第七部份：人的戰鬥
柯南完美無暇的推理出了不可思議的結果：吉田首相早在5年前就死去了，殺手正是這個地方的安全保衛係統。也就是說，現在黑衣組織的最高頭腦，就是這台具有人工智能的電腦而已，它以利益時間比最大化的程序來發布組織的命令。屏幕上的吉田哈哈大笑承認自己的身體的確因為心髒病而失去功能，但自己的腦組織結構和DNA數據被完整的保存在的超級計算機中。隻要方程能夠被解開，自己就能獲得重生。這時電腦突然顯示射線的方程被解開了，重塑吉田的工程開始。吉田哈哈大笑，但相關的機器突然爆炸。還是胚胎條件的新的軀體毀滅了。原來是電腦AI自己下了這個命令，並將吉田的所有數據都刪除了。AI認為自己完全統治黑衣組織才是最大化的利益。這時大殿的頂棚突然打開，地麵升了起來。柯南發現他們居然到了在停靠在東京灣的*甲板上。原來這艘作為黑衣組織大腦的*長期飄蕩在太平洋中央，用通訊衛星來操縱世界各地的成員。站在甲板上迎接他們的是持槍而立的Gin。Gin向柯南扣動了扳機。
第八部份：江戶川柯南VS工藤新一
哀擋住了射向柯南的子彈，倒在柯南的麵前，Gin步步逼近。*的自動排外係統啟動。目標是一切生命體，Gin被桅杆的狙擊槍射中，一發又一發直到確認心髒停止。柯南死死的擋在哀的身上，萬幸的是他們的因為目標過小不予判定。天空漸漸就要亮了，哀微笑著拿出粘血的藥丸，世界上唯一的一顆APTX4869解藥。“柯南，好想永遠和你在一起。但我們沒有機會了吧。”哀握著解藥的手伸向柯南的臉：“吃下去吧。”“笨蛋！這顆解藥隻要得救之後分析成分就能複製了啊！”柯南抱緊了哀。“不要。”哀突然大聲的咳嗽起來，在一瞬間把藥塞進柯南的嘴裏。“你還不明白嗎？”哀看著柯南意外的吞下藥丸，緩緩露出笑臉：“這是科學和推理無法解釋的問題呢！”哀在閉上眼睛的時候用隻有柯南聽得見的聲音說：“不是工藤新一。我愛的人，是江戶川柯南。”“哀——”藥物和心意一起讓柯南感覺無比疼痛，他昏了過去。優作和小五郎在突然之間靈光一閃。優作終於找到了破解這個由科學與邏輯組成的巨大機器的銀色子彈。
第九部份：銀色彈丸我們的約定！
我們的約定人類擊潰一切邪惡與魔鬼的銀色彈丸就是無可代替的“愛”。“愛”就是科學與邏輯永遠無法解釋的程序。工藤優作發送的銀色彈丸在以瞬間傳導到了電腦中樞。超級計算機由於溢出的計算以及以及無法模擬程序方式而最終崩潰。*倒數五分鍾的自爆裝置開始啟動。新一在迷迷糊糊中聽見了熟悉的呼喚：“新一！新一！”還有直升機的聲音。一切都結束了：*在太陽升起的時候爆炸了。新一坐在了海邊見那種比太陽還要耀眼的光芒，暗想：“江戶川柯南已經不存在在這個世界了。他已經和哀一起去了屬於他們的幸福花園。而我……”他轉過頭看見立在身後淚水瑩瑩的蘭。“終於實現了，我們的約定！”新一把蘭緊緊的抱在懷裏，很久很久。新一突然看見站在遠處朝霞裏的少年偵探團，他習慣性的想跑過去和大家一起，但腳步又突然停住。新一緩緩的轉過身去，用隻有自己能聽見的聲音說：“大家，再見了。”他慢慢的往另一邊的人群中走去，沒有回頭，咬緊牙齒淚水居然都忍不住模糊了眼睛。一顆很大的淚珠突然滑落，之後更多的淚水緊隨其後落下。新一聽見步美的聲音：“再見了，柯南同學。”