抗日戰爭勝利了。戴笠準備與胡蝶正式結婚，囑咐胡蝶飛往上海，先與潘有聲辦理離婚手續。潘有聲迫於權勢，同意與胡蝶解除婚姻關係。胡蝶掉著眼淚對丈夫說：“姓戴的隻能霸占我的身體，卻霸占不了我的心。有聲，我的心永遠屬於你。”正在這個節骨眼上，戴笠因飛機失事摔死於南京近郊，與胡蝶結婚即刻成為泡影。以後，胡蝶便與潘有聲一起，神不知鬼不覺地離開上海到香港去了。
1946年3月17日下午1時13分，國民黨軍統局局長、有中國的希姆萊之稱的軍統特務頭子戴笠乘坐的專機墜毀，機上人員無一幸免。
戴笠死後，關於死因有不少民間傳聞。戴笠一生十分迷信，疑神疑鬼，號稱東方的蓋世太保。早年困苦潦倒，有一次找人算命，算命先生說他“八字屬於雙鳳朝陽格，但因缺水，故早年命運蹉跎，仕途難登。”於是就改名戴笠，字雨農，意思是雨中戴笠的農夫，水足得很，後果然青雲直上，當上了軍統局局長。戴笠每次出去時，起的化名都是帶水字旁的，如“塗清波”、“沈沛霖”、“洪淼”等，一向平安無事。然而，1945年底，軍統局秘書室助理袁寄演是位青年書生，接受了一些科學知識，替戴笠起工作化名時，故意不用水，而擬了一個缺水多山的化名：“高崇嶽”。戴笠正好不在局本部。去了天津，無法知道新化名的擬定，而毛人鳳也一時糊塗，沒有好好想一下，竟馬馬虎虎的批準使用。但這一次卻是命中注定難逃一劫。本來，他從北平起飛就有一點勉強，因為氣候原因部屬都勸他取消這次飛行。可是戴笠此時正與大名鼎鼎的電影女演員胡蝶打得火熱。據說當天或是次日是胡蝶的生日，戴笠答應她一定趕到上海為她慶賀生日，所以強行起飛。又由於上海下雨，戴笠才改飛南京，目的仍是下機後便於乘車及時趕赴上海。哪裏想到他匆匆忙忙趕的竟是一條不歸的黃泉路。結果他的飛機撞在戴山掉入戴湖，這不能不說冥冥之中有一種不可逆轉的巧合。
對關於戴笠專機失事的原因，人們一般認為是天氣惡劣所致；但新近披露的史料也提出了另一種說法。
1928年7月2日，剛剛被蔣介石收編為國民革命軍第六軍團第十二軍軍長的孫殿英，一夜之間將慈禧和乾隆兩座墓掘開，將墓內陪葬的金銀珠寶等洗劫一空，這就是著名的東陵盜寶案。
在孫殿英所盜得的寶物中，最珍貴的當數乾隆墓中一柄九龍寶劍。這柄劍長5尺，上雕9條紫金龍，象征“九九歸一”。劍鞘用名貴鯊魚皮製成，嵌滿紅藍寶石及金剛鑽。
孫殿英是個有名的兵痞，被蔣介石收編不久，就幹下了盜清朝皇陵的重大事件，一時全國輿論嘩然。然而，老於江湖的孫殿英將盜陵得來的贓物，買通了當朝權貴，結果轟動一時的盜寶案最後不了了之。
抗日戰爭爆發後，蔣介石任命孫殿英為冀察遊擊隊總司令。但由於他出身於臭名遠揚的雜牌軍，因而始終難得蔣介石的青睞。於是，他想到了蔣介石身邊的紅人、軍統特務總頭目戴笠，通過關係與戴笠成了拜把子兄弟。後經戴引薦，受到了蔣介石的接見和任用。
為表示對戴笠的謝意，孫殿英將從乾隆墓中盜得的九龍寶劍交給戴笠，由戴轉獻給蔣介石。戴笠把寶劍隨手交給了軍統特務馬漢三，要他設法將寶劍送往重慶，呈獻給蔣。馬漢三接過寶劍後，知道這是一件無價之寶，立即起了貪寶之心。
戴笠回到重慶後，遲遲不見馬漢三將寶劍送來，於是發電給馬漢三詢問。馬漢三撒謊說：為安全計，寶劍仍留在孫殿英處，容日後再做計議。
