皇貴妃在後宮的地位僅次於皇後，不過福臨對董鄂妃的感情，已到了無以複加的地步。他認為董鄂妃有德有才，正是理想的皇後人選，因此準備二次廢後。假如福臨再度廢後，改立董鄂妃，蒙古女人失去中宮之主的位子，勢必影響滿蒙關係，對大清帝國的穩固非常不利。孝莊太後毫不猶豫地對兒子的舉動進行了製止。結果，母子間出現了嚴重的隔閡，順治皇帝甚至公然下令摳去太廟匾額上的蒙古文字!
順治十四年(1657年)十月，董鄂妃產下一子，四個月後不幸夭折。喪子之痛摧垮了董鄂妃的健康，再加上長期戰戰兢兢地生活，已讓她不堪重負。順治十七年(1660年)八月，董鄂妃病故。癡情的順治皇帝遭此打擊，痛不欲生。未出半年，患痘症而逝。
同樣沒有時間悲痛，緊張的局勢推動著孝莊太後必須做出下一個不影響國家穩定的決定。8歲的皇三子玄燁(順治帝之子)即位，改元康熙，老臣索尼、遏必隆、蘇克薩哈和鼇拜輔政。有人請求太皇太後垂簾聽政，但鑒於清朝“後宮妃嬪，不得幹政”的規定，孝莊太後拒絕了。雖然孝莊有足夠的聲望與資曆臨朝，但她擔心此例一開，將來形成定例，會貽害後代。
接著，麻煩又來了。順治精心挑出的鼇拜根本不是個省心的主兒，沒多久就露出了本性。專權霸道，把持朝政，廣植黨羽，排斥異己，引起朝野上下的不滿。但大部分人懾於鼇拜淫威，不敢做聲。康熙六年(1667年)，玄燁14歲，按例親政。但鼇拜不但沒有收斂，反而變本加厲。蘇克薩哈因為受鼇拜壓製，乘皇帝親政之機，上奏辭職。請求去守先帝陵寢，實際上是向皇帝抗議鼇拜的專橫。鼇拜也清楚蘇克薩哈的用意，他捏造蘇克薩哈二十四條大罪，將其拘捕入獄，要處以極刑。康熙堅決不同意，鼇拜竟“攘臂帝前，強奏累日”，最後，還是將蘇克薩哈處以絞刑，九族株連，家產沒官。
鼇拜的存在已經嚴重威脅到皇權。不除掉他，後果不堪設想。但如果處置不當，引起鼇拜警覺，搞不好他更有了借口反叛，結果同樣不堪設想。後來，康熙用一群摔跤的少年拿下了鼇拜。鼇拜鏟除了，皇帝奪回了權力。
雖然在兒子那裏沒得到濃厚的親情，但在孫子康熙這裏，孝莊卻終於享受到了天倫之樂。
康熙8歲即位，由祖母孝莊太皇太後一手帶大。照顧他、教育他、幫助他，所以祖孫二人的感情十分融洽。孝莊太後不過多出麵幹政，然而康熙處理國家大事，必先征求她的同意而後決斷。可以說，康熙朝的盛世也包含了孝莊的一份功勞和心血。
孝莊生活儉樸，不事奢華。平定三藩時，把宮廷節省下的銀兩捐出犒賞出征士兵。每逢荒年欠歲，她總是把宮中積蓄拿出來賑濟。她的表率行為，更使皇帝增加十二分敬意。康熙十一年，孝莊有病去赤城洗溫泉。《清聖祖實錄》中詳細記載了一路之上，康熙對祖母扶前圍後，體貼入微。在外期間，京師來報，康熙皇二子、4歲的承佑得急病而死，康熙強忍悲痛不讓孝莊太後知道。康熙二十一年(1682年)春，皇帝出巡盛京，沿途幾乎每天派人馳書問候起居，報告自己行蹤，並且把自己在河裏捕抓的鰱魚、鯽魚脂封，派人送京給老祖母孝莊太後嚐鮮;康熙二十二年(1683年)秋，康熙陪孝莊太後巡幸五台山，每到上坡地方，康熙每每下轎，親自為孝莊太後扶輦保護。