嘉靖三十六年（1557年）宮中火災，火勢危及文樓。火災之後，嘉靖皇帝萌生了將《永樂大典》再抄一部副本另外保存的念頭。重錄副本直到隆慶元年（1567年）方告完成，與永樂正本的格式、裝幀完全一致。永樂正本移放到文淵閣，明亡之後下落不明。
學術界一般認為，大批書毀於明清之際的戰火，也有人提出可能作為嘉靖皇帝的殉葬品埋入了永陵，有些學者稱之為未解之謎。
明代的內閣製是如何確立的
明代的內閣製，發展過程是頗為複雜的。嚴格說來，內閣製是直到仁宣之世才正式形成的，並且直到了仁宣之世“大學士”才獲得實權。
朱元璋登基後，廢除了丞相製，六部直接向皇帝負責，皇權空前加強，全國政務最後都集中到他的身上。
如此一來，朱元璋即使整天批答處理章奏，仍然忙不過來。每當遇到重大問題時，手下又無人可以共同商量。
此時，朱元璋已經發覺要人參謀幫助的重要性。於是，洪武十三年(1380年)九月，朱元璋置“四輔官”，讓大儒王本、杜佑、龔牧、吳源等任之。四輔官的任務是“協讚政事”，複核司法審判結果，有疑問的可以封還再議。
然而，這些人不能勝任其職，不久之後相繼致仕。繼任的安然雖練達庶務，卻在洪武十四年(1381年)八月病死，以後就廢罷不設。四輔官的設置雖然隻有一年左右，但是已經開了皇帝要人幫助的先例。
洪武十五年(1382年)，朱元璋仿效宋朝的製度，任命禮部尚書劉仲質為華蓋殿大學士，檢討吳伯宗為武英殿大學士，典籍吳沈為東閣大學士。又置文華殿大學士，征耆儒鮑恂、餘銓等為之，輔導太子，都給五品官的待遇，這就是後來內閣製的最早雛形。不過，由於朱元璋勤於政事，重大政務皆自行決斷，直到病重彌留之際，還親自辦理政事。因此，這些大學士不過是擺設而已。
朱元璋之後的建文帝，一直忙於征戰，大學士一職也沒有什麼改變。
明代內閣製度的基本形成，是在明成祖朱棣時期。
朱棣即位後，便命侍讀解縉、胡廣，編修黃淮，修撰楊榮，編修楊士奇，檢討金幼孜、胡儼等人入內閣，參行政事，這是內閣幹預中樞政治的開始。
從此以後，閣臣的設置成為常製，成為一個穩定的官僚機構，從職責和名稱來看，明朝的內閣製度，這時已基本形成。但當時閣臣的階秩不高，“各賜五品服”，是中級官員。但是入閣者不得管理下屬各司，各司奏事也不經過內閣。
盡管閣臣與皇帝“朝夕左右”，“機密事務悉預聞”，朱棣也曾鼓勵解縉等人說：“代言之司，機密所係，且旦夕侍朕，裨益不在尚書下也。”但實際上閣臣的權力遠遠不及尚書，尤其當時的吏部尚書蹇義、戶部尚書夏原吉等人的權力遠遠大於“大學士”。閣臣雖得以參預機務，但他們的權力卻受到種種限製。他們的建言行事，即使得到皇帝的讚許，在推行中也還會有所顧忌。
如永樂十七年(1419年)十一月，學士楊榮疏陳十事，皆指斥府、部、法司積弊。永樂看完後密諭榮曰：“卿言甚當。但侍臣腹心之臣，若進此言，恐群臣相猜疑，不若使禦史言之。”於是，禦史鄧真上疏入奏，眾皆請罪，詔諸司即日悛改，怙終者不赦。從這一事件不難看出，永樂年間的閣臣雖然可以接近皇帝，但是份量卻不重，跟掌握實權的大臣還有一定的距離。
仁、宣時期，明朝的內閣製度進一步發展，閣權開始重於部權，主要原因就是各個大學士逐漸開始晉升為尚書、太保、太傅等職，無論何事，皇帝都召見大學士議論，閣臣之權也漸漸大了起來。
在朱棣之前，“殿閣大學士，官僅五品”，“終永樂之世，未嚐改秩”。朱棣在位時，雖然信用閣臣，但因階秩不高，處理朝政時，必然要受到一定的影響。