1940年初，馬漢三以商人身份到張家口一帶活動時，被當地日諜機關逮捕後暗中投敵。寶劍先後落入日本大特務田中隆吉與女間諜川島芳子手中。
馬漢三被田中釋放後，幾年中在軍統內步步高升。盡管如此，私自藏留寶劍的陰影始終籠罩在腦海中，成了他的“心病”。他經過多方打聽，了解到寶劍落到了川島芳子手上。抗戰勝利後，馬漢三通過活動，被戴笠任命為軍統北平辦事處主任。馬漢三到北平後，第一件事就是將川島芳子逮捕，在川島芳子住宅的地窖中找到了寶劍。
幾年後，戴笠到北平檢查肅奸工作。在提審川島芳子時，意外地得悉了九龍寶劍的下落和馬漢三投日之事，多年來縈繞在戴笠腦海裏的疑問終於有了答案。
戴笠從馬漢三手中索回九龍寶劍後，並沒有一句責備馬漢三的話。相反，戴笠還故意留下一封信，讓他轉交文強，以示對馬漢三的信任，以穩住馬漢三。馬漢三自交出寶劍後，死亡的巨大陰影籠罩著他。他感到，與其坐以待斃，不如鋌而走險，向這個無人能敵的頭號殺手挑戰。
1946年3月16日，戴笠由北平去天津，隨即轉飛青島。馬漢三找來心腹死黨劉玉珠，命他先期趕到青島，設法在戴笠的專機上安置定時炸彈，製造空難事故。
第二天，戴笠決定上午11時飛往上海。劉玉珠獲悉戴笠登機的時間後，立即驅車來到機場，向警衛戴笠專機的軍統特務提出要登機檢查安全。由於劉玉珠有華北督導員的身份，警衛沒有懷疑。劉玉珠登上專機後，將一顆高爆定時炸彈放入一個木箱之中，並將引爆時針撥到飛機飛臨上海上空時爆炸，以造成飛機降落時失事的假象。
21日國民黨的中央日報首先刊登了戴笠專機失事的新聞。戴笠的死因，就此成為定論。一件彌天大案就此掩蓋了過去。
戴笠專機失事後的第四天，軍統總務處長沈醉趕到失事現場，從當地百姓手中追回了兩件寶物，一件是一隻一尺多高的宋代羊脂玉白九龍杯，一件就是戴笠從馬漢三手中討回的九龍寶劍。
負責辦理此案的保密局司法處長李希成從清理戴笠的遺產和飛機失事的遺物入手，一步一步追查，終於弄清了馬漢三藏留寶劍，投敵叛變，暗殺戴笠的全部事實真相。毛人鳳認為將此結果公布出去，而且將馬漢三等人的事實真相公開，對國民黨及軍統局本身形象亦不利，於是決定馬漢三案真相不許公布。1948年9月27日，馬漢三、劉玉珠被秘密處決。就這樣，戴笠死亡的真相就被掩蓋了起來。
蔣介石跟戴笠的關係，是很有意思的。蔣介石非常倚重戴笠，甚至很怕戴笠。這其實非常容易理解。特務，不過是抓人隱私，以控製人，戴笠就是這麼一個幫助蔣介石控製人的人，他做得很成功，很有一手，蔣介石當然倚重他。他太成功了，抓了太多的隱私，包括蔣在內的四大家族的隱私，都抓得清清楚楚，蔣介石當然怕他。所以，戴笠不得不死。
這時，民間流傳出一首與戴笠之死有關的打油詩，有人推斷這是一處巧合，是天意：
三五三十七，騎鶴去遼西。
不怕南來一隻虎，就怕北來一支機。
這首詩事出有因：原來，戴笠在北平會上多年不見的老同學李某，李某當時是某軍旅長，自幼曾受異人傳授，精於看解手相，並且非常靈驗。那天給戴笠看了手相，囑咐戴笠多加小心，戴笠不以為然。後來戴笠死亡後，李某曾驚呼太靈驗，為戴笠之死可惜。“三五三十七”，意思是民國35年的3月17日那天要出大事，叫大禍臨頭，若在家中不出門，就躲過了災難，這天正好是1946年3月17日。騎鶴去遼西，是人死後駕鶴飛往無邊的西方。這裏的遼西，不是遼寧。後二句說明戴笠乘飛機而死，戴（岱山之岱）落笠（泥）溝，是戴笠人生注定的歸宿之所，上天早有安排，在劫難逃。這樣一看，是宿命論的思想，正說明戴笠該死。
