就在這一時期，胡雪岩受了山西票號的啟發，北上京城設立了阜康銀號。由於其經營思路在於為客戶保密守信，時任福州將軍後任內閣大學士的文煜甚為讚賞，一下子就存入四十多萬兩銀子。阜康各分號在全國各地紛紛設立，形成了“北票南莊”的格局。錢莊以吸納公私存款為要務，迅速擴大規模。
太平軍頻頻進攻浙江那幾年，胡雪岩已經站穩了腳跟。第一樣是錢莊，這是他的根本；第二樣是絲；第三樣是典當和藥店。在胡雪岩看來，開典當和藥店是為了方便窮人，要讓老百姓都曉得胡雪岩的名字，這是利人利己，一等一的好事業。另一項與國計民生有關的大事業，是準備利用漕幫的人力、水路上的勢力跟現成的船隻，承攬公私貨運，同時以鬆江漕幫的通裕米行為基礎，大規模販運糧食。
按胡雪岩的看法，做小生意遷就局勢，做大生意就先要幫公家把局勢扭轉過來。大局好轉，生意自然就有辦法。
因此，胡雪岩就幫助官府想出了許多辦法來對付太平軍。不久，胡雪岩的生意就又有了一個新麵目。
何桂清曾出主意發行官鈔，但願意使用的人極少。胡雪岩認為，官府的信用是要靠大家維護的。所以，別人不要，他要。官府見胡雪岩替自己樹立了信用，自然十分高興。後來，官府在這一帶的錢貸用度，慢慢都通過阜康錢莊，胡雪岩也就逐漸控製了整個江南地區的錢業，成為數一數二的錢業大戶。
二 嘔心瀝血，勢成左宗棠的左膀右臂
在晚清三大重臣之中，胡雪岩的命運與左宗棠最為密切。甚至可以說，左宗棠晚年最驕人的成就中有著胡雪岩極大的功勞。
何、王集團土崩瓦解之日，胡雪岩已經開始為自己尋找新的商業保護人。這一次的尋找是有意識的，不過也不得不遷就時局，左宗棠這樣一位重要人物恰在此時出現了。
左宗棠從一個師爺成長為封疆大吏，胡雪岩作出了卓絕的貢獻。胡雪岩為他籌糧籌餉，購置槍支彈藥，購買西式大炮，購運機器，興辦船業，籌借洋款。這些事耗去了他大部分的精力。但是，胡雪岩樂此不疲。一是因為這些事本身就是商事，可以從中贏利；二是因為必須有了這些東西，左宗棠才能安心平撚剿回，興辦洋務，成就功名大業。左宗棠事業日隆、聲名日響，他在朝廷中的地位日益鞏固，胡雪岩就愈加踏實。他原來之所以仰賴官府，就是為了減小風險，增大安全性。現在有了左宗棠這樣一個大員做後盾，有了朝廷賞的紅頂、黃褂，天下人莫不視胡雪岩為一等一的商人，莫不視胡雪岩的阜康錢莊為一等一的金字招牌。
從此之後，胡雪岩敢一次吸存上百萬的巨款，也可以非常硬氣地與洋人抗衡。任何一個以本業為主，不能上傳下達的商人都不敢像他這麼做。
1. 痛失好友，胡雪岩孤立支撐
何桂清畏於太平軍的進攻而逃離常州，一時招致許多物議，何、王、薛集團也逐漸處於四麵夾攻中。
何桂清臨亂逃脫，還用槍打死了攔道跪求他留城堅守的地方士紳，一時群情嘩然。
以曾國藩為首的湘係，很久以來就對何桂清督辦漕米、征收厘捐隻供應江南大營，不供應西線將官很有意見。現在何桂清自遺其咎，曾國藩自然不會放過消滅對手的機會。
為了這個緣故，當李秀成部大兵壓境、攻打杭州時，曾國藩卻命令左宗棠帶領的湘軍羈留於皖贛邊境，勒馬觀變。
太平軍李秀成兵圍困杭州不過四十天，城內就鬧起了饑荒。先是由胡雪岩發起開辦了施粥幫，沒多久，粥廠不得不關閉。但官米還在計口平賣，米賣完了賣豆子，豆子賣完了賣麥子。不久，米麥雜糧都吃光了，便吃藥材南貨，熟地、米仁、黃精都可以代飯。再後來就是吃糖、吃皮箱、吃釘鞋，吃草根樹皮。到胡雪岩間道潛出杭州時，杭州城內屍積道旁，兵士爭取心肝下酒，饑民亦“爭臠食之”。
胡雪岩受王有齡重托，到上海辦米。兩千石米好弄，運米卻隻有海道可走。尤五原本和沙船幫勢不兩立，現在不得不去和沙船幫講好話，請他們派人幫忙運糧，還要雇華爾的洋槍隊護送。
糧食到了杭州城下，卻運不進去。太平軍把杭州城圍得嚴嚴實實，城內幾次派人往外衝都沒成功。苦等半月有餘，洋人限定的最後日期到了，絲毫沒有通融，非開船不可。胡雪岩無奈，往杭州城方向拜了幾拜，權當坐奠，然後痛哭失聲而去。
十八船糧食轉運寧波。寧波城也已經被太平軍攻下。不過，寧波有租界，在“中立區”避難的中國人，有七萬之多，糧食供應來得正是時候。
接頭聯絡的商人要胡雪岩給糧食開個價。胡雪岩卻另有心思，他不準備讓對方付錢，而是讓對方承諾將來以同樣數量的糧食歸還。哪一日杭州城收複，哪一日糧食就得起運，去接濟那裏的饑民。
杭州城終於不保。王有齡自道“不負朝廷，隻負了杭州城內數十萬忠義士民”，在巡撫衙門上吊殉節。
胡雪岩原有再入杭州城與王有齡同生共死的想法。王有齡拿《史記》上趙氏孤兒的故事跟他作比：守城守不住，不過一死而已，這比較容易，而到上海辦米就跟“立孤”一樣難，胡雪岩要做保全趙氏孤兒的程嬰。