6月1日學生聯合會就有2日起再行分隊出外舉行露天講演的決議，並且決定：如果2日出外演講的完全被捕，次日就加倍再出，3日又完全被捕，4日就全體齊出。這就是所謂六三運動的醞釀期間。
6月2日上午9時，各校合計有二千人士的演講員各把一麵小旗藏在袖口裏，陸續地一個一個地偷出校門口，因為這時各校門口都有軍警看守，不能整隊齊出。行到各熱鬧的街口當中就揭出袖中所藏的旗幟，號召聽眾，並且立地講演起來。因為這種辦法已超出軍警的預想以外，並且人數很多，當地的警察雖然照例上前幹涉，終究很少效力。但這樣地不把政府的戒嚴令當一回事，在軍警方麵自然覺得太過不去，直到下午3點鍾的時候，無聊的步軍統領衙門和警察廳隻得下令捕人，於是同時被捕的有46人之多。北京大學法科就變成臨時的監獄！不過這次被捕，完全在大家意料之中，當然大家沒有特別驚慌的地方。雖然當夜謠傳被捕去的學生均遭槍斃，而3日上午加倍出發的講演員卻依舊鼓起精神，分途出發。一時北京市上差不多沒有一條胡同沒有立地演講的學生，同時卻也沒有一條胡同沒有幹涉演講和逮捕演講學生的警察。被捕的學生初由各地的警察押送到各警察分局分所，而那些學生就在各分局分所對著看守的警察演講起來，講演的學生大都“垂淚而道”，而聽講的警察亦大都“掩麵而泣”！甚至於有深表同情於學生而大罵那些賣國賊段、徐、曹、章輩的。後來步軍統領衙門即分派大批馬隊步隊協同警察，再由各分局分所靜悄悄地把所有被捕的學生一律解送到北大法科和理科管押。在被解送的時候，學生依舊沿途大呼：“抵製日貨！”“懲辦國賊！”甚至於有大呼“大家起來革命”的。遇著從學校出來打聽消息的同學即彼此大呼什麼“中華民國萬歲”，什麼“前進”，什麼“死呀！”“死呀！”“你們先去呀！”“我們就來呀！”一片激昂慷慨，淋漓悲壯的聲音，真個把北京城裏鬧成了一個鬼哭神號的世界！這時對於被捕的學生特別表同情示敬禮的，就是那些特別出來參觀的美國教員，因為他們一遇著被押解的學生即立在道旁舉手示敬，而這些狂呼大喊的被押解的學生在脫帽還禮的時候益覺勇氣百倍；因此引出了美國教員不少的熱淚，同時道旁的行人卻也有不少所見流淚的。等到被解送的學生繼續進了法科或理科以後，大家雖然餓了10個鍾頭，但因為在裏麵看守的軍隊為大家的沉痛演說所感動，對於被看守者在法科理科範圍以內的行動完全不加幹涉，各人不但不覺到有什麼恐懼與苦痛，而且立刻又在裏麵組織一個被捕學生聯合會。這個組織差不多和原有的學生聯合會的組織一樣，不過評議部和幹事部的職員都由各學校學生按照每校幾人的規定自行推出，所以到了3日的晚上，在法科被看守的幾百人就把所謂評議部和所謂幹事部所有的交際股、庶務股、會計股、糾察股、衛生股等都組織得完完全全，一切事情都有專人負責，不但秩序井然，而且食宿的問題也能設法解決了。這時大家所不放心的就是明日各校學生全體出發的事情是否能夠實現；大家最希望的就是北京商界能夠罷市，京外的各界能夠予大家一點聲援。
各校留在校內的學生自見3日出外演講的同學悉數被捕，固然明知軍警監視學校愈加嚴密，不容易全體走出校外，但為免除良心上的痛苦起見，隻得各人攜帶自己被褥，死力衝出。果然全體攜帶行李衝出以後，軍警即蜂也似的上前阻止了。但是全體學生挾破釜沉舟之勢向前猛進，並且用著慷慨激昂、懇切沉痛的態度向著軍警們演說，軍警的良心已經發生一種說不出的悲哀和慚愧，哪裏再有力量來阻止學生們不去呢？所以4日軍警方麵所持的態度，也和3日兩樣，因為他們3日若見演講的學生即盡數捕去，4日卻隻極力苦勸，甚至於有跪地哀求學生們不要再出外演講，絕對也不再捕人了。所以4日出發的學生反能夠很自由地在一切熱鬧的地方向一切聽眾把平日所不能說不敢說的話都任意地說出來。但是他們一麵演講，一麵卻都向著北大法科理科走，因為一則可以就近探聽昨日被捕同學的消息，一則可以從聲勢上表示一點勝利，以安慰安慰他們的沉悶。後來都能達到目的，很平安地各回學校去了。
“六·三”以後，北京的學生仍在堅持鬥爭。但學生運動的中心已轉移到了上海。上海學聯一麵發出急電為北京學生呼籲，一麵發動學生上街演講，並挨戶動員商人罷市。
在學生的積極推動聯絡下，上海的商人舉行罷市。6月5日，全市各業大小商店、影院、飯店、銀行等都停止營業。許多商店門前貼著“商學一致”、“挽救學生”、“罷市救國”、“不除國賊不開門”等標語。民族資產階級由參加抵製日貨上升到實行罷市，並在罷市中和反動軍警的威脅進行了鬥爭，表現了反帝反封建的積極性。但是在運動中也顯示出這個階級的軟弱性。他們是在學生的痛切要求、鼓動和店員的積極支持下，才同意罷市的。罷市以後，他們又搖擺不定，不少人企圖違背協議，提前開市。由於店員的鬥爭，才使罷市堅持下去。在罷市期間，民族資產階級害怕引起帝國主義的不滿，上海商業公團聯合會曾發表宣言，聲明罷市“純係愛國熱情，對國內有所要求，秩序井然，並無絲毫暴動行為”。希望帝國主義“主持公道，弗生誤會”。上述情況表明，民族資產階級是一個具有兩麵性的階級。上海罷市以後，南京、寧波、廈門、鎮江、蕪湖、無錫、蘇州、杭州、天津、濟南、唐山、安慶、九江等地相繼罷市。
上海三罷鬥爭開始後，在學聯推動下，6日成立了上海各界聯合會，作為各界的聯絡機構。在三罷鬥爭中，上海學生同中外反動派的鎮壓逮捕進行了英勇頑強的鬥爭，不斷發生激烈的衝突、格鬥。他們堅決拒絕上海反動當局的欺騙和“勸告”，反對開課開市，並向北京、天津、南京、鬆江、寧波、廈門等地的商會，告知上海堅持罷市的主張，推動各地的罷市鬥爭。在上海、北京、天津、南京等地學生的努力下，6月初在上海發起籌備全國學生聯合會，並在三罷鬥爭中首先成立了全國學聯籌備處事務所。籌備處曾通電各地學聯，暑假期間仍要堅持進行愛國宣傳活動。另外還致電巴黎和會，申明中國工商學界誓死反對和約簽字。上海學生的鬥爭，推動了全國的罷課進一步發展，“六·三”以後，鎮江、南昌、九江、南通、徐州等地學生也陸續罷課。