2004年法國審計法院在一項對法國教育體係總體的評估報告中這樣寫道：“隻有當大學能夠自己確立自己的身份，建立強而有力的管理機製，能夠依托一項真正的財務政策製定自己的發展戰略時，大學的自治才能真正實現。”[1]審計法院進而解釋說這個強有力的管理體製是建立在以大學校長和校行政委員會為中心的組織架構之上的。下文就從“大學”層次的組織結構出發，來看其決策機製與自治的關係。
圖1 法國大學組織架構圖[2]
一、校委員會
1968年法國“高等教育方向指導法”的一項重要內容就是大學機構改革，新的機構設置是以“參與、自治和多學科”為原則的，同時也為這一原則的實現提供保障。法律設置“大學委員會”（Conseil universitaire）為法定的決策機構，負責製定大學發展戰略政策、審定預算、審核預算執行及財務狀況、審批校長簽署的合同、分配教師及研究人員之外的工作人員的工作。並規定委員會的成員人數不得超過80人。委員會由教授、副教授、講師、其他教師、研究人員、學生和校外人員組成。其中，教授和副教授代表人數應大於或等於學生代表人數；除經過全國高等教育與研究委員會的同意並由教育部長特批的情況，教授和副教授應占教師和研究人員代表總數的至少60%。學生代表中，大一年級的人數不能超過學生代表總數的1\/5。校外人員代表總數應超過校委會總人數的1\/6並不超過1\/3。校外人士是指學校所在地各級行政部門的代表、經濟界企業代表、各類科學文化團體代表、主要公共服務部門的代表或者可以是基礎教育領域的代表。各類人員代表由各自選舉團隊通過無記名投票選出，任期為5年。
法律同時規定大學內部設立“科研委員會”（Conseils Scientifiques），負責學校研究計劃的製定及相關經費的分配。委員會成員由教授、副教授、講師、相應級別的研究人員及證明具備科研能力的人員組成[3]。
1984年“高等教育法”將“大學委員會”改稱為“行政委員會”（conseil d''''administration），並授予其對大學貸款、參與活動、設立分校、接受捐贈與遺產、不動產投資等事務的審議權。法律規定大學行政委員會成員數為30～60人，具體人數由各大學在章程中確立，其中教授和副教授的代表縮減為40%～45%，學生代表為20%～25%，校外人士代表為20%～30%，工程師行政和其他服務類人員占10%～15%。
1984年法律還設立了“大學學習及生活委員會”（CEVU），與之前的“科研委員會”同為大學重要的行政谘詢機構。大學學習及生活委員會負責就大學生學習和生活相關事務，包括學生的生活和學習條件、圖書館及其他校園資料的使用、開設新專業的計劃、學分製度的製定等內容提供谘詢並向校行政委員會提出建議，另外，該委員會還負有保證學生社團獨立性的職責。委員會成員人數為20～40人，其中教師和學生代表共占75%～80%，兩類人員的席位相等，學生代表包含參加繼續教育的學生，行政技術及服務人員代表占10%～15%，其他代表則為校外人員。科研委員會仍負責就學校的科研計劃、科研合同、繼續教育、學位課程、聘用教師—研究人員及研究人員的資格要求、博士生培養等事宜提供谘詢並向校委員會提出建議。法律規定科研委員會人數為20～40人，本校在職員工占60%～80%，其中一半席位分配給教授、副教授或其他具有指導科研資格的人員，1\/6的席位分為不屬於上述人員但是具有博士學位的人，至少1\/12為學校其他工作人員代表（且其中一半至少為大學的工程師和技術人員），博士階段的學生代表占7.5%～12.5%，其他代表則為校外人員（這裏的校外人員可以是其他高等教育或研究機構人員）。
