拉丁教會本身也受到了這次精神複興的極大影響。它發生了分裂，其幸存的部分也廣泛地被更新了。
我們已經討論了教會在11、12世紀怎樣成為幾乎所有基督教國家的獨裁統治者，到了14、15世紀它統治人思想和事務的力量又是怎樣地衰落下去。我們已經描述過那些早期作為教會支柱和力量的熱心宗教的民眾，怎樣因為教會自大、迫害和集權而開始對抗它，以及弗裏德裏希二世如何因為自己的狡猾和多疑而造成了諸侯日益增長的不服從。教皇的大分立又將教會在宗教和政治上的權威縮小到微不足道的地步。現在，反叛的力量從兩方麵同時進攻。
英國人威克裏夫的教義在歐洲廣泛傳播。到了1398年，一位有學問的捷克人約翰·胡斯在布拉格大學作了一係列關於威克裏夫教義的演講。這個教義迅速傳播到受教育階層以外，並迅速喚起了廣大人民群眾的熱情。1414年至1818年間，為解決大分立的問題，在康斯坦茨召開教會全體會議。胡斯也應邀參加了此次會議，皇帝許諾保障其安全。但他還是被捕了，被宣判為異端並被活活燒死（1415年）。波希米亞人民不再平靜，在該國引起了胡斯派信徒的一次起義，這是一係列宗教戰爭中的第一次，拉開了拉丁係基督教分裂的序幕。為了鎮壓這次起義，被選出的作為基督教重新統一的教皇馬丁五世召集了十字軍。
教皇對這個頑強的小民族共發動了五次十字軍征討，但所有的都失敗了。15世紀，歐洲的無業暴徒都加入了進攻波希米亞的行列，就像他們在13世紀加入討伐沃爾多教派的大軍一樣。但是與沃爾多教派不同的是，波希米亞的信徒相信軍事的抵抗力。開往波希米亞的十字軍隻要聽見胡斯軍的戰車聲和遠處傳來的戰歌聲，就四散奔逃；他們甚至不等戰爭開始（如1431年的多馬日利策之役）。1436年，教會在巴塞爾重開教會會議，與胡斯派達成了一項協議，拉丁教派實踐中的許多特殊情況都被承認。
15世紀，歐洲各地大瘟疫流行，社會秩序遭到破壞。在英國和法國，平民生活尤其困苦，這在民眾中產生不滿，農民常常奮起反抗地主和富人。胡斯戰爭以後，農民起義在德國境內大量增加，並帶有宗教色彩。印刷術進一步推動了起義的發展。到15世紀中葉，荷蘭和萊茵蘭的印刷工人已經掌握了活字印刷術。這種技術傳入意大利和英格蘭，1477年，卡克斯頓就在威斯敏斯特開始了印刷事業。其直接結果，就是《聖經》的大量增加和普及，這也大大便利了受歡迎的辯論的廣泛傳播。歐洲成了到處都是聖經讀者的世界，其廣泛程度是過去任何一個社會所沒有的。在這個時代，當教會混亂和分裂無法維持之時，當諸侯們想方設法削弱教會對其領土內財富的控製時，一種更為清晰的思想和更容易接受的主張被灌輸到人民的頭腦中。