羅馬教會在保證其在基督教國家中的領導地位的鬥爭中表現出了一個極大的弱點，那就是教皇的選舉方式問題。
如果教皇確實要實現自己明顯的野心，在整個基督教世界建立唯一的統治和和平，那麼擁有強大、穩定而持久的領導權就成為必需。在有機會實現這一點的那些偉大時代裏，首要的事情在於：教皇在位期間應該是年輕力壯的；教皇應該選定自己的指定繼承人，並能同他商討教會的政策；選舉的方式和程序應該是清楚、明確、固定且沒有爭議的。但不幸的是這些條件一個都沒有實現。人們甚至不清楚誰在教皇選舉中有選舉權；也不知道拜占庭和神聖羅馬帝國的皇帝在這個問題上是否有發言權。那位偉大的教皇兼政治家希爾德布蘭德（即格列高裏七世，1073年－1085年在位），為使選舉正規化做了很多工作。他將選舉權局限於羅馬的主教，同時把皇帝的權力縮小到隻擁有教會讓予他的形式上的批準權。但是他沒有選定自己的繼承人，故意讓主教們在這個問題上爭論不休，結果，有時教皇位置空缺竟能達到一年多。
直到16世紀，在整個教皇曆史中，我們可以看到缺乏穩定的製度的後果。在很早以前，就出現過有爭議的選舉，同時有兩三個人自稱為教皇。這時教會就不得不忍辱求助於皇帝或外部調停者來解決紛爭。同時，每個大教皇生涯的結束，都留下一大堆的疑問。他死後，教會很可能沒有領導者，群龍無首，毫無效率可言；或者教皇被他的老對手所取代，他們隻熱衷於不信任和取消原來教皇的工作；甚至有一些已經徘徊在墳墓邊的老人來繼任他。
教皇製度中的這些弱點，不可避免的引來了大量日耳曼王侯、法國國王和那些統治英格蘭的諾曼人及法蘭西係的國王們的幹涉。他們都想操縱選舉，都想使羅馬的拉特蘭宮中有一位對自己有利的教皇。教皇在歐洲事務中越強大、越重要，這些幹涉也就越來越急迫。在這種情況下，許多教皇軟弱無能則不足為怪。但是令人奇怪的是，他們當中的許多人是有雄才大略的。
在這個時代的教皇中，最有活力、最令人感興趣的是英諾森三世（1198－1216年），他很幸運，不到38歲就做了教皇。他和他的許多繼承者，都和那位更有趣的皇帝弗裏德裏希二世作對，後者被人稱為“世界奇才”。這一次國王和羅馬之間的鬥爭成為曆史上的一個轉折點。雖然最後羅馬教會擊敗了他，毀滅了他的王朝，但他已經給教會和教皇的聲譽以致命的創傷，並開始走向衰落。
弗裏德裏希是皇帝亨利六世的兒子，他的母親是西西裏諾曼王羅哲爾一世的女兒。1198年，他四歲時繼承了西西裏王國。英諾森三世成為他的監護人。那時的西西裏剛剛被諾曼人征服；其宮廷是半東方式的，宮廷裏有很多知識淵博的阿拉伯人；有一些人還參與到對年輕國王的教育中。毫無疑問，向他解釋清楚他們的觀點是有一定的困難。他既接受了伊斯蘭教徒眼中的基督教義，又接受了基督教徒眼中的伊斯蘭觀念。不幸的是，這雙重教育的後果，就是他認為一切宗教都是虛偽的，這在那個信仰的時代是少有的。他自由的談論各種話題；他的不信神、不敬神是有記載的。
當這個年輕人長大以後，他就和自己的監護人發生了衝突。英諾森三世對他的被監護人要求太多了。當弗裏德裏希有機會繼位為羅馬帝國皇帝時，教皇提出了幹預條件：弗裏德裏希必須以強硬手腕鎮壓日耳曼境內的異教徒，另外，他還必須放棄西西裏和意大利南部的王位，因為不這樣，他的力量對於教皇來說太強大了。同時，日耳曼境內的神父的一切捐稅都要免除。弗裏德裏希答應了——不過他並不打算遵守這些諾言。教皇已誘使法蘭西國王在法蘭西對自己的臣民發動了一場鎮壓沃爾多教派的殘酷和血腥的戰爭；他希望弗裏德裏希在日耳曼也同樣做。因此，當英諾森催促他征討伊斯蘭教徒，拯救耶路撒冷時，他一方麵口頭上答應，另一方麵在行動上敷衍了事。
在確保了帝國的王位後，弗裏德裏希二世一直居住在西西裏，他更喜歡這裏而不是日耳曼作為自己的居住地。他完全沒有履行與英諾森三世的任何約定。1216年，英諾森三世在挫敗感中死去。