1895年1月，派張蔭桓、邵友濂為全權大臣，赴日求和。日本政府借口中國使臣全權不足，拒絕開議。議和未成，使臣被拒，慈禧萬分驚恐，曾命順天府準備車騾，擬逃往山西。
日本政府於廣島拒和後，立即向北洋水師另一基地威海衛進攻，27日攻陷威海衛，北洋水師全軍覆滅。3月初又發動遼河下遊作戰，六天之內，連陷牛莊、營口、田莊台。3月，派李鴻章為頭等全權大臣，再次赴日乞和，4月17日簽訂了中國曆史上空前屈辱的《馬關條約》。消息傳出後，舉國大嘩，到處都是聲討之聲。人們在北京城門貼出“萬壽無疆，普天同慶;三軍敗績，割地求和”的對聯表示抗議。根據《馬關條約》規定，日軍於6月間開始派兵侵入台灣。但遭到台灣人民的奮勇抵抗，慈禧一麵下令台灣大小官員內渡，並嚴厲禁止接濟台灣抗日軍民，同時又在頤和園搭起天棚，準備避暑。人們又題了“台灣省已歸日本，頤和園又搭天棚”的對聯來痛斥慈禧的賣國罪行。
甲午戰爭失敗後，光緒帝憤於戰敗割台，欲思振作，決心變法，改革政治。1898年6月發布“明定國是上諭”(即《定國是詔》)，實行變法。9月，慈禧發動政變，扼殺新政，囚禁光緒帝於瀛台，開始複出訓政。
1900年，八國聯軍入侵北京，慈禧挾光緒出逃西安。第二年2月14日批準《議和大綱》，並頒布了“量中華之物力，結與國之歡心”的無恥政策。9月7日簽訂了喪權辱國的《辛醜條約》。1902年回到北京，自此之後，慈禧“惕於外人之威，凡所要求，曲意徇之”。至此，中國半殖民地半封建社會完全確立。
也許是這些喪權辱國的不公平條約讓世人更加重了對慈禧的“罪惡”印象，於是就清查了她的一生，最終判了她“九宗罪”:
(1)涉嫌殺害慈安太後。1881年3月9日，慈安太後猝死，死因不明，有傳言說是被慈禧毒死。
(2)蠻橫幹涉同治皇帝婚姻，以致皇帝內心鬱結，英年早逝。
(3)同治去世後，慈禧違反祖製，立宗室載湉繼承皇位，自己繼續垂簾聽政。
(4)國難之時不思節儉，反大肆慶祝自己的六十大壽，勞民傷財，貽誤大事。
(5)一味屈膝求和，錯失戰機，並簽署了喪權辱國的《馬關條約》等多項條約。
(6)破壞變法，鎮壓維新黨人，阻礙清朝的圖強之路。
(7)生活奢侈腐敗，單是死後的陪葬品就奢華得讓人瞠目結舌。
(8)鎮壓太平天國農民起義。
(9)寵信太監李蓮英，又為他打破祖製，賞其為二品。
如果硬要較真的話，慈禧的罪過可不僅僅是這些。她對中國人來說，實在是一個讓人深惡痛絕的角色。關於她的私生活、執政手段等都成了民間附會的“題材”。在她統治中國的47年間，清王朝徹底摔碎了天朝上國的神話:屢被列強欺侮、簽訂賣國條約、民怨四起……她是個搞宮廷政變的陰謀家，通過政變抓權、奪權，雖無皇帝之名，卻有皇帝之實。這種種罪行，把她死死地釘在了曆史的恥辱柱上，無法翻身。