年長蔣經國13歲的宋美齡留在台灣，一直看著蔣經國病魔纏身，日日衰落，直至最終病逝。蔣家王朝在台灣正式結束。
在全島一片哀戚的氛圍中，宋美齡清醒地察覺到平靜下麵的旋渦。盡管宋美齡出麵反對分裂主義傾向的李登輝出任國民黨代主席，但在不見刀劍的權力鬥爭最後，國民黨中常會通過了由李登輝代理國民黨主席的決定。而有過太多光環的宋美齡再次成了不受歡迎的人。
1988年7月7日中國國民黨十三大召開。宋美齡於次日親臨會場，由於健康原因，她請李煥代她宣讀了題為《老幹新枝》的富有政治意味的講話。講話稱：
“目前正值緊要關頭，老成引退，新血繼之，譬如大樹雖新葉叢生，而卓然置基於地者，則老根老幹。於今黨內白發蒼蒼，步履蹣跚者，不乏當年馳騁疆場之鬥士或為勞苦功高之重臣，其對黨國之貢獻，絲毫不容抹殺，當思前人種樹，後人乘涼。夫國之強，黨之壯，賴有一定之原則，連續生存之軌跡，創新而不忘舊，前進而不忘本，當年國父如不建黨立國則無今日之中華，台澎依舊日本殖民地，飲水思源發人深思。”
這個講話被視為所謂“宮廷派”人士全力反撲的宣言。但“老幹新枝”論的效應，隻延續了很短一段時間，並沒有改變台灣政局。之後，在她主持召開的國民黨中央婦女工作幹事會議上，她的親信——被提名為中委會候選人的國民黨婦工會主席錢劍秋落選，這使宋非常難堪，這也意味著她把持和控製了三十多年的國民黨婦工會“全軍覆沒”和宋的“徹底垮台”。
宋美齡寒心了。她知道，除非是需要和美國人對話，在台灣的政壇上，已經沒有留給她的位置了。
這之後，又是連接著兩場喪事等著她。1989年長孫蔣孝文辭世，1991年7月孫子蔣孝武在就任新職的前一夜猝死。而蔣孝勇也叮囑了蔣家的後代，不許踏入政壇。蔣家王朝徹底落幕。
1991年9月21日，94歲的宋美齡再度離開台灣去美國“長期休養”。美國的居住環境和醫療條件或許更適合她的身體。而遠離台灣鉤心鬥角的政治環境和派係鬥爭，也能讓她身心都備感清靜。此外，留在台灣一直會有許多針對她的批評的聲音響起。許多人質疑她沒有公職，還要坐專機，住官邸，是濫用職權，也和蔣經國一直在推行的簡廉清政不符。或許離開，是最後一個明智而體麵的選擇。
臨行當天，當時的“總統”李登輝、“副總統”李元簇夫婦都親自前往送機。是尊敬，還是心中竊喜，也許隻有他們自己知道了。而宋美齡雖然離開，但她對於台灣的掛念沒有改變。她和蔣介石一樣，主張一個中國的理念，堅決反對台獨，強調“不做民族罪人”，成為島內反“台獨”人士的“精神領袖”。