戴笠死後，這時，國民黨元老張群，素知在場的章士釗先生與杜月笙交誼不淺，與戴笠也有很多交往，於是極力推薦章士釗主筆。在眾人的一致附和下，章士釗先生自知已不好推辭，稍加思索後，一揮而就：
生為國家，死為國家，平生具俠義風，功罪蓋棺猶未定。
譽滿天下，謗滿天下，亂世行春秋事，是非留待後人評。
章士釗寥寥數十字，入木三分地刻畫了戴笠一生的特點。
1946年，戴在南京江寧縣墜機身亡，據說蔣介石愁腸九轉，創巨痛深。親臨重慶“四一”軍統紀念大會，與參加會議的特務一同悼念戴笠；6月在南京親自為戴笠的葬禮主祭，蔣介石在挽聯上寫著：“雄才冠群英山河澄清仗汝績，苛禍從天降風雲變幻痛予心”；8月，蔣介石親自到了戴笠摔死的地方，並在戴山山腳一座不大的戴家廟中，對軍統大特務們訓話。他要給戴笠找一塊風水寶地，所以戴笠、戴局長、戴將軍的大柩，一直未安葬，停在靈穀寺。而毛人鳳深知蔣介石專程研究過各種術數，卜卦算命看風水，樣樣精通。半個月後，蔣介石來到南京。此回，他是一個人來的。蔣委員一身短衣，一頂草帽，還戴了一副淺色墨鏡。在一幹大特務的尾隨之下，他拄著手杖一直走到靈穀寺後山的山頂之上，左看看右看看。跟隨之人，誰也不知他在玩什麼玄虛，無一人吭聲，默默跟著。蔣介石也不管一幫侍衛和隨從，徑直從山頂又轉到烈士公墓山頭之上，仔細察看，接著，順烈士公墓小道下山。最後，蔣介石站在一水塘邊，對毛人鳳說：“這是一塊好地，風水不錯，模樣又好，前後左右，都有講究，非常吉利。不過，一定要注意，安葬時務須取子午向。”沈醉說：“聽來他對這些很內行的樣子，這位經常做禮拜，手不離聖經的虔誠基督教徒，原來是一個迷信風水的陰陽家。蔣介石選擇好地點，定好方向之後，又叫毛人鳳找人看什麼時候下葬最適宜，才擦著滿頭汗珠鑽進汽車。毛人鳳和許多軍統特務，看到他對戴笠這樣愛護，莫不為之感動。主仆之間的關係，由這點也可看出很不尋常。”軍統局在蔣介石卜定的風水寶地替戴笠營造了墳墓。
蔣介石曾對人說：戴笠“生也為國家，死也為國家”。為此，蔣介石多次示意時任教育部長陳立夫，要發動一些文化、教育、法律界的名人，寫幾幅挽聯來悼死撫生，以提高戴笠的身份。為此，陳立夫利用一些名流聚會時，向大家提出了給戴笠送挽聯的事。在場的名流們雖然感到欽命不敢違，但想到戴笠其人的黑暗一生，如何能歌功頌德？假使照實寫來，豈不有違蔣介石的初衷，很有可能引火燒身自找麻煩。想來想去，一個個相互推諉。去年，南京媒體報道，沉寂了大半個世紀的戴笠墓葬遺址，在中山陵國民革命陣亡將士第三公墓範圍內被發現。但由於戴笠墓一直處於人們的視野之外，沒有得到有效的保護，遺址的很多部分已經損毀嚴重，不複本來麵目。有關部門正在對戴笠墓進行修繕，最大限度恢複它的原來麵貌，爭取盡快對遊人開放。為此引來媒體爭鳴——該不該修繕與開放戴笠墓地？章士釗先生於1946年所作一副挽聯，可供研究或批判。“生為國家，死為國家，平生具俠義風，功罪蓋棺猶未定；譽滿天下，謗滿天下，亂世行春秋事，是非留待後人評。”
總而言之，這起發生在南京上空的神秘墜機事件，到底是失事還是謀殺？到現在為止仍然是一樁未解的懸案，至今依然沒有準確的答案。