事後，引發“二·二八”事件的查緝員傅學通、葉得根等六人，於“二·二八”事件平息後的3月31日，以殺人及傷害案件被台北地方法院提起公訴。4月3日下午，地方法院判處誤殺路人的傅學通死刑，剝奪公權終身；打傷林江邁的葉得根判處有期徒刑4年6個月，剝奪公權3年；其餘4人無罪開釋。同年5月17日，傅學通上訴最高法院，獲得改判10年，而葉得根則維持原判。但這項追究罪責的判決並不能代表“二·二八”事件本身或事件中眾多受難者的平反。而時任台灣省行政公署長官的陳儀，於1948年春被調任浙江省主席。
“二·二八”事件在台灣曆史上影響深遠，其實純屬官逼民反，是台灣同胞反貪汙、反腐敗、反專製的群眾性自發鬥爭，是反對國民黨腐敗專製的愛國民主運動，與同時期大陸國統區發生的“反饑餓、反內戰、反迫害”的“五二○”愛國民主運動遙相呼應。同時，它“既是抗暴，反對腐敗政治，又是騷亂；既有正義性與合理性的成分，又有非正義性與非理性的成分。這就是‘二·二八事件’的雙重性。隻有同時看到這兩個方麵，才能正確地掌握事件的性質，也才有可能正確地分析並評價它的善後處理”。
“二·二八”事件後，1947年年底，高雄要塞司令彭孟緝向中央建議：台灣需要派駐一支部隊，並規劃人選。軍務局局長俞濟時於是向蔣中正建言，由於大陸情勢惡化，台灣是最後的落腳地，必須以精銳的親兵屯駐。於是擱置彭孟緝自行預為規劃的建議人選名冊，官佐全部都由總統府警衛總隊派任，主要幹部名單為：警衛總隊副總隊長任世桂少將為旅長，俞濟時的機要劉鐵君上校為參謀長，總隊副王瑞鍾上校為第二團團長；其他營長、連長、排長、班長全由官邸派出。1948年2月，這支以蔣介石官邸衛隊中的親信官佐為基礎的“台灣警備旅”，浩浩蕩蕩來台成軍。為保衛台灣這個逃亡的“避風港”、未來國民黨政府的“複興基地”，“台灣警備旅”在1950年普遍縮編的情勢下，反而逆流擴編為一個步兵師。
為有計劃地向台灣轉移，放棄大陸，除在台灣設立警備旅外，在人事上蔣介石也做了一些安排。
1948年8月1日，任命王逸芬擔任財務署第12收支處（台灣）處長。此項任命可顯示，蔣在1948年的6月至7月早已在部署台灣的退路。王逸芬為湖北鹹寧縣人，生於1907年，逝於約1971年。1940年畢業於重慶軍需學校，1941年至1948年任職國民政府警衛總隊的軍需部門，從團、旅主任到師軍需處長，追隨俞濟時、石祖德，算是蔣介石“官邸”的親信。1949年至1950年1月底，王逸芬在台的主要任務是看守台北財務署的金庫，並且監督把400兩一塊的金磚，在台北鑄為1市兩重的小條，即“小黃魚”，發放給忠於蔣的國民黨軍隊；另外還要到各地接洽金銀運台灣或算賬。王逸芬的繼配王愛筠為浙江奉化人（蔣介石同鄉——作者注），故在此危疑震撼的關鍵時刻，受到蔣的高度信賴。
12月15日，任命傅斯年為國立台灣大學校長。
12月29日，任命陳誠為台灣省主席，不久任命蔣經國為國民黨台灣省黨部主任委員。
1948年5月13日，陳誠被免去東北行轅主任，後赴上海割治十二指腸潰瘍。10月，因國共雙方在錦州展開攻防戰離開東北，並且辭去參謀總長軍職，接受蔣介石建議來到台灣，住台北近郊的草山養病。12月29日，正在養病的陳誠，突然接到了蔣介石的人事派令。在電文中，蔣介石以不容置疑的語氣，令陳誠接任台灣省主席。
時任空軍總司令的周至柔與陳誠是保定軍校的同學，但與陳誠交惡，有任台灣行政長官職務的意圖。但蔣介石認為周野心太大，對其不但是私衷裏不信任，而且厭惡至極。而對陳誠，不僅信任有加，而且在大陸易手前後，甚至倚為救命的稻草。
陳誠，浙江青田人，出身於保定軍校，東征期間因為惠州戰役受到蔣介石賞識，33歲就當上了軍長；其妻譚祥為譚延闓之女，宋美齡的幹女兒。譚延闓是中國近代史上的風雲人物，28歲欽點清朝的翰林，三任湖南總督，中國國民政府主席，第一任行政院院長；而且書法名滿天下，為民國四大書法家之首。譚延闓與蔣介石夫婦交情甚契， 1927年12月蔣介石和宋美齡結婚，譚延闓即為介紹人。1930年9月，譚延闓患腦溢血，去世前把小女兒譚祥托付宋美齡，囑托蔣氏夫婦在青年軍官中為其物色才識卓越、前途遠大的乘龍快婿。後來，蔣氏夫婦從胡宗南、陳誠兩位人選中最終選中了陳誠，做媒將幹女兒嫁給了他。但陳誠為有婦之夫，其原配夫人吳舜蓮為舊式裹足家庭婦女，在外求學、從軍多年的陳誠對其毫無感情，即使回家也是獨居一室，拒絕與夫人同室共寢；吳舜蓮曾因不堪冷落而用剪刀自殺過，其婚姻可謂名存實亡。陳誠便托同鄉前輩、吳舜蓮的哥哥等人，出麵進行勸導，要吳氏同意辦理離婚手續。淳樸、老實的吳舜蓮，在各方勸說下隻好同意離婚，並決心終身不再婚嫁。當時她隻提出了一個可憐的條件：“生不能同衾，死後必須同穴。”陳誠婚後，宋美齡的這個幹女兒便成了蔣介石和陳誠緊密合作、相互信任的一種推動力。而每當陳誠在人事關係上遇到麻煩時，譚祥也親自出麵到幹媽宋美齡麵前說情表白，使之化險為夷。