種族隔離政策被廢除，南非的黑人成了國家的主人，非洲人國民大會站到了舞台中央，這對曼德拉來說，是一個新的開始。他感歎說：“在登上一座大山之後，你會發現還有更多的山要去攀登。”
當選之後，曼德拉立即著手實施南非經濟發展計劃，擴大就業，推行種族和解政策，改善黑人的生活水平。他還確保了國內的經濟穩定，南非成了全世界的一支重要和平力量，甚至是成功的楷模。在新政府的努力下，黑人企業主的數量和富裕階層的人數增長得很快。1994年，南非國民生產總值告別了連續多年的負增長，增長率達到了2.5%，第二年達到了3.3%。
黑人貧窮的主要原因是種族隔離時期，大多數的黑人無法接受良好的教育。1944年，南非20歲以上的白人中65%有高中以上文憑，但是黑人和有色人種的比例隻有14%。曼德拉顯然也意識到了教育的重要性，他說：“教育是可以用來改變世界的最強有力的武器；一個受過教育的人不會遭受壓廹，因為他具有獨立思考的能力。”1996年，新政府通過了《南非教育法》，規定7~15歲的未成年人必須接受義務教育，廢除了種族隔離時代的教材，並在小學推行“免費午餐製度”。
在外交領域，曼德拉也取得了巨大的成功。他在任期間，南非對聯合國在非洲的維和行動貢獻很大，積極支持核裁軍保護人權，發起平民免受地雷傷害運動。1997年，曼德拉在英國牛津發表演講，他充滿激情地呼籲和平：“我們能否自信地宣稱，從今以後，各大洲、國家和共同體不會因為民族、宗教、種族和語言爭端再次走上硝煙彌漫的戰場。”
1998年，曼德拉訪問中國，與中國建立了外交關係。這也是他對中國長期以來對南非民族解放事業支持的回報。
曼德拉就任總統後，時刻警惕權力的腐蝕。他在自傳中寫道：“在曆史上，不斷有革命分子被貪婪打倒，他們最終被轉移公共財產為己所用的貪念所壓倒。他們背叛了曾經讓他們名揚天下的高尚目標，他們拋棄了群眾，和那些可以讓他們大富大貴的壓迫者混在一起，而這些壓迫者正是靠著對窮人中的窮人無情盤剝才供養著這些背叛者。”
1997年，年事已高的曼德拉宣布任滿不再謀求連任，兩年後他履行諾言，功成身退。他把一個經過5年治理已基本實現種族和解、經濟走出低穀的南非交給了繼任者姆貝基。議會通過決議，尊崇其為“南非終身名譽總統”。
在最後一次主持的非洲人國民大會上，曼德拉發表了感人肺腑的演講，向他為之奉獻了50多年的政黨親自告別：
時事造就人才，個人的命運往往與其生長的時代密不可分。因此，一個人往往會成為一個時代的象征。交過接力棒，我想是時候感謝非洲人國民大會了，感謝非洲人國民大會成就了我，使我成為這個政黨的象征。
今天，我在這裏向各位辭行，隻有這樣，年輕的一代——律師、經濟學家、金融家、醫生、實業家、電腦專家，甚至是普通的工人和農民才有機會帶領非洲人國民大會走向一個新的時代。
我已經演完了我的角色，現在隻求默默無聞地生活。我想回到故鄉的村寨，在童年時嬉戲玩耍的山坡上漫步。
不屈不撓，放棄仇恨，以德報怨，居功不自傲，不貪戀權力，功成身退，這就是曼德拉的偉大人格魅力之所在。
2000年，美國《生活》雜誌評選千年來百位最重要人物，曼德拉排名第51，前麵是哥倫布、馬丁·路德、伽利略、達·芬奇、牛頓、達爾文……
2004年7月18日，溫妮出現在曼德拉86歲的生日宴會上，溫妮的出現表示她和曼德拉的關係有所緩和。在宴會上，有一個鏡頭特別讓人感動，當溫妮和格拉薩一起幫助曼德拉切開生日蛋糕後，兩任妻子自然而然地擁抱在一起。
2009年11月，聯合國大會為表彰南非前總統對和平文化與自由的貢獻，宣告7月18日為“納爾遜·曼德拉國際日”。