也有人認為，慈禧太後病危時，深怕自己死後被她廢掉的光緒重新當政，繼續推行維新變法，所以指使太監下毒手，把光緒皇帝害死，以絕後患。然而慈禧身邊的女官德齡一口認定光緒是被李蓮英害死的。她以自己的親身經曆寫成一本著名的紀實著作《瀛台泣血記》，在書中講道：萬惡的李蓮英眼看太後的壽命已經不久，自己的靠山快要發生問題了，便暗自著急起來。他想，與其待光緒掌了權來和自己算帳，不如自己先下手的好。經過了幾度的籌思，他的毒計便決定了……
還有人認為，從檔案館所藏的光緒脈案中可知，光緒是由於長期患有多種疾病，最後不支而死。光緒皇帝的身體，自幼就很虛弱。常年腰痛，夜間遺精，睡眠不穩，精力很容易疲憊。親政後，內憂外患，太後的處處掣肘，心情也很少舒暢。戊戌政變失敗後，被幽禁在瀛台，種種精神上的折磨和打擊，長期承受巨大的精神負擔。
以上的各種猜測都不無道理，令我們實在很難看清光緒的真正死因。
有專家曆時多年，由光緒頭發中的砷含量入手，利用“中子活化”、“X射線熒光分析”、“原子熒光光度”等影響力現代專業技術手段，最終確認：光緒帝突然“駕崩”係急性腸胃性砒霜中毒所致。
這個結果是用核分析方法測定光緒帝頭發中的砷含量得出的。光緒帝遺骨、頭發、衣物中高含量的砷化合物為劇毒的三氧化二砷，就是民間常說的砒霜。
在檢驗中，發現了兩個重要的現象：內衣的砷含量高於外衣；胃腸部分的砷含量，大大高於其他部位的衣服。由此，專家得出結論：光緒帝的屍骨的砷，來源於體內。
經醫學上測定，人體口服砒霜六十一二毫克，就會中毒死亡。據研究者測算，僅光緒帝的頭發的砒霜含量就已經高達二百零一毫克。光緒帝攝入體內的砒霜重量明顯大於致死量。
據此推斷：光緒帝並不是偶然死在慈禧之前的，而是慈禧在死前授意他人將他毒死的。很可能是由慈禧的親信太監執行，強行灌服或逼其自服，當場毒發而死。
光緒的死是十分突然的，是整個朝廷都沒有事先料到的。光緒死於瀛台涵元殿的時候，滿朝文武大臣中沒有任何人知道，應該把皇帝安葬在哪裏。光緒還沒有選擇他的“萬年吉地”，也就是陵寢用地。光緒雖然坐上了大清皇帝的寶座，卻從未掌握真正的實權，連死後都不知道應該葬在什麼地方，可算是大清朝最不幸的皇帝。
為什麼光緒帝無後
“不孝有三，無後為大”，入主中原二百餘年，已被儒家文化浸透了的愛新覺羅氏皇族，所以很多宮女，娘娘，都以給皇帝生兒為榮譽，作為自己在宮中的晉級階梯。光緒帝的後妃們和慈禧太後，都渴望得到龍子，或者得個鳳女也好，然而心都盼酸了，希望終於變成絕望。為什麼光緒帝無後呢，眾所紛紜，說法不一。
有人說是慈禧姐妹倆造成的。光緒帝的生身母親，也就是慈禧的妹妹醇王福晉，太愛自己的孩子了，怕孩子吃多了腸胃不消化得病，結果老讓小孩餓著。由此就有了光緒身體不好的說法。
慈禧的妹妹太愛孩子，結果過了頭，弄得小載湉小時候營養不良，這樣光緒帝小時候的身體底子就沒打好，一輩子身體都虛弱，他親身母親的過頭做法也是要負一部分責任的。
還有就是慈禧的威嚴重壓。慈禧的諡號是“孝欽顯皇後”，那個“欽”字的意思是威儀悉備，可見她的為人。在這樣的重壓之下，心理壓力大了身體情況自然也好不了。
光緒帝生活在慈禧的陰影之下，政治抱負得不到施展，心理受到嚴重摧殘。加之受近親婚配和祖輩亂倫婚配的影響，身體很差，頭痛、癆症、脊骨痛等多種疾病纏身。尤其是長期所患的遺精病，是他喪失生育能力的重要原因。
還有一種說法，據清官檔案存有光緒帝自書的《病原》：“遺精之病將二十年，前數年每月必發十數次，近數年每月不過二三次，且有無夢不舉即自遺泄之時，冬天較甚。近數年遺泄較少者，並非漸愈，乃係腎經虧損太甚，無力發泄之故。”如果光緒帝果真患有如此疾病，想要延續龍脈難上加難。
從現代醫學角度分析，按照滿洲皇族的婚配習俗，丈夫死後，允許妻子轉嫁丈夫的弟弟，甚至可以轉嫁兒子或侄輩，這種原始的婚俗，把女人當做一種財富和交配工具。從大清國開國皇帝皇太極及其兒子順治帝的婚配，都是典型的近親婚配或亂倫婚配，即便到了光緒帝這一代，也仍然逃不脫近親結婚的悲劇。如此理解皇帝絕後的原因或許更為科學一些。