仁、宣時期就打破了這一限製，不斷提升閣臣的官階。仁宗剛即位，“進楊榮太常寺卿，金幼孜產部侍郎，仍兼大學士。楊士奇禮部左侍郎，兼華蓋殿大學士，黃淮通政使兼武英殿大學士，俱掌內製”。這樣，就把閣臣的官階從正五品提高到正三品。
仁宗時，又設建文、永樂時罷置的公孤官(太師、太傅、太保為三公，正一品，少師、少傅、少保為三孤，從一品)。先後封楊士奇少保，又進楊榮太子少傅兼謹身殿大學士，金幼孜太子少保兼武英殿大學士。
可見，這時內閣大學士已躋入公侯伯尚書的行列。十二月，又進楊榮工部尚書。自仁宗即位以後，對楊士奇等閣臣不斷擢升，但提升為尚書的，楊榮為第一人。雖在這之前閣臣已有提升為公孤官的，但還是虛銜，不及尚書握有實權。洪熙元年(1425年)，進楊士奇兵部尚書，進黃淮少保兼戶部尚書、金幼孜禮部尚書。比較後進的楊溥，也於宣德九年(1434年)“遷禮部尚書”。
當時，吏部尚書蹇義、戶部尚書夏原吉，“皆以元老為中外所信”，“名位先於三楊”，“與三楊同輔政”。但實際上，“仁宣之間，政在三楊”，可見，這時已形成閣權重於部權的局麵。
內閣製真正掌握大權，主要還在於獲得了“票擬”的權力。永樂時閣臣雖參預機務，但奏章都送到皇帝麵前，由皇帝批決。
宣德時，始有內閣的“票擬”。“票擬”即是閣臣草擬對臣僚各種章奏的處理意見，這是內閣的最大權力所在。閣臣獲得票擬權，也就是直接掌握了處理國家政事的權力。人們把明代內閣之職比於古之丞相，就是因為其主票擬的緣故。
內閣大學士有多人，所以在主持票擬及處理其他政務時，往往根據閣臣資曆的深淺，及皇帝信任程度的不同而有主次之分。如宣宗時，在內閣的除了“三楊”以外，還有張瑛為華蓋殿大學士；陳山為謹身殿大學士。他們兩人權力遠遜於“三楊”，可見以後的首輔製度，這時已見端倪。
首輔製度正式形成於明中葉。資格最老、最受皇帝信任的大學士被稱為首輔，負主要責任；其餘的大學士稱群輔，權力比首輔小得多，是其助手。
《明史》卷三六敘述這種情形說：“內閣調旨，惟出首輔一人，餘但參議論而已。”
仁、宣時期閣權之迅速增長，與當時的閣臣“三楊”（楊士奇、楊榮、楊溥)的特殊身份有關。他們都是仁宗居東宮時的舊臣，為維護朱高熾皇太子的地位起了重要作用，因而深受仁宗和宣宗的信任。
同時，他們在內閣任職的時間都很長，楊士奇在內閣四十三年，金幼孜三十年，楊榮三十七年，楊溥二十二年，曆任成祖、仁宗、宣宗、英宗四朝大學士。
幾位大學士的不凡經曆，使之成為“宿德重望”，“為時耆碩”，在朝臣中有著很高的威望。而這一點對於閣臣權力的增長，也有著舉足輕重的作用。
明代的科舉製度
科舉製度並非自明朝起，卻在明朝發揚光大，說來真是有趣，唐宋時雖有科舉，但錄取名額十分之少，一科往往隻取幾十人。明朝自洪武三年（1370年）起開科舉，實行擴招，這下子想做官的人就擠破了頭。紛紛以讀書為業，這些人就是後來明朝文官勢力的基礎。
