神龍革命成功後，在上陽宮內長生殿養病的武則天，實際上過著寂寞孤獨的幽禁生活。朝野的混亂與傾軋與她已經毫無關係。剛開始時兒子中宗每十天來探望一下病情的事，現在已經漸漸不複存在。這在一定程度上是出於韋後的緣由。由於韋後對武則天懷著刻骨的仇恨，如今她要報複，所以就勸諫自己的丈夫中宗皇帝說：“皇上日理萬機，朝政繁忙，可以不去上陽宮了。”而最主要的原因是中宗認為如今朝政已經穩定，張柬之等一幫老臣已經得到妥善處理，再不需要裝什麼孝子了，況且武則天已經對他構不成威脅，對失去權勢的母親武則天再也沒有敬畏、懼怕的心理了。
隨著中宗的懶散，禦醫及監護人員也開始不負責任。他們對於這具活屍，希望她盡快閉眼，撒手人寰，永遠離開人世。可是武則天的毅力和頑強的生命力支撐著她，使她仍然健康地活著。
在上陽宮內長生殿養病的武則天，當時是以何種心情度過這種幽禁的生活，後人已無從得知。但她在沒有任何人安慰的情況下，過著寂寞孤獨的療養式的生活，其中的滋味可想而知，尤其是對一個老年人來說。
就在中宗稱“應天皇帝”，封韋後為“順天皇後”，大擺宴席以示慶賀，並極盡歡樂之能事時，武則天的病情急劇惡化，處於昏迷狀態。她就像一個到達頂峰的旅行者回首遙望坎坷的來路一樣，腦海裏回顧著她辛酸而又輝煌的一生。一幕幕往事使她時而興奮，時而懊喪苦惱。她在彌留之際，斷斷續續地吩咐內侍寫下遺囑：去掉自己的帝號，陪葬在高宗的乾陵，立一塊碑，上麵一個字也不要鐫刻（這就著名的無字碑）。王皇後、蕭淑妃兩家以及褚遂良，韓瑗的子孫親屬等當時受牽累的人，都讓他們恢複官爵。鳥之將死，其鳴也哀；人之將死，其言也善。英明一世的武則天口述完遺囑，閉上雙眼，與世長辭。這天，是神龍元年（705年）十一月二十六日。武則天享年八十三歲。
中宗聞訊，火速趕來，看到在銀燭燈光下的母親的遺容，他驚愕得幾乎要停止呼吸。
死亡，使武則天的相貌突然變成另一種神聖嚴肅的美，麵容上似乎飄逸著從未有過的安詳，嘴角還浮現出一絲笑意。也許這種不屑一顧的笑是人的一生中，隻有永遠不休止戰鬥才能獲得的特權和榮耀。同時，她的美妙的微笑，是在演奏著樂曲的金童張昌宗、張易之兄弟陪伴下，騎上仙鶴飛向蒼天而發出的自然的微笑，也或者是她看到父親武士彠正張開雙臂歡迎她，並以充滿慈愛的聲音說“你完成天命了”時所回報給父親的笑容吧！
中宗在如此強大的母親麵前，不由得跪拜在地，淚流滿麵。
神龍二年（706年）五月，她被安葬於乾陵。
她的兒子中宗皇帝李顯登位複唐後，仍用神龍年號。
李顯不改元，也不許稱中興，以表示尊重“聖母神皇”。
千百年以來，史學界對武則天的功過是非，眾說紛紜，莫衷一是。
有人唾罵她是個殘忍淫殺的暴君，有專家則說她是位精明幹練的政治家，更多的人則對她毀譽參半。曆史事實證明，她與曆史上所有有作為的皇帝一樣，有時代的局限性，包括她殘忍地濫殺無辜，致使李氏宗族死亡大半。但從總的方麵看，她仍然不失為一位曆史上少有的有作為的女政治家。她從兩次出家、兩次進宮的切身體驗中總結出一個道理，那就是決定自己命運的主宰是自己。在宮廷鬥爭中她鍛煉出了才能，徹底清除了太宗在位時就比較擔心的關隴貴族集團的勢力和對朝政的幹預。她輔佐丈夫高宗皇帝二十八年，臨朝稱製六年，自己做皇帝十五年。在近五十年的政治生涯中，她任人唯賢，善於納諫，贏得朝野內外大多數人的擁護。她平叛亂，安邊疆，沒有影響生產力的發展和人民的正常生活，基本上做到了天下太平，人民安居樂業。沒有武則天的苦心經營，可以說在“貞觀之治”後就不會出現中國封建社會的黃金時代“開元盛世”。她對中國曆史的發展作出了卓越的貢獻，她的一切過錯與她的功績比較起來是微不足道的，用瑕不掩瑜來比喻她的功過是非，不算過分。