2007年“大學自治法”一項重要的改革措施就是賦予校行政委員會和校長更多的權力。根據法律規定，大學行政委員會享有設立教學與研究單位、就教職員工晉升等事務提出建議、分配教職員工工作的職權；行政委員會的人數由30～60人縮減為20～30人，並特別增加了包括地方政府（尤其是大區）代表、社會經濟及企業界代表在內的校外人員代表人數[4]。這一做法改變了長期以來大學行政委員會人員冗雜的狀況（相對於過去法國行政委員會最多60人，德國大學同等機構人數最多為20人）。巴黎行政學院現任院長德古安（Richard Decoing）就指出，在保證各方主體參與的前提下縮減核心決策人員的數量有利於提高決策的效率。行政委員會可以將部分職權轉交給大學校長，在委員會審議決議過程中出現票數相等的情況時則由校長做出最後決定。“大學自治法”對科學委員會的人員構成也做出了小的調整，主要是增加了在讀博士生的代表數量（10%～15%全職或在職博士生，10%～15%的校外人員代表）。而隨著行政委員會權力的增加，科研委員會和大學學習及生活委員會則更加突出谘詢的功能。
從“富爾法”到“薩瓦裏法”再到“貝克萊斯法”，隨著政府對教育權力的逐漸下放，大學委員會，特別是行政委員會的權力出現逐步擴大的趨勢，可以說，委員會在大學中扮演著“議會”的角色並成為大學自治的製度保障。從委員會人員組成的變化中可以看出，教授和副教授仍然掌握著大學決策的重要話語權；校外人員比例的增加有利於大學了解經濟與社會發展的需求、吸取更多的外部資源和發展動力，體現了大學開放化的趨勢；而教育消費者比例的微妙變化則常常成為政治鬥爭的結果。
二、委員會“選舉團”
1985年1月18日法國選舉法令第5條明確規定了法國科學、文化及職業性質的公共機構委員會委員的選舉要求。在大學，不管是校委員會成員還是“教學與研究單位”\/學部委員會成員，都通過選舉團（Collèges électoraux）選舉產生。法令將大學各類人員分為A、B、C、D、E、F、G七類選舉團。
A類選舉團包含教授、副教授及具有同等資格的人員，比如公共科研機構的研究工作負責人；B類選舉團包括具有博士文憑且具有指導研究工作資格，且不屬於A類選舉團的人員；C類選舉團包括具有大學之外其他高等教育機構的博士文憑且不屬於上述兩類選舉團的人員；D類選舉團則包括不具備博士文憑的大學教師和研究人員；E類選舉團由大學工程師和技術員組成；F類選舉團包括不屬於上述各類選舉團的其他人員；G類選舉團由博士生組成。各選舉團必須在規定時間內提交有排序的候選人名單並附有候選人介紹及動機宣言。法律建議A、B、C、D類選舉團的候選人應盡量體現不同學科，E類選舉團的候選人應盡量實現不同群體之間的民主。目前在法國大學內部，不同學科代表的席位分配一般有比例代表製和名單投票製兩種。比例代表製就是說，某一類選舉團的席位是按照各院係人數比例進行分配的；而名單投票製則是指選舉團推薦候選人名單，然後進行投票並選取獲得票數多數者。
三個委員會的成員均通過無記名投票方式直接選出，除學生代表選舉外，其他委員的選舉均采取混合圈選方式進行，任期為4年，學生選舉代表不用混合圈選，也不用排出優先次序，任期為2年。任何人不得同時兼任兩個校委員會委員[5]。
“教學與研究單位”\/學部委員會委員的選舉同大學委員會選舉的程序和要求一致。
盡管從選舉程序上看，大學中的不同群體、不同學科都有一定的發言權，然而現實中大部分委員會席位仍然掌握在大型院係的手中（這些院係不僅在人數占優，而且其候選人本身在大學中的影響力更大）。另外還有學者認為，自治改革後大學行政委員會中教授和講師的席位不到一半，因此校長選舉或其他重要決策中，反而可能由少數具有影響力的行政人員或學生代表掌握局勢。
三、校長
在法語中，大學校長是“président”而不是某些國家中的“recteur”（在法國，“recteur”指的是學區區長）。曾經在中世紀大學，校長就是行會的真正首腦（caput studii），享有特殊的榮譽和優先權。那個時期，校長的權力範圍相當廣泛：“在民族團的協助下，他管理大學的財政；他是大學章程的守衛者；對於大學成員，他具有民事司法權；他召集和主持大學全會；對於外部權力部門，他是大學的正式代表，有資格以其名義協商或介入司法。但校長的實際權力又十分有限，不僅其任期短暫（在巴黎大學，最初為一個月，後為三個月，在波倫亞大學為一年）；還要接受大學全會的經常監控。”[6]後來，代表學科勢力的學院不斷膨脹，使“校長”一度成為“學院共和國”中的行政傀儡。