明朝從一開始就建立了科舉製度。明代的考試製度，主要分為培養人才（養士）和選拔人才（取士）兩個階段。培養人才的主要機構是學校。明朝在府、州、縣各級地方政府均設有學校，稱為府、州、縣學。學生入學，必須先經過考試，考試不及格未能入學者，不論年齡長幼，通稱為“童生”。通過考選而取得入學資格者，稱為“生員”，又稱“秀才”。府、州、縣學的生員中，各有一定名額，可以支領公費，稱為“廩膳生員”；在名額外增加錄取者，稱為“增廣生員”，不得支領公費。在增廣生員外再增加錄取者，則稱為“附學生員”。生員入學後，可以參加由學道（或稱學政、學台）主持的歲、科兩試。歲試的目的是對生員測驗課藝，其成績分為六等。“歲試”成績優異而列於一、二等者，不隻可應科試，而且還有獎賞，同時又可以視各類生員缺額，依次遞補為廩膳生員或增廣生員。至於成績低劣而名列四等以下者，則會受到撻責或降格的處分。在“科試”中考在一、二等者，稱為“科舉生員”，可以錄送鄉試，稱之為“出貢”；也可以遞補廩生或增廣生員，如同歲試；考在三等者則不得應鄉試；三等以下者有罰。
明朝的科舉考試分為鄉試、會試和殿試三級進行。鄉試是由南、北直隸和布政使司舉行的地方考試，每三年舉行一次，於子、午、卯、酉年舉行。考試分三場，於八月九日、十二日和十五日進行。考生入場經嚴格搜查，每一名考生由一名號軍監視，防止作弊。考生交卷後，經過彌封、謄錄、對讀程序，然後送主考和同考評閱。鄉試的錄取名額是由朝廷決定的。鄉試考取即為“舉人”，舉人可參加會試或入監，或授小京職，或授府佐及州縣正官，或授教職。
會試是由禮部主持的全國考試。於鄉試的第二年，即辰、戌、醜、未年在京城舉行。會試分三場進行，在一月初九、十二、十五日舉行。考試的考場叫作貢院，其實從其結構環境來看，可以稱其為牢房。貢院裏有上萬間房間，都是單間，有人可能覺得單間很好，別忙，我來介紹一下這是個什麼樣的單間，這種單間叫作號房，長五尺，寬四尺，高八尺，這幾乎就是一個籠子。考生在進去前要先搜身，隻能帶書具和燈具進去，每人發給三支蠟燭，進去後，號門馬上關閉上鎖，考生就在裏麵答題，晚上也在裏麵休息，但由於房間太小，考生隻能蜷縮著睡覺，真是要多難受有多難受。會試的錄取人數，明初沒有定額，成化十年(1474年)以後，一般隻取三百名。會試考中可以參加殿試。明初，會試取士，不分南北。明仁宗時，根據當時的實際情況，仁宗命楊士奇製定了南北方省份的錄取名額，南方省份占十分之六，北方省份占十分之四。正統年間，又分為南、北、中卷，並製定了相應的錄取比例，分地而取的原則沒有改變。
狀元樓
最高級別的殿試在紫禁城的奉天殿或文華殿舉行。凡是會試考中的人都可以參加。相比鄉試和會試，殿試的考題很簡單，僅有一道題，是關於時務的。試題由內閣預擬，在考試前一天呈報給皇帝，由皇帝親自選定，有時皇帝自己命題。殿試由皇帝本人親自主持，皇帝就是主考官。明代，參加殿試的人一概不被黜落，隻是定名次。一甲三人，稱狀元、榜眼、探花；二甲若幹人，賜進士出身；三甲若幹人，賜同進士出身。殿試發榜後，皇帝在禮部賜宴給新科進士，稱“瓊林宴”，之後新科進士拜謁孔廟，並在國子監樹立石碑，鐫刻新科進士姓名。接著，這些進士們就可以被授予官職了。狀元授翰林院修撰；榜眼和探花則授翰林院編修，二三甲考庶吉士，中選者由職位高資曆深的翰林院官員任教習，負責培養。三年學成後，優秀者留翰林院任編修或檢討，其餘出任給事、禦史或者授府推官、知州、知縣。
參加科舉考進士是為了當官，隨著老百姓做官的人越來越多，世俗的名門望族勢力慢慢消退，科舉進士們形成了所謂的科舉勢力，也就是後來的文官群體，這一群體給明朝的政治帶來了十分巨大的影響，他們形成了類似黑社會的組織結構。上可威脅皇帝，下可統治百姓，十分之可怕。
孝宗為何要修《大明會典》
