柯南在傍晚來到了東京塔下，東京世界博覽會正在這裏召開。原來黑衣組織的本部就是東京的中心！柯南騙過了警衛進入了地下室的暗門。這裏是另外一個地下王國。柯南利用阿笠博士交給他的電腦在警衛房間裏侵入了黑衣組織的電腦中樞，正在向外傳播加密數據時，柯南意外的被人從後麵擊昏，那個人居然又是Gin。得到部份數據的阿笠博士將大家所擁有的信息整理到了一起，由優作和小五郎一起推理出了驚天的結論：黑衣組織的老板可能就是日本前首相吉田元博，而天皇本人也是黑衣組織的的支持者！組織的一部分重要功能就是以非法手段達到日本的擴張！而美國政府也早有察覺了這一點，並且指使FBI特工暗中介入。事實上美國也想通過操作組織來控製日本。當分析出這一結論之時，毛利租來的車子已經開到了東京塔下。關押赤井秀一的房門突然打開，走進來的是——“Sherry”。
第五部份：接近
畫麵在赤井秀一的回憶中展開。他居然是宮野誌保的童年最珍貴的夥伴，是唯一願意和宮野誌保玩的孩子。也正是因為這樣，赤井秀一才在第一眼就解開了哀身份的迷題。哀並不承認自己的身份，她說可以放走秀一，條件是要他永遠不要再回到這裏。兩個人在爭吵的時候Judy出現了，秀一為救哀而死，留下遺言：“無論在那個世界，你叫什麼名字，我都能找到我的天使。”Judy黑色的槍口指向了哀。這時毛利小五郎也闖入了組織內部，在組織訓練殺手的道場用空手道打敗了一群職業殺手。就在他洋洋得意之時，總教練出現了，居然是日本空手道冠軍風間仁。小五郎被打敗了，但跟蹤而至的蘭卻跳了出來，蘭在被風間的實力打入絕望之時耳邊傳來新一的呼喚，蘭終於爆發奧義，一擊之下擊倒了號稱不敗的風間。Judy正要槍殺哀時，Gin突然出現了，把槍口對準Judy。他命令Judy放下槍，並說哀對組織還有用。Judy奇怪的問：“不是你要我到這裏來殺死她的嗎？”Gin突然扣動扳機，一張撲克牌打中了Judy的手。原來這個Gin是基德扮成的。基德讓哀先去救柯南，自己在這裏看著Judy。哀跌跌撞撞的跑向控製牢房，而這一切都被組織內部的攝像機拍攝到了。這時優作也已經趕到了東京，越來越多的信息彙集起來，在他的特殊計算機分析下顯示出了一個結論。優作看著屏幕目瞪口呆。
第六部份：真相隻有一個
Gin和Vodka不知去向，哀順利的找到了柯南。原來在地下還有組織的列車，兩人乘著封閉的列車來到了組織的“聖殿”。聖殿的正前方是一塊巨型液晶牆，上麵出現的居然是前首相吉田的臉，他神色猙獰的說出一切。秘密被完全的解開：基德和他的父親黑羽之所以以寶石為目標，並不是因為寶石值錢的原因，而是因為其中的一塊寶石並非出於地球，而是來自銀河係之外！它特殊的物質可以放出特殊的射線，改變細胞的分裂成長方向，從而讓細胞獲得永恒的生命！為了在黑暗組織之前找到寶石，黑羽本人假裝葬身雪地，讓自己的兒子扮演怪盜來尋找寶石。但基德卻也一直沒能找到它。因為寶石很早就已經落入了黑衣組織之手，也正是在寶石射線的啟發下，黑衣組織才開始了“不死藥”的計劃。但又因為想要合理的釋放出寶石的能量必須解開特殊的方程，需要設計出高級的程序來計算射線的不同狀態，組織於是才在世界範圍內招募最一流的電腦程序員。屏幕上吉田所有的話被阿笠博士用無線電傳給了外麵的毛利等人，大家都非常驚訝。哀說：“不要再躲躲藏藏了，快出來和我們一決勝負吧。”“恐怕他是不會出來的。”柯南低下頭，眼鏡閃著銀色的光芒說出了令人震驚的話：“因為他早就死了。”