劉銘傳、潘鼎新向有擠入登萊海隅，趁勢圍逼，製賊奔竄，徐圖聚殲之議，此次複申前說，請臣商調皖豫各軍，出境協守東蘇運河西岸，杜其回竄。銘、鼎兩軍會合東軍，再於東三府等處相度要隘，步步逼緊，使其一入不得再出，即使逸出，仍與往來追躡，蹙入海隅而止等語。查撚賊已成流寇，逼之不流，然後會師合剿，原為殄賊上策。明臣孫傳庭謂須驅之於必困之途，取之於垂死之日，如但一彼一此爭勝負於矢石之間，即勝亦無關於蕩平。實為剿辦流寇篤論。臣於去冬十一月間奏稱，須蹙之山深水複之處，棄地而誘其入，然後合各省兵力三四麵圍困之，亦是陰師其意。②
劉秉璋、李昭慶兩軍由周口開抵歸德。李鴻章令劉秉璋隨他一同前赴濟寧，負責防守運河山東段；李昭慶赴徐州、宿遷，防守運河江蘇段。五月二十九日，李鴻章到達濟寧，與劉銘傳會商軍務，定下戰略：劉銘傳、潘鼎新沿膠萊河南北兩百八十裏，修築長牆，與東軍互相響應，分汛設守，把撚軍逼入登萊絕地，使之不能複出，然後抽調運防各軍，輪番進擊，將其消耗殆盡；萬一撚軍突圍而出，則由運防各軍隨地攔截，務使其不能渡過運河以西，然後再蹙入海隅，聚而殲之。
以前曾國藩當家時，定河防之計，李鴻章嘲笑他是秦始皇的知音，現在輪到自己當家，卻還是蕭規曹隨。而這時曾國藩對河防之計已喪失信心，他反過來勸李鴻章“必須決計罷防運之議，永不築牆修壕，除追剿之外，或有休息之日”③，這回輪到李鴻章兩耳塞豆，一意孤行，堅持沿運河修築膠萊防線。
可惜，膠萊防線的命運，並不比曾國藩的河防好多少。李鴻章的剿撚方略，是把撚軍趕入膠東，利用三麵大海把它攔住，然後聚殲於膠萊以東的濱海地區。這等於把山東作為戰場，所以引起山東官紳的強烈反對，他們不僅拒絕向淮軍提供糧草，而且守河防的東軍也隨時準備放棄陣地，隻要撚軍肯離開山東，管它洪水滔天。七月二十日，撚軍猛撲濰河，東軍的防線首先潰敗，總兵王心安棄軍而逃。東撚從新安莊一擁過河，潘鼎新的防地也受到拖累，潰決四十餘裏。
①李鴻章《賊過運河移營調度折》。《李鴻章全集》（一），時代文藝出版社，1998年。
②李鴻章《行抵歸德布置大略折》。《李鴻章全集》（一），時代文藝出版社，1998年。
③曾國藩《致李宮保》。《曾文正公全集》（四），吉林人民出版社，1995年。
東撚撕開膠萊防線後，進逼濰縣。二十六日，李鴻章趕到濟南督師。撚軍的馬隊飄忽如風，在濟、青、沂、海之間，馳騁縱橫，令官軍疲於奔命，堵也堵不住，攔也攔不了；徒有其名的河防，守也不是，不守也不是。二十九日，李鴻章由濟南督隊遄行，奔赴泰安，巡閱河防。八月初八趕到沂州，與丁寶楨見麵會商。初十又離開沂州，十一日夜晚抵達台莊。連日棲棲遑遑，孔席不暖。
膠萊防線被擊破，李鴻章承受著極大的壓力，各種冷嘲熱諷、指責批評，像冰雹一樣劈頭蓋臉而來。對王心安臨陣逃跑，李鴻章怒不可遏，要請旨把他就地正法，但丁寶楨堅持不交人。雙方為此事發生激烈爭吵，各上奏章，互相攻訐。丁寶楨指責李鴻章指揮無方，潘鼎新縱兵殃民。最後朝廷降旨，各打五十大板——丁寶楨撤職留任，李鴻章交部議處。
李鴻章憂憤不平地說：“甑已破矣，顧之何益？惟人事乖忤，撚禍方長，中夜以思，耿耿不寐。”①至於別人攻擊他的運防計劃，他更一概不理，輕蔑地說：“任他危疑震撼，老僧不見不聞。”②
由於撚軍神出鬼沒，往來無定，李鴻章嚴令各軍，堅守運河防務，以劉銘傳、郭鬆林、楊鼎勳三軍為遊擊之師，死咬住撚軍之後，往來躡擊。由於山東不供糧秣，淮軍將士隻能吃地瓜充饑，長途作戰，不少人已經快累垮了。九月二十五日，李鴻章從台莊起程，二十九日返抵濟寧，隨後寫信給劉銘傳，囑他留疲病軍士在邳州灘上老營休整，率精銳之師，向青州前進，伺機與撚軍決戰。
入秋以後，天氣漸涼，行軍已沒有盛夏那麼辛苦。提督劉銘傳、杭州副都統善慶，引軍三十二營，出沂水穆陵關，追擊撚軍至安邱、濰縣之交。李鴻章奏報：“臣聞齊東城外今秋黃河決口，漫淹四十餘裏，水勢尚大，炮船正可得力，當即谘請嚴飭地方文武，速將沿河民船悉數提歸，北岸不準停泊，南岸水陸各營曉夜加意提防，必能力扼北竄。”③
十月初九，企圖渡河的撚軍，在遭到水師炮船阻擊之後，掉頭向青州轉進，準備在濰坊搶糧，正好遇上劉銘傳軍由穆陵關北來，兩軍在濰坊一帶的平原地區相遇，一場驚天動地的大決戰，遂不可避免地爆發了。