黎元洪在湖北新軍中因為品行卓越，贏得了很高的聲望。他關心官兵生活，從不克扣糧餉，堅持足額如期發放；專門建立被服廠保證軍服供應——南北新軍演習時，湖北新軍軍容就勝過北洋新軍；他鼓勵士兵學習文化，對學有所成的官兵著意提拔；從不虐待士兵，對犯錯士兵都交給執法官審訊定罪。讓官兵感動的是，二品頂戴的黎元洪和官兵同甘共苦，堅持吃住在軍營中，和官兵一起作息，就連過年也不回家，而是讓家人到軍營中團聚。
黎元洪所轄的第二十一混成協曾查出士兵楊王鵬、李抱良、廖湘雲等人組織文學社的前身振武學社。黎元洪也隻是將涉案的革命士兵開除軍籍，禮送出營而已。至於為革命官兵說情、保釋等事情，黎元洪更是沒少做，甚至對新軍士兵剪辮的行為都聽之任之。所以，在革命黨人看來，黎元洪即便不是同誌也是可以團結的對象。革命黨人回憶：“當時黨人惟以滿人為革命對象。漢人中即屬官僚或不革命者，概不敵視。”黎元洪“同屬漢族，終必表同情於革命”。
領導武昌起義的文學社和共進會領導人，年紀都很輕，缺乏聲望，推舉誰當領袖都不能服眾。這也為黎元洪的“異軍突起”創造了客觀條件。起義前半個月，革命黨人醞釀勝利後的都督人選。蔣翊武、孫武、劉公三人在職位上爭執不下。而居正提議邀請黃興、宋教仁來武昌領導革命，希望以外部的強大人選製止內部分歧。更多的人希望推舉湖北籍的有聲望的人物出任都督，首選人物是時任北洋軍統製、湖北人吳祿貞。吳祿貞是革命黨人，在日本留學期間加入了同盟會，又是日知會的靈魂人物之一，在湖北革命黨人中聲望很高。可惜他遠在北京任職，不可能回武昌領導起義做都督。
這樣，同樣聲望卓著的湖北同鄉黎元洪就成了二號候選人。早在起義前的1911年4月，文學社和共進會在洪山寶通寺開會時，就討論過推舉黎元洪的可能。他們認為：“黨人知識，不是不如黎元洪，但不夠號召天下，誠恐清廷加以叛兵或土匪罪名，各省不明真相，響應困難，且黎平日待兵較厚，愛惜當兵文人，又屬鄂籍將領，隻要推翻滿清，革命成功，似無不可。”會上，革命黨人劉九穗認為：“所以要把黎元洪拉出來，其利有三：一、黎乃當時名將，用他可以懾伏清廷，號召天下，增加革命軍的聲威；二、黎乃鄂軍將領，素得士心，可以號召部屬附和革命；三、黎素來愛護當兵文人，而這些文人全是革命黨人，容易和他合作。所以拉黎出來，革命必易成功。”與會黨人沒有異議，但希望推舉黎元洪為臨時都督，等吳祿貞在北方率部起義南下後，再推舉吳祿貞為正式都督。雖然有過提議，但是革命黨人沒有做出推舉黎元洪的正式決定。他隻是備選之一。
可是在11日，情況就不同了。在場的吳兆麟、湯化龍等人不願意擔任都督，之前設定的領導人劉公、蔣翊武二人不知道躲在什麼地方，孫武還在醫院中治療，而同盟會領導人並不知道武昌天翻地覆的變化，黎元洪就從一個備選成為了唯一現實的、可能的都督人選。
當天下午，黎元洪被逼無奈來到諮議局。他頭戴一頂南瓜小帽，腦後拖著根辮子，雙目無神，耷拉著日式胡子，愁眉苦臉地落座。革命官兵和立憲派立即宣布黎元洪為湖北軍政府都督，主持大計。黎元洪馬上跳了起來，甩著長長的辮子說：“茲事體大，務須謹慎，我實在不能勝任，請各位另請高明吧。”
現場嘩然，蔡濟民當即痛哭：“昨夜多少同誌犧牲，方有今日之光複，若因無人主持而功敗垂成，何以麵對死去諸同誌？若黎協統再不答應，我便自殺以謝烈士！”革命黨人朱樹烈更加激奮，抽刀剁下一根手指，用血淋淋的斷指指著黎元洪說：“你要再說一個‘不’字，我就和你拚命。”黎元洪閉目不答。革命官兵也不管他同意與否，著手組織政權，寫好安民文告送到黎元洪麵前要他簽署。黎元洪連連擺手說：“莫害我！莫害我！”革命黨人李翊東見狀，提筆在布告上寫了個“黎”字，張貼了出去。
按照東京同盟會預擬的文稿，布告寫著“中華民國軍政府鄂軍都督黎”，這是用“中華民國”字樣發出的第一張布告。
黎元洪名義上出任都督，影響不小。“午後則見武昌城內外遍貼湖北都督黎元洪布告，往觀者途為之塞，歡聲雷動。至有艱於步履之白發老翁請人扶持，擁至布告前，必欲親睹為快，人心為之大定。旅漢外籍人士聞之，亦為震動，皆曰‘想不到黎協統也是革命黨。’”
這下，黎元洪算是上了“賊船”，名字上了布告，身子被軟禁在軍政府。憤然斷指的朱樹烈佩刀持槍，日夜監守著黎元洪。黎元洪閉目養神、麵無表情、呆坐無語，既不說可也不說否，根本就不處理政務。都督不做事，蔡濟民提議成立謀略處，代行都督職權。蔡濟民出任謀略處負責人。11日晚，在謀略處主持的會議上，革命黨人討論了有關國家建製和政權標誌的問題。與會者認為，起義是全國性的行動，必須依靠同盟會的規定辦事。同盟會規定，起義成功的地方，立刻建立中華民國軍政府某省都督府。會議決議新政權稱為中華民國，政體改為五族共和，規定國旗為九角十八星，改為黃帝紀元。都督府就設在原來的諮議局。
最初數日，上自政製建立，下至茶水油燈，都督府事無大小都由蔡濟民管理，任何人都找他，以致他麵容憔悴，聲嘶力竭，說話不能出聲，隻能佐以手勢。
蔣翊武10日淩晨逃出武昌，在郊區找了個地方躲藏起來，聽到武昌起義成功後，匆忙趕回。他趕到諮議局，看到木然的黎元洪和憔悴的蔡濟民，失聲痛哭：“都督如此情形，將奈之何？”革命黨人張振武脾氣火爆，看到如此尷尬場麵，對吳兆麟說：“如今雖占武昌，然清廷大吏潛逃一空，未殺一人以壯聲威，未免太過寬容，不如將黎元洪斬首示眾，以壯聲威，使一應舊臣皆為膽落。”他的意見很有代表性，當時年輕氣盛的起義官兵們對不合作的黎元洪很不滿意，希望以吳兆麟等人取代黎元洪。吳兆麟堅決不同意，認為黎元洪就是一言不發、一事不做，對大局也有利無弊。還有一種意見是讓革命後迅速趕到武昌的黃興取代黎元洪。但以李翊東為首的一派人堅決反對說：“黎都督為我們所推舉，出爾反爾，如何取信於人。何況賴黎都督的威望，人心始定，今日無故免之，人心必亂。”