為了更好地發展工業，袁方把工部分成兩個部：農業部和工業部。
原工部尚書倪元璐改為農業部尚書，袁方把王良逸直接提升為工業部尚書，王良逸替袁方管理了幾年工廠，在這方麵已經有了一些經驗，讓他來當這個尚書在合適不過。
袁方把明朝的都察院改為監察部，並任命原都察院左副都禦史方嶽貢為監察部尚書。
袁方新設立了一個軍情局，軍情局隸屬兵部，軍情局的局座由兵部侍郎兼任，這個位置的不二人選是湯祖契，湯祖契從事了十多年的情報工作，他已經在全國絕大部分地區布下了情報網，是袁方的得力幹將。
沒過幾天，才把韓讚周這些太監按下去，勳貴劉孔昭也來鬧事。
誠意伯劉孔昭在英國公張之極和隆平侯張拱日的影響下，也支持朱常潤監國，他自認為有定策之功，現在論功行賞，怎麼著也得進入內閣。
所以，他來到了兵部大堂，吵吵嚷嚷地要入閣。
不等袁方開口，立於一旁的吏部右侍郎張慎言厲聲嗬斥道：“吏部用人自有本末，誠意伯在大殿之上吵鬧成何體統！”
劉孔昭十分的囂張，他突然從腰間拔出一把匕首對著張慎言威脅道：“姓張的，老子有定策之功，你再敢多言，看老子不一刀宰了你！”
袁方一拍案幾，喝道：“劉孔昭，把刀放下！你持刀進殿，這是要造反嗎？”
劉孔昭一愣，忙把匕首收起，向袁方拱手道：“首輔大人，在下隻是嚇唬那個姓張的，他太不是東西！”
“我怎麼就不是東西了？”張慎言麵紅耳赤地問道。
劉孔昭道：“首輔大人，張慎言舉薦吳甡為官就是誤國，且他在定策時懷有二心，這種人還能在吏部為官，我劉孔昭不服！”
袁方語氣放緩道：“誠意伯，說話要有證據，朝堂之上豈能信口開河？”
劉孔昭藐視地看了張慎言一眼：“此人勤王無功，還須要何憑證？可殺，可殺！”
此時，張之極站起來說話：“殺與不殺不是你說了算的，你現在如此的胡鬧就是對首輔大人不恭，還不快快退出去！”
劉孔昭一邊走一邊道：“有功之人也不能為官，我要去找監國說理去。”
……
袁方豈能放過大鬧朝堂的劉孔昭，不等他去見朱常潤，張從就帶人把他抓了起來。
就算張從不把劉孔昭抓起來，他要去見朱常潤也是白去的，因為他根本就不可能見到被袁方軟禁起來的朱常潤，這個皇宮都是由袁方的禦林軍把守著，沒有人可以隨意進出皇宮。
雖然皇宮把守得嚴密，但是也不是說沒有人去見朱常潤，每天的早朝袁方還是允許朱常潤進行的，隻是來參加早朝的大臣都是袁方體製內的官員，其他的人是不會允許進來皇宮的。
朱常潤的早朝不是天天有，來朱常潤這裏上朝的都必須經過袁方批準。其實也沒有人願意來見朱常潤，每次假意來上朝的都是袁方派過來的。袁方每次隻準許三十人進宮，目的是讓朱常潤覺得自己還是個皇上，他所批複的奏折不會有人去執行的。
真正的權利機構在兵部，現在南京的政治經濟大權全部都掌握在袁方的手中。
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