馬新貽是山東菏澤人，依靠傳統的讀書科考途徑獲得功名。道光二十七年，馬新貽以進士的身份進入官場，從安徽郎溪縣縣令開始，一直做到浙江巡撫，後來又署理閩浙總督，最後來到號稱天下財富之地，當時的湘軍大本營兩江。他遇刺當年剛好五十歲，正是仕途暢達、順風順水的時節。在官場晦暗、時代動蕩的清朝晚期，馬新貽並不是一個大奸大惡的官吏，也不是一個貪而無能的俗吏。相反，他在河工、洋務、軍政、通商方麵頗有建樹，而且為官也頗為清廉，在官場內口碑很好，以剛明果斷而被號“鐵舫”。無論從哪方麵判斷，馬新貽的死都非常令人驚異。審理案件的南京將軍魁玉飽經世故，他以老官僚的眼光和經驗判斷，張文祥刺殺馬新貽必然有非常深沉的動機，在校場殺人，既是行凶，也是威懾，並非簡單的報複行凶，而刺客背後的策劃者和主使者很可能是自己不敢觸及也無法觸及的。因此魁玉在審案時非常謹慎，抱定了鋸箭的主意。他對張文祥既不用刑，也不責罵，在魁玉的審案過程當中，刺客張文祥表現得落落大方，有問必答，一些關鍵的部分也不隱晦，顯然早已把生死置之度外。據張文祥自述，他本是河南汝陽人，現年四十六歲，年輕時學得一身武藝，在南方賣過氈帽，販過私鹽，仗著好勇鬥狠的本事，與吳淞口岸的海盜有不少來往。後來恰逢太平天國起義，張文祥便在寧波投了太平軍，做了一名小哨長，因為身手矯健，被太平軍侍王李世賢用為稗將。天京城破後，張文祥扔掉太平軍衣服，混雜在難民當中，兵火過後便在寧波城裏開了個小典當鋪。張文祥悍勇精幹的形象，飽經風霜而不失銳利的眼神證明這是一個經曆傳奇、很有背景的人。而與這種氣質不相稱的是，張文祥提供的刺殺馬新貽的動機卻非常簡單，甚至有幾分浮滑和無聊。張文祥自稱，太平天國的烽煙散去之後，自己便回到寧波做起了典當生意。有一次張文祥出了遠門，回來卻發現妻子正和一個叫吳炳燮的人相好，家中財物悉數被這人揮霍。張文祥怒不可遏，而吳炳燮又是當地一霸，身手也十分了得，幾次較量，張文祥都不是對手。於是張文祥輾轉找到正在擔任浙江巡撫的馬新貽，希望他判一個公道。結果馬新貽認為張文祥無禮糾纏，拒絕了他的請求。無奈之下，張文祥隻好四處告狀，鳴冤無果的情況下，張文祥一怒回家，逼迫自己的妻子吞藥自盡，並起了刺馬的念頭。雖然張文祥說得有聲有色，魁玉卻認為破綻百出。以張文祥的幹練精明，萬眾矚目、戒備森嚴之下能手刃總督，卻竟然不能製服吳炳燮這樣的土豪惡霸，無論如何是不能讓人信服的。當時的著名文人，曾國藩的幕僚薛福成曾在日記中記述道：“或謂必有指使之人，或有以帷薄事疑馬公者。蓋謂文祥奮不顧死，非深仇不至此也。”這種思路是當時人們的共識。於是在魁玉的追問下，張文祥又說，馬新貽曾殺害過他做海盜的朋友。覺得分量仍然不夠，張文祥又加上一條：馬新貽主持兩江之後，嚴厲禁止典當生意，等於是斷了他的活路，前仇舊恨加在一起，因此起了殺機。至於幕後主使者，張文祥則一口否認，咬定是自己個人所為，和他人無關。魁玉情知張文祥在扯謊，也不說破，也不逼問，任他自圓其說。等張文祥自己把一套供詞編得比較完整後，魁玉便讓他簽字畫押，然後向朝廷彙報。審訊便以這種隨意含糊的形式結束。因此，迄今可見的清朝檔案中，張文祥刺馬的案情文件依然引用的是魁玉審案時的供詞底本，也即：聽受海盜指使並挾私怨行刺，實無另有主使及知情同謀之人。
魁玉鋸箭式的審案卻不能使朝廷滿意，朝廷又派江蘇巡撫張之萬和魁玉會審。張之萬也是久經宦海，看了魁玉審案的文件及張文祥的供詞，心裏便明白了大半。於是張之萬和魁玉一樣，對張文祥既不用刑，也不逼迫，案件拖拖拉拉審了一個多月。馬新貽的親屬及心腹部下非常不滿，要求對張文祥動刑，張之萬答道：“案情重大，不便徒事刑囚。償未正典刑而瘐死，誰負其咎？”這樣一直拖到年底，案件審理始終沒有進展，張文祥依然堅持原先的供詞。朝廷再三催要審理結果，張之萬、魁玉便以此審案結果上奏。這份奏折後來被保存在曆史博物館內。其中說：“凶犯張文詳曾從發撚，複通海盜，因馬新貽前在浙撫任內，剿辦南田海盜，戮伊夥黨甚多。又因妻羅氏為吳炳燮誘逃，曾於馬新貽閱邊至寧波時，攔輿呈控，未準審理，該犯心懷憤恨……本年七月二十六日，突出行凶，再三質訊，矢口不移其供，無另有主使各情，尚屬可信。”奏折始終沒有提出張文祥甘冒巨險刺馬的強有力的理由，形不成有效的說服力，張之萬、魁玉也意識到這一點，因為奏折內容確實簡陋，便提出了“尚屬可信”的說法，表達非常含混模糊。朝廷對這份奏折自然不滿，而馬新貽的親朋故舊更對這個結果表示不滿，反複鳴冤告狀。在輿論壓力下，朝廷指派國家最高司法部門的主管刑部尚書鄭敦謹，以及直隸總督曾國藩趕赴南京，重新審理刺馬案。鄭敦謹久在刑部，以善於斷案而著名，素有“鐵麵著鐵案”的名聲，辦事效率很高，而接到審理馬新貽案的任務後，鄭敦謹卻沒有了原本雷厲風行的辦事風格。他從北京沿運河南下，奔赴南京，路上便告患病，於是邊走邊歇，磨磨蹭蹭，足足走了四十天。另一位審案官員曾國藩先來到南京，也不急著審案，而是從容地等著鄭敦謹到來。兩個人審案也非常含糊。曾國藩自始至終不發一言，任由鄭敦謹發問。出於對這位中興名臣的尊敬，鄭敦謹恭謹地請教曾國藩的意見，曾國藩便把皮球踢回去，表示一切按照鄭敦謹的判斷處理。結案時，鄭敦謹又一次請示曾國藩的看法，曾國藩則平淡地說：“看來隻好照張之萬、魁玉的審理結果結案。”此時此刻，鄭敦謹對刺馬案的深沉看得一清二楚，他終於明白，不僅僅是原來參加審案的張之萬、魁玉等不想觸及案件的本質，這位中興名臣曾國藩則似乎完全不願意別人觸及案件真相。於是，“鋸箭”成了所有參與案件的朝廷官員的共識，而刺馬的真相則永遠不願有人去觸及。