明孝宗即位後，勵精圖治，意欲做一番大事。當他準備查閱曆代典籍時，發現了一個問題。
《大明律》封麵和序言
那就是，明朝自太祖開國以來的曆代典製都散布在各種各樣的簡冊之中，沒有經過係統編輯，查詢起來很不方便。
因此，孝宗下詔命令閣臣們分館編輯曆朝的典章製度，以方便查看和利用。
對此，孝宗在《禦製明會典序》中寫道：
我朝自聖祖皇帝開國以來已經有一百多年了。曆朝祖宗的典章製度都經過仔細斟酌，借鑒了曆朝曆代的經驗教訓，許多東西可以說是萬世之法。現在特意讓大臣們編輯成書，以頒示中外。同時，此書還可以借鑒利用，傳之於後世，令後人世代遵守，不遷於異說，不急於近利。積之既深，持之既久，這是我朝曆代先皇治國治民的高明之處，雍熙泰和之治，可以同唐虞，三代聖賢相媲美。要把這種治理國家的精神傳下去，就靠這本書了。
現在要以本朝的官職製度為主線，事物名數等級為綱目，主要編輯祖宗曆朝的典章製度，凡事要據實編寫，並寫明時間，附在後麵，彙集起來，最後編成一代典章製度彙集。
隨後，孝宗敕定書名為《大明會典》。可見，孝宗命大臣們編輯這本書，不僅要自己利用，還立意深遠，考慮到了子孫萬代的千秋功業。
《大明會典》是一部政書體史籍。萬曆四年，大學士張居正等重修大明會典，申時行等奉敕撰。原稱《大明會典》，又稱《萬曆重修會典》。全書二百二十八卷，書成於萬曆十五年(1587年)。
《大明會典》從弘治十年(1497年)三月開始設局編輯。徐溥以內閣首輔兼任總編輯，劉健、李東陽、謝遷等人參與編輯。徐溥當時是個年逾古稀的老人，曆任幾朝，經驗豐富。
《大明會典》的編修用了四年多的時間，他們參閱了宮廷裏所藏的各部檔案以及曆朝皇帝起居注，引用了許多私人撰寫的傳記、方誌。
《大明會典》依孝宗所訂體例，定有凡例二十四條，以《諸司職掌》為本，參考《皇明祖訓》、《大誥》、《大明令》、《大明集禮》、《洪武禮製》、《禮儀定式》、《稽古定製》、《教民榜文》、《軍法定律》、《憲綱》、《大明律》、《孝慈錄》等十二種朝廷頒布的官書，並附上同曆年製度有關的事例，以本朝職官製度為綱，使官領其事，事歸於職，將六部中的吏、禮、兵、工四部分工明確，各司其職。剩下的戶部和刑部所屬幾個司則分省來寫，如江蘇、浙江等布政司等。
《大明會典》與《諸司職掌》不同的地方是添加了“宗人府”一部分，放在第一卷。後麵的第二至一百六十三卷都用來記述六部的典章製度，第一百六十四至一百七十八卷為文官製度，最後兩卷用來寫武官製度。各官職以下還列有詳細的統計數字。如田土、戶口、駐軍和糧餉等，提供了參考的重要依據，冠服儀禮等還附有精美的插圖。
《大明會典》全書共有一百八十卷，於弘治十四年(1501年)修成，由劉健等奉表呈進給孝宗皇帝審閱。
隨後，孝宗敕令刊刻，然後頒行全國。遺憾得是，孝宗沒能等到此書出版，便駕鶴西去。
武宗即位以後，命令大學士李東陽對《大明會典》重新參校，然後由司禮監刊刻發行。嘉靖的時候又進行兩次增補，增加了一些後代的東西。
萬曆四年(1576年)六月，明神宗又下詔命張居正為總裁，重新纂修，校訂弘治、嘉靖年間所編輯的本子，增補修訂了一些嘉靖二十八年(1549年)前後的六部現行事例，分類編纂。
綜上所述，孝宗下旨編修《大明會典》，意在方便查詢，並給後世子孫留下一部不可多得的典籍。而《大明會典》也的確為一部不可多得的典章製度彙編，是研究明代政治、經濟、軍事、社會狀況的重要文獻，也是一本研究明史的重要曆史著作。