五四運動迅速傳遍全國，它代表了全國人民的共同呼聲，得到了全國各界的支持和關切。軍閥政府逮捕學生的消息傳出後，各界人士紛紛抗議，上海、天津等地，以個人名義和團體名義要求釋放學生的函電每日有數十起。
北京學生的愛國運動和全國的抗議使北京軍閥政府十分震驚，4日晚，國務總理召開緊急會議，研究對付的辦法。曹汝霖無家可歸，恨得直咬牙，他極力主張對學生進行武力鎮壓，並且下令電報局禁止學生拍電報。
5月5日，北京學生宣布罷課，由陳獨秀組織，成立了以易克、吳堅民、宋天放、李梅羹、王複生、劉克俊等為代表的學生聯合會，要求釋放被捕學生。
自全體學生罷課以後，直接感受苦痛的就是各校的校長，因為一方麵要受什麼政府的責備，一方麵又要受學生的責備。所以他們連日大忙特忙，開會，寫信，打電話，向教育總長說話，向國務院警察廳檢察廳疏通，向學生演說，一個個都弄得筋疲力盡。蔡元培等幾位大學校長開了一個校長會議，很多校長都怕事情鬧大了，對學生不利。最後決定先勸學生們複課。緊接著，蔡元培就開了一個學生大會，會上，蔡元培說：“同學們，別急，我們已請王亮疇先生去保釋前日被捕的學生，所以，你們最好先……”蔡元培這“複課”兩個字還沒說出口呢，門外突然跑進一個學生，喊著：“蔡校長，王亮疇先生取保不成，現在正在步軍統領署受作弄，陳獨秀先生請你趕快出主意解救。”他話音剛落，全場嘩然，很多人大哭起來，喊著：“要死就大家一起死，不能就讓他們三十幾人替大家受過。”學生們很多就要往外跑。這時，蔡元培說：“同學們，靜一靜！你們再怎樣也是手無寸鐵，這樣無組織地去，隻能給政府找到借口，可能還要逮捕更多人，要哭要鬧，我都支持，但看怎樣才能達到目的。你們中選出兩名學生代表，我們一起去政府那陳說，如果不成功，我蔡元培也無臉再當這個大學校長。隻有盡力和同學們共存亡。”
聽校長這麼說，同學們也就都靜了下來，開始選舉代表，然後又派同學去各校說明了一下情況，各校一致決定，目的不達，則學生全體束身待罪，以聽政府處分，斷不能使少數人為眾人受過。
不幸的是，校長的請願也失敗了，於是，他們紛紛遞交辭呈，願以本身待罪，徐世昌總統聽說校長也來“搗亂”，大怒，對各校師生下令，嚴禁再進行集會、遊行活動，不守約束的人立即開除。由於政府的白色恐怖，業已決定5月7日召開的國民大會被迫取消。陳獨秀對此十分憤慨，他在《每周評論》上發表了《研究室與監獄》一文：
“世界文明發源地有二：一是科學研究室，一是監獄。我們青年要立誌出了研究室就入監獄，出了監獄就入研究室，這才是人生最高尚優美的生活。從這兩處發生的文明，才是真文明，才是有價值的文明。”
陳獨秀的這段檄文，對反動政府極盡諷刺，一時間成了青年的座右銘，極大地鼓舞了學生們的士氣。這篇文章傳遍大江南北，全國各地紛紛來電，要求釋放學生，廢除“二十一條”，嚴懲章、曹、陸。北京政府迫於人民的壓力，終於決定，釋放被捕的學生。
5月7日，北京大學張燈結彩，歡迎捕去的學生們歸來，李大釗看著學生們笑著鬧著的情景，感慨地對校長蔡元培說：“很長時間沒看到這種情形了，這是青年們本應該享受到的。”蔡元培沉默了一會，對李說：“政府不會就此罷手，守常，明天我就要離開北京了。這的事務就交給你了。”“校長，你……”蔡元培擺擺手，製止住李大釗要說的話：“政府昨天已給批下辭呈，局勢不能挽回，我也累了，想休息休息。我想世人都會明白，我蔡某所做的一切，都是出於愛國。”李大釗本想再說什麼但終又咽了回去。學生們的笑語不斷傳來，北京城已是萬家燈火。“隻不知這祥和能持續多久。”李大釗心裏歎道。
