1169年，一位庫爾德冒險家薩拉丁重新整合了伊斯蘭教的軍隊，並使自己成為埃及的領袖。他號召了一場反對基督教的聖戰，並於1187年重新攻戰耶路撒冷，這挑起了第三次十字軍東征。這次十字軍東征並沒能奪回耶路撒冷。在第四次十字軍東征中（1202－1204年），拉丁教會坦率麵對希臘帝國，甚至不以任何借口即對土耳其人作戰。十字軍從威尼斯出發，於1204年攻占了君士坦丁堡。由於新興的大型商業城市威尼斯是這次冒險活動的領導者，拜占庭的大部分海岸和島嶼都被並進了威尼斯的版圖。一位“拉丁”皇帝（弗朗德勒的鮑爾文）在君士坦丁堡登基，並宣布拉丁教會與希臘教會重新統一。從1204年起，拉丁係諸皇帝一直統治君士坦丁堡，直到1261年希臘人從羅馬統治者手中奪回自由為止。
正如11世紀是塞爾柱土耳其人處於統治地位、10世紀是北歐人處於統治地位一樣，12世紀至13世紀初期，是教皇統治的時期。在教皇的統治下，一個統一的基督教世界比此前和此後都更接近成為一個現實。
在那幾個世紀中，樸素的基督教信仰真正廣泛地傳播到了歐洲的大部分地區。羅馬自身經曆了一些黑暗而不光彩的階段。幾乎找不到一個作家會為十世紀的教皇約翰十一世和約翰十二世的生活辯解；他們是令人厭惡的畜生；但拉丁基督教徒的心靈和肉體還是熱切而樸素的；一般的教士和修女都過著典範的、虔誠的生活。正是由於信徒的捐贈，教會的勢力鞏固起來。曆史上的偉大教皇，有格列高裏大教皇，即格列高裏一世（590年－640年在位），有利奧三世（795年－816年在位），即邀請查理曼做羅馬帝國皇帝並出其不意地為他加冕的那位教皇。
到了11世紀末，則出現了偉大的從事聖職的政治家，有希爾德布蘭德，他去世時被稱為教皇格列高裏七世（1073年－1985年在位）。其後還有教皇烏爾班二世（1087年－1099年在位），即從事第一次十字軍東征的教皇。這兩個人開創了教皇支配皇帝的教皇權力至上的時代。從保加利亞到愛爾蘭，從挪威到西西裏及耶路撒冷，教皇都是至高無上的。格列高裏七世強令皇帝亨利四世到卡諾沙向他懺悔，並讓他身穿麻衣，光著腳站在雪地中，在城堡庭院待了三天三夜等待原諒。1176年，在威尼斯，皇帝弗裏德裏希（弗裏德裏希·巴布羅薩）向教皇亞曆山大三世下跪，並宣誓忠誠於教皇。
11世紀初，教會強大的勢力在於人們的意願和良心。但它沒能保持其力量的基礎——道德威信。到了14世紀初，我們可以看到教皇的勢力已經衰退。究竟是什麼原因破壞了基督教國家的普通民眾對教會的樸素信任，使得他們不再尋求它的幫助，也不再為其目的服務？
第一個原因當然是教會的斂財。教會永遠不會死，那些沒有子嗣的人死後把自己的土地捐給教會是常有的事。悔過的罪人也被勸說這樣做。因此，在歐洲的許多國家，有四分之一的土地都變成教會的財產。喂得越多，他們對財產的胃口就越大。早在13世紀，人們普遍認為牧師不是好人，常常在獵取金錢和遺產。
國王和諸侯們對這種財產的轉讓也非常不滿。在那些封建領主的軍隊所支持的地方，他們發現自己的土地卻養活著修道院中的神父和修女。而且，這些土地實際上是由外國人支配的。早在教皇格列高利七世以前，諸侯和教皇之間就為“聖職任命權”，即誰來任命主教的問題而發生了鬥爭。如果這個權力掌握在教皇手中而不是國王的手中，那麼後者不但會失去對他的國民良心的控製，更失去了相當大的統治區域。另外，神職人員還主張免除他們的稅收，因為他們向羅馬納稅。不僅如此，教會還主張普通信徒除了繳納給國家的稅款外，還要收取他們的“十一稅”。