將上述記載的內容與《元史》、《高麗史》、《高麗史節要》等史籍資料相印證，可知征東行省的下屬機構有：左右司、都鎮撫司、理問所、儒學提舉司、醫學提舉司等，與元朝內地行省相同機構的職能既有相同的方麵，也存在不同的方麵。
左右司，是掌管行省日常事務的機構，設官與內地行省基本相同，置“郎中二員，從五品。員外郎二員，從六品。都事二員，從七品。”下屬官吏有掾史、宣使、譯史（通事）等。征東行省左右司的特殊職掌，一是傳達或秉承元朝的旨意在高麗國行事，二是轉交高麗國百官給元朝的上書。
都鎮撫司，是掌管軍務的機構。《元史?兵誌》記載：“遇方麵有警，則置行樞密院，事已則廢，而移都鎮撫司，屬行省。”都鎮撫司長官為都鎮撫、副都鎮撫。在征東行省，元世祖時期為東征日本，在高麗國置萬戶中軍、右軍、左軍。其後增置巡軍、合浦、全羅、耽羅、西京等萬戶府。按照元朝製度，沒有戰爭的時期，諸萬戶府由行省都鎮撫司掌領。征東行省諸萬戶府中，元世祖時期為鎮守日本設置的中軍、右軍、左軍是領軍的機構，其長官是元人還是高麗人，沒有見到明確記載。後置的巡軍、合浦、全羅、耽羅、西京等萬戶府，“無所領軍，徒佩金符”，其長官主要是高麗人，如《高麗史》記載，高麗忠烈王十九年（1293），元以“李之氐為奉直大夫、合浦等處鎮邊萬戶府副萬戶、行中書省副鎮撫”。
理問所，是掌管法律訴訟的機構，理問所下設有監獄。置“理問二員，正四品，副理問二員，從五品，知事一員，提控案牘一員。”征東行省的理問所掌理的法律訴訟案件，一是受理行省屬官或高麗國官員犯罪案件，如巡軍千戶申青品行不端，且得罪時為世子的高麗忠惠王，及“忠肅薨，忠惠立，令權省洪彬囚青於理問所，命耆老府院君權溥等，疏青罪”，告行省其諸種罪行，“行省錄其書，授金永煦呈中書省”。二是受理高麗國民投訴的案件。行省執法以元朝法律為準，元法與高麗國法律不同，致使一些人鑽空子，由於行省的特殊地位，“於用刑之際，繩之以元朝之法，則（高麗）有司拱手而不敢言”。三是受理高麗國處理不當的案件。理問所有權更改高麗國司法機關的判決，因此有時會出現省官濫用職權的事情。
儒學提舉司，是掌管學校、科舉之事的機構。元世祖至元二十六年（1289）九月，“置高麗國儒學提舉司”。《元史?百官七》記載：“儒學提舉司，秩從五品。各處行省所署之地皆置一司，統諸路府州縣學校，祭祀教養錢糧之事，及考校呈進著述文字，每司提舉一員，從五品。副提舉一員，從七品。”征東行省的儒學提舉司並不是具體管理高麗諸路府州縣學校、祭祀教養錢糧之事的機構，而是倡導儒學，選拔參加元朝科舉人選的機構。征東行省參加元朝會試的名額為蒙古、色目、漢人各1人，共3人。實際上，征東行省曆年參加元朝會試的都是高麗人。關於征東行省選拔赴元參加會試人選的方式，北村認為，當時高麗國實行獨自錄用政府官吏的考試，儒學提舉司是從高麗國科舉及第者中選拔赴元參加會試的人選。
醫學提舉司，掌管醫藥療治事宜的機構。《元史?百官四》記載：“醫學提舉司，秩從五品。至元九年始置，十三年罷，十四年複置，掌考校諸路醫生，課義試驗，太醫教官，校勘名醫撰述文字，辨驗藥材，訓誨太醫子弟，領各處醫學提舉一員，副提舉一員。”征東行省的醫學提舉司是如何實行職權，其職掌有何特別之處，由於尚未見到相關史料，隻能姑且存疑。
征東行省下屬機構官員的任免與內地行省不同，一般官員的任命程序，是由行省丞相（高麗王）向元廷保舉任官人選，奏請元廷批準備案，所任官員通常是高麗人。出任行省官職的高麗官員，往往是從高麗國官職轉遷任職，有的任行省官職後，免去原高麗官職，有的則同時還兼任高麗官職。
征東行省在高麗國具有居高臨下的特殊位置，這使得一部分行省官員“濫受朝命，擅作威福”。這些恣意妄為的行省官員有的被繩之以法，但仍有弄威福者，被高麗人“疾之如狼虎”。