萬貴妃還想除去眼中釘朱佑樘。可是她也不是那麼容易下手的。周太後為了保護孫兒，命憲宗將佑樘交給她，放在仁壽宮撫養。不久，朱佑樘被冊立為皇太子。一天萬貴妃請佑樘到她宮裏去玩，周太後知道她不安好心，叮囑孫兒，去了之後不要吃任何東西。到了貴妃宮中，貴妃勸佑樘吃餅，佑樘回答說，已吃過飯了。貴妃又勸他吃羹湯，機靈的孩子反問她：“這羹中有毒嗎？”氣得貴妃半晌說不出話來。
“這麼小的孩子就如此防備我，記恨我，將來他一旦登上皇位，我不就死在他手裏嗎？”她覺得非下決心逼憲宗易儲不可。
這以後，她一有機會，就向憲宗吵鬧，要求廢掉皇太子朱佑樘，另立邵宸妃的兒子興王朱佑杭。盡管此時萬貴妃已年近六十，可憲宗對她又親又怕，根本離不開她，怎敢不聽從她呢？太監梁芳等人勾結萬妃，大肆侵吞內府錢財，害怕將來太子即位後會懲治他們，也幫著萬貴妃一起攻擊太子。憲宗隻得答應了。
第二天，憲宗找司禮太監懷恩商量，懷恩連連說不可，惹得憲宗很不高興，竟把懷恩貶到鳳陽去守皇陵。正想再召集群臣們商議廢立之事，忽報東嶽泰山發生地震，欽天監正據天象所測，說此兆應在東宮，憲宗以為廢太子會惹怒天意，不再提易儲之事，這才保住了太子的地位。
萬貴妃費盡心機也無法動搖太子的地位，不免肝火攻心，不久便得了肝病於成化二十三年春死去。萬妃一死，憲宗好似失了主心骨，淒然說道：“貴妃一去，朕亦不久於人世了！”他主持貴妃的葬禮一如皇後之例，並輟朝七日。這年八月，鬱鬱寡歡的憲宗果然也得了重病，追隨萬貴妃而去。
萬貞兒以一個卑微的宮女，半老徐娘之身，竟一舉奪寵，寵冠後宮，做了二十多年無名有實的皇後。個中緣由，無人能曉。至於憲宗的兩個皇後吳氏和王氏，一個是新婚伊始便守活寡，一個是當了一輩子的傀儡。
據清代張廷玉等人所修《明史》記載，經曆喪子之痛，萬貴妃開始對其他懷孕的妃嬪或已經降生的皇子大加謀害，而憲宗卻對這個女人無計可施，未加責罰，相反卻是一再的退讓。
憲宗憑啥這麼縱容萬貞兒？他跟萬貞兒之間究竟有著怎樣的情緣？她又為什麼會得到憲宗的曠世恩寵呢？究其原因，主要有以下幾種：
一是朱見深具有強烈的俄狄浦斯式的戀母情結。據正史記載，朱見深自兩歲開始就由萬貞兒帶著。英宗土木堡之變之後被困瓦剌，朱見深的叔父趁機搶去皇位並罷免他的太子職位，從此他便跟隨萬貞兒住在後宮，直到英宗卷土重來。在這段最艱難的日子裏，朱見深和萬貞兒相濡以沫，在他最落魄的時候萬貞兒一直守護在他身邊。由於古代主子和侍女之間的特殊關係，萬貞兒在他心目中就有了多角色的朦朧的定位——母親、姐姐兼情人。
總之，朱見深傾其一生都對這個女人有特殊的依戀，不論她做得多麼過分，他都能忍讓、退避。他離不開這個女人，這個女人就是他生活的支撐，沒了她，他的世界也將潰然崩塌。《明史》中記載：“帝每遊幸，妃戎服前驅”，也就是說憲宗每次出遊，萬貴妃總是戎裝侍立在旁，這給憲宗一種安全感。另據沈德符在《萬曆野獲篇》中記載，“妃怒撻一宮婢，怒極氣咽，痰湧不複蘇”，“訃聞，帝不語久之，但長歎曰：萬侍長去了，我亦將去矣”，“於是挹挹無聊，曰以不豫，至於上賓”。也就是說，聽聞萬貴妃死後，憲宗很長時間沒有說話，隻是長歎一聲：萬貴妃去了，我也快要去了。憲宗對萬貴妃的愛很容易讓人聯想到唐明皇對楊貴妃的愛，但兩者本質是不同的。楊貴妃是四大美女之一，有驚人的美貌，而萬貴妃，得寵的時候已經35歲，已經是半老徐娘。所以憲宗對萬貴妃的愛應該著重在一個“情”字上，或是親情，或是友情，或是愛情，總之是一種錯綜複雜的情。或者憲宗真有某種心理或人格障礙，而這種障礙唯萬貞兒才能解除，故而離不開。