在蒙古國，人們把恩赫巴亞爾稱為首屈一指的、成熟的政治家，2005年6月出任總統前曾就任蒙古總理和議長。
恩赫巴亞爾1985年加入蒙古人民革命黨，1996年成為人革黨總書記，一年之後當選黨主席，2001年再次當選黨主席。他的政治生涯則開始於1992年，是年他當選大呼拉爾委員（議員），並兼任文化部長，從此官運亨通，於2000年42歲時出任蒙古國總理，是人革黨和政府的領軍人物。
他就任總理後，蒙古經濟進入穩步增長時期，政府推行私有製經濟改革，蒙古民族工業逐漸恢複。2003年蒙古經濟增長率由原來的1％增長到5.5％，2004年甚至達到了10.6％。同時，政府還製訂並實施了扶貧計劃和區域發展戰略長期規劃、修建“千年路”、在邊境建立自由貿易區、土地私有化等政策，人民的生活水平不斷提高。
他任總理的幾年間，蒙古同中國確立了睦鄰互信夥伴關係，同俄羅斯確立了睦鄰傳統夥伴關係，發展與兩鄰國的關係成了他的主要政治主張。2005年，他當選總統後，按規定讓出議長職位並退出人革黨，但他在蒙古政壇保持著強有力的影響。