當上總統之後，如何處理多年種族隔離造成的海量侵犯人權的案件，成為了曼德拉麵前的一道難題。曼德拉本人主張以德報怨，但如果完全大赦，隻怕不會令黑人滿意；而如果嚴厲清算，那500萬白人必將震動，辛辛苦苦贏得的和平，恐怕會毀於一旦。
最後，在圖圖大主教和白人執政時議會中反對派議員伯萊恩的努力下，南非創造了因人而異、因罪而異的大赦方式，成立了“真相與和解委員會”，鼓勵在種族隔離時期犯下罪行的人說出真相，承認罪過，求得寬恕。曼德拉告誡民眾說：“解放鬥爭並不是一種反對任何一個團體或種族的戰鬥，而是反對一種壓迫製度的鬥爭。”
真相與和解委員會的具體任務是：
1．盡可能全麵地調查自1960年3月1日至1994年5月10日這段曆史時期內各種嚴重侵犯人權事件的真相；
2．通過讓受害者講出真相以恢複他們的公民尊嚴，並提出如何對這些受害者給予救助；
3．考慮對那些出於政治目的嚴重侵犯人權但已向真相委員會講出所有事實真相的犯罪者實施大赦。
1996年2月，真相與和解委員會在開普敦英國國教大教堂舉行成立典禮，司法部部長杜拉赫·奧馬爾為委員會撰寫了銘詞：“我邀請你們共同追尋真相，隻有真相大白，才能獲得真正的和解。”
真相與和解委員會由圖圖大主教擔任主席，18名成員中有許多宗教界人士，10名黑人，8名白人，白人中有歐洲移民也有土生白人；在政治上，代表了從左翼到保守右翼的各種派別；在宗教上，有基督徒、穆斯林，也有著印度教徒和無神論者；在職業上，有工會律師、人權律師和心理學家，委員會很快招募了350名工作人員，還有部分誌願工作者。
在接下來的兩年時間中，真相與和解委員會通過一係列的聽證活動，揭露出許多令人無法想象的駭人真相。眾多受害者哭泣著講述他們在種族隔離時期遭受的非人折磨，很多細節令人毛骨悚然；許多警察也主動站出來，講述曾經發生的一切，包括如何綁架反種族歧視分子，如何在他們求饒的時候開槍射擊，如何把他們的屍體扔到河中喂鱷魚。根據這些警察的講述，真相與和解委員會找到了超過50名被秘密掩埋的屍體，並進行了安葬。
1998年10月，真相與和解委員會向曼德拉提交了長達數千頁的五本報告，對近三年的工作作了全麵的總結。該報告介紹了委員會完成預定任務所使用的方法和途徑，說明了南非曆史上種族衝突各方所犯的侵犯人權問題，分析了南非發生粗暴踐踏人權的社會特性等。
真相與和解委員會還建議國家給受害者一定數額的賠償。同時，他們也在報告中指出，親人的被虐殺，對於受害者的家屬而言，感情上的傷害是任何方式都無法彌補的，更不能用金錢衡量。所以，補償並不意味著債務已經得到償還，而隻是國家對於自己在法律的名義下實施的罪惡的一種認錯態度和象征性補償。1998年，大約20萬名被確定的受害者分別得到了大約為330美元的“緊急過渡救濟款”，政府承諾於未來六年中從財政收入中撥出專款建立“受害者賠償基金”，每個受害者或其親屬大約可以得到兩萬三千美元的賠償。
圖圖大主教在《沒有寬恕就沒有未來》一書中寫下了這樣一句話：“我們共同經曆了一場夢魘，現在，惡夢結束了。寬恕不是忘卻而是銘記，寬恕就是希望，沒有寬恕，真的沒有未來。”