起義軍占領武漢三鎮後，迫切需要建立一個與清政府對抗的政權，不然他們不是叛軍就是曆史上的遊寇。
同盟會對起義成功後的政權設置有一套規定，計劃在光複地區建立軍政府，以都督為最高領導。按同盟會所訂《軍政府與各國民軍之條件》第一條：“各處國民軍，每軍立一都督，以起義之首領任之。”這也是慣常的做法。武昌起義的實際領導人是吳兆麟，按照慣例應該由他出任勝利後的湖北都督。但吳兆麟堅決拒絕當都督。一方麵，他年輕資曆淺，沒有絲毫行政方麵的經驗；另一方麵，他自知在文學社、共進會也好，在同盟會也好，自己不是活躍分子，之前在革命陣營中默默無聞，如今不適合擔任革命領袖。參與起義的文學社和共進會成員也不願意推舉吳兆麟當都督。
11日午後，各處起義士兵控製局麵後，紛紛湧向湖北省諮議局，要求盡快建立新政權。為什麼他們都湧向諮議局呢？這是一個耐人尋味的現象。盡管諮議局是清朝政府批準設立的，但畢竟是經過一定範圍的選舉所產生，其成員是本鄉本土有威望有能力的士紳。之前，諮議局裏麵的立憲派們批評現實，推動立憲改革，多多少少為老百姓說了話。因此，在廣大士兵心目中，諮議局和清朝政府是有區別的，議員們是可以信賴的。起義成功後，諮議局的議員們紛紛趕到這裏，和起義各部軍官聯合商議未來去向——這就讓在起義中沒有絲毫功勞的立憲派們參與了政權。
起義骨幹和議員們推舉諮議局議長湯化龍主持商討會議。大家都有讓湯化龍出任湖北都督的意向。湯化龍是著名的立憲分子，之前和革命黨人沒有瓜葛，趕緊表白說：“革命事業，鄙人素表讚同。”但他馬上表示：“兄弟非軍人，不知用兵。關於軍事，請諸位籌劃，兄弟無不盡力幫忙。”就這樣，他婉拒出任都督。湯化龍一席話，說得立憲派議員們紛紛點頭。他們對既得利益比較看重，對革命勝利的前景還沒有把握，所以不願意出麵領導與清廷對抗。這就是立憲派在革命前期的立場。
既然湯化龍不願意出頭，吳兆麟作為起義總指揮提議：“首義後軍民兩政實繁，兄弟擬請在座諸位同誌先生公舉黎元洪統領為湖北都督，湯化龍先生為湖北民政總長。兩公係湖北人望，如出來主持大計，號召天下，則各省必易響應。”吳兆麟作為舊軍官，而非熱心革命黨人，心目中的政權領袖不是立憲派就是原來的高官將領。他的意見在當時發揮了重要作用。
按照吳兆麟的提議，起義後的政權軍民兩政分治，將行政權力讓給湯化龍。這裏麵可能有起義官兵不熟悉地方政務、缺乏相應人才的現實考慮，更有通過權力妥協爭取立憲派支持新政權的目的。而推舉黎元洪的原因，吳兆麟說了兩點：一是湖北人，二是聲望高，容易獲得各省響應。還有一個原因是黎元洪作為在清朝官場有重大影響的高官和新軍名將，容易被新軍官兵和立憲派所接受，也容易爭取尚在觀望中的前清官僚。
果然，吳兆麟的提議得到了與會代表的讚同。會場響起了熱烈的掌聲。
但是，黎元洪人在哪兒呢？
當天下午，馬榮在大街上發現了黎元洪的一個傭人，攔住盤問得知了黎元洪的藏身之處，隨即帶領一隊士兵前往劉文吉家，用槍把黎元洪逼了出來。其中具體的情形如何，眾說紛紜。後世盛傳黎元洪是躲在床下被起義官兵揪出來的，宣揚黎元洪的保守、恐慌和懦弱。“床下說”最早見於反黎報紙《震旦日報》1912年春攻擊黎元洪的社評，並沒有切實的證據。最有可能的情況是這樣的：
當時黎元洪躲在劉家的臥室裏，見士兵們荷槍實彈湧進房間，以為是來殺自己的，顫巍巍地問道：“各位弟兄，黎某自問不曾虧待過大家，為何要取我性命？”不想，士兵們七嘴八舌道：“協統勿驚，我等是來迎接您出去領導革命的。”這一回答讓黎元洪更害怕了。他又搖頭來又擺手，連連說道：“不行，不行，造反是要殺頭的，莫害我，莫害我。”說著，他竭力和士兵們拉開距離，一會躲到蚊帳後麵，一會繞著大床和士兵們玩躲貓貓遊戲。最後，馬榮急了，拉響槍栓，威脅黎元洪：“你再不跟我們走，我就開槍了！”黎元洪這才極不情願地隨著眾人，前往湖北省諮議局。
黎元洪到底何許人也？他為什麼會得到起義官兵和立憲派的一致認可，又為何會有如此的戲劇性反應？
黎元洪，1864年出生於漢陽中等偏下人家。父親黎朝相投軍累功升至把總一職，老實本分，沒有多少收入。他常年行軍在外，家裏生活非常困難。黎元洪小時被父親接到駐所直隸北塘讀了幾年私塾，但是黎元洪讀書取仕的心思早沒了，卻立下了從軍的誌向。1883年，黎元洪考進天津水師學堂，開始軍旅生涯。入學不滿月，父親黎朝相病故，黎家斷了經濟來源。黎元洪作為長子，上有母親小有弟弟妹妹，毅然挑起了全家生活的重擔。他的收入，隻有每月四兩銀子的學校補貼而已。用這四兩銀子，黎元洪養活了全家。在學校裏，他生活儉樸，埋頭讀書；每次回家探親，他都徒步走完從天津學校到北塘家裏的百裏路程。當時水師內部的風氣極差，賭博、吸毒、嫖妓成風，黎元洪潔身自好，獲得了上下一致讚賞。
1894年，黎元洪已升為五品官，任南洋水師“廣甲”號的二管輪。黃海海戰中，廣甲號管帶吳敬榮率艦臨陣脫逃，結果慌不擇路而擱淺。日軍尾隨而來，吳敬榮獨自逃生，餘下的官兵決定鑿船自沉。船沉後，官兵們落海逃命。黎元洪不會遊泳，卻在與大海拚搏了三個多小時後，安全漂到岸邊獲救。廣甲號隻有四名官兵獲救，黎元洪就是其中一個。
黃海海戰後，黎元洪赴南京投奔兩江總督張之洞，先是受委監修南京城外的幕府山炮台，後出任南京炮台總教習。張之洞調任湖廣總督時，帶著一部分南洋新軍和黎元洪等人同去湖北。對這部分力量進行擴編後，張之洞組建了新軍第八鎮和暫編第二十一混成協。黎元洪是第二十一混成協協統，是僅次於第八鎮統製張彪的湖北新軍第二把手。張彪對近代軍事知之甚少，很多事務需要仰仗黎元洪的意見。此外，黎元洪兼任新軍兵工廠，鋼藥廠提調，講武堂會辦、湖北棉麻四局會辦，並兼管湖北水師，可算是能者多勞，一肩多任。