徐世昌和國務總理錢能訓正在政府大樓裏進行著緊急商議。錢能訓喝了一口水，慢吞吞地說：“這些學生放回去就等於是放虎歸山，這以後還不更得鬧啊？”徐世昌恨恨地說：“就這些學生，身在福中不知福，對他們軟不得，硬不得，不過，這件事我也覺得太便宜他們了，這民亂非得國亂，必須得好好治治他們。”錢能訓眼睛一轉，說：“最好再把這些學生送交法庭審辦，判他們一個打人放火罪，先壓壓他們的氣焰。”徐世昌說：“主意好是好，但學生們肯定還得鬧。”錢能訓幹笑幾聲說：“這還不容易，幹脆一不做，二不休，一個鬧抓一個，兩個鬧抓一雙，我想學生們也不會那麼傻，等事過了，再放了他們，又樹立了政府的威信。”徐世昌瞅了瞅錢能訓，最後，猛一拍案子說：“好，就照你說的辦！”
各校還不知政府的陰謀，已經開始複課了，正在上課時，匡互生他們卻收到了檢察廳預審的傳票，他們這才意識到，喜慶過早了。天津、上海、南京等七個城市的學生，組織成立了中國學生聯合總會，5月11日，北京各大專學校教職員聯合會也正式成立，和學生們一起參加愛國活動。5月13日，他們共同向北京政府提出警告，要求迅速答複所提出的愛國要求，並嚴懲賣國賊章、曹、陸。而與此同時，北京政府竟冒天下之大不韙，在國務會議上通過了在和約上簽字的決定。
學生們忍無可忍，18日召開緊急會議，大家又聚在一起。李大釗說：“政府已經下令在和約上簽字，對民意充耳不聞，倒行逆施，如果我們再忍耐，國家就真亡了。政府對留日學生被捕而不問，對北京學生的呼號而不顧，反下令逮捕、搜查，使人民如臨大敵，這叫什麼政府，我們不要這樣的政府！”“我們仍要以遊行、罷課為手段，做最後的要求和運動，但願能得到全國的讚助。”會議決定急須實行的事有三件：一件是組織學生護魯義勇隊，做政府後援；二是四出演說；三是組織十人團。
會議後，學生們就馬上行動起來，“十人團”到北京市內及附近鐵路臨線進行演講，收到很好的效果，但受到政府鎮壓，又有兩名學生被捕去。
陳獨秀聽到這個消息後，馬上去李大釗那。“看樣子，這樣進行，吃虧的肯定是我們。”陳獨秀說。李大釗憤懣地說：“這些作惡的人，還不僅是曹、章、陸一班人，現在的世界仍然是強盜的世界啊！”陳獨秀想了想，突然眼前一亮，說：“我們可以發起提倡國貨、抵製日貨的活動，這樣既進行了愛國宣傳，也沒有針對政府。”“好主意！”李大釗不禁大笑起來，“獨秀，還真有你的。”
5月22日，北京大學校園內停著兩輛貨車，裏麵裝的全是日貨，學生們邊向圍觀群眾發送宣言書，邊進行演講，隨即把日貨傾倒在地上，點著了火。人們痛快地往裏擲日貨，有的人甚至當場就回家拿來日貨焚燒。火越燒越旺，陳獨秀站在人群中，和大家一樣地感受著這越燒越旺的愛國之火。
但政府的壓力卻越來越大了。政府對於學生的種種活動無不加以注意和幹涉。各校附近無不密布軍警，所謂露天演講、發散傳單和發行刊物——如《五七》、《救國》之類——等等運動自然都被嚴厲地取締和禁止。學生聯合會雖然每日改換會議地點，亦屢次為政府所探知而施行強迫的解散。什麼請願書雖然再三地向政府送去，哪裏能夠值得他們一顧呢！到了5月30日，向政府自告奮勇的代理教育總長袁希濤竟下了一道限學生於三日以內一律上課的訓令。到了5月31日，徐世昌的禁止集會演講和宣布戒嚴的命令更堂而皇哉貼到各校的門口。6月1日，北京下了兩道命令：一道為表揚被民眾所指責的章、曹、陸，一道取締學生的一切愛國活動。這加倍激起了學生群眾的憤怒。