臨終前，慈禧麵對著核心權力圈子中奕劻、載灃、袁世凱、張之洞四大股勢力。
在這四個人中，慈禧最放心不下的是袁世凱，最擔心的是奕劻和袁世凱的聯合。
49歲的袁世凱是在最近幾年飛速上升的政治新星。他在直隸總督兼北洋大臣的任上籌辦新政，成果顯著；他為朝廷編練了六個鎮（相當於師）全副德式武裝的北洋新軍；他培養了一大批軍政人才。他的許多做法為全國樹立了標準，朝廷的許多社會政策也先在直隸試行，再向全國推廣。直隸總督衙門差不多就是一個“小朝廷”。可是袁世凱的問題隨著政績的上升也接踵而至，成績有多大，問題就有多嚴重。袁世凱蜚聲海內外，得到了革新派官吏、新興社會力量和洋人們的傾心支持，而這些人並不看好朝廷；他訓練的軍隊隻聽他的命令，朝廷指揮不動；他舉薦、培養的人才占據越來越多的職位，形成了袁氏勢力。幾十年的權力鬥爭讓慈禧太後對潛在的威脅異常敏感。1907年，慈禧調袁世凱為軍機大臣、外務部尚書，明升暗降，解除他的兵權，調離直隸。不過，袁世凱保舉的繼任直隸總督楊士驤完全是鐵杆袁黨，直隸和北洋軍隊大小事務仍暗中操於袁世凱之手。袁世凱的所作所為已然對朝廷構成了威脅。
更可怕的是，實力膨脹的袁世凱和貪墨戀棧的奕劻勾勾搭搭，形成政治同盟。慈禧知道，袁世凱大肆賄賂奕劻。慶王府裏無論是生了孩子，死了人，或是過個生日什麼的，費用都可以拿到直隸總督衙門報銷。奕劻擔任領班軍機大臣前不久，就突然收到了袁家送來的10萬兩（有說是20萬兩的）白銀。來人傳述袁世凱的話說：“王爺就要有不少開銷，請王爺別不賞臉。”奕劻也需要袁世凱勢力的支持，就讓兒子載振與袁世凱結為兄弟。兩人聯合後，把目標先對準了張之洞。張之洞出身科舉正途，在大江南北磨礪多年，是沿著帝國官員傳統的晉升途徑一步步走過來的，經驗豐富。不過正如袁世凱所說，張之洞雖然為官幾十年，依然是一介書生，“有學無術”，並未通曉中國政治實際，雖然地位、做事和李鴻章相仿，取得的成績卻遠遜於李鴻章，也遜色於袁世凱。奕劻和袁世凱表麵上以長輩之禮尊敬張之洞，卻把無關緊要的事務，比如祭祀、改行金幣等推給他主政，而各省疆吏、各部要臣的職位則安置自己的親信私人。慈禧年老多病，無力過問軍機事務，便讓奕劻和袁世凱把持了軍機處。
如此看來，奕劻和袁世凱兩個人都不能參預後事。慈禧不動聲色地下了一道命令，把奕劻調到東陵查看帝陵工程，在權力部署的節骨眼上不讓他在北京；又將袁世凱的心腹愛將段祺瑞手下的北洋新軍第六鎮全部調出北京，緊急調陸軍部尚書、滿人鐵良統轄的幾乎全部由八旗子弟組成的第一鎮接防——當然這一係列調動，事先都沒讓袁世凱知道。
萬事俱備後，慈禧密召軍機大臣載灃、張之洞和世續入宮，囑咐後事。
首先是挑選新皇帝。光緒無子，隻好從近支親貴中選擇。慈禧提議醇親王載灃的兒子、3歲的溥儀為新皇帝。同治皇帝和光緒皇帝都是幼年即位，由慈禧太後垂簾聽政。張之洞、世續二人見國家內憂外患，唯恐溥儀登基後再由後宮垂簾，對慈禧的提議委婉地表示反對：“國有長君，社稷之福，不如直接立載灃為帝。”慈禧淒涼答道：“我何嚐不知道你們的顧慮，可是光緒是兄終弟及，現在再來一次兄終弟及，我的親生兒子同治就斷後了。我立溥儀，仍令載灃主持國政，公私都可以兼顧。”張之洞等人不敢堅持，新皇帝人選就這麼定下來了。
當年光緒繼承堂兄同治的皇位。這一變更祖宗家法的做法引起朝野大嘩，慈禧曾允諾將來光緒的兒子將同時作為同治和光緒的繼承人。現在，慈禧讓溥儀繼承同治，未提兼祧光緒之事，是因為慈禧對光緒並無好感，但是溥儀如果不能同時作為同治、光緒兩人的繼承人，光緒的皇後就無法升格為太後，地位將不倫不類。於是張之洞大膽提出：“當今皇上臨禦天下30多年，不可無後，古有兼祧之製，似可仿行。”慈禧沉默不言，過了良久才瞪著張之洞說：“此事姑且從你所請，擬旨吧。”