院長之下，沒有任何預算可供管理。院長之上，作為國家官員的學區總長主持大學委員會，隻是發揮著大學代表的標誌性作用。”[24]通過同行選舉產生的院長掌握著學院教學、人事、財務各方麵的權力，他們可以越過“校長”直接與中央對話。法國教育學家安托萬（Gérald Antoine）在描述自己20世紀60年代初擔任大學校長的感受時就談到了大學校長工作中的兩點困難：一是缺乏資金；二是缺乏身份的合法性[25]，這種合法性不是法律概念，而是來自同行的認可。在這種情形下，“大學”尚危機四伏，“自治”更無從談起。人們普遍認為法國不存在強而有力的大學教育，師資硬件普遍不足，教學內容和模式也保守陳舊，機構之間沒有競爭，科研實力遠遠落後於歐美。