但是要調白崇禧部隊到廣東，第一個攔路虎便是行政院院長兼國防部長閻錫山。於是李宗仁想要閻錫山把國防部部長職位讓給白崇禧。李宗仁覺得國防部既無權調動蔣介石的嫡係部隊，部長閻錫山自己又沒兵員墊底，靠他保衛廣州是絕對靠不住的；不如改由白崇禧出任國防部部長。而白崇禧自己有兵可調，而且在兩廣的其他軍政頭領心上也有較高的聲望，且在國際上還有人支持他。鑒於上次中常會上提出時怎樣也得不到蔣介石的允許，這次李宗仁就想讓閻自己提出辭職。但無論李宗仁找何人勸說，都被閻錫山一一拒絕。閻說：“若我兼國防部部長必滅亡，換人或滅亡或不滅亡，我願辭職；或者我兼亦亡，換人亦亡，或我兼或可不亡，換人亦或可不亡，我亦願辭職；假如我兼亡得慢，換人亡得快，我就不辭。”並讓人轉告李宗仁：“我兼國防部部長是蔣總裁的意旨，如果要我辭去，也必須先經蔣總裁的認可。”可是，任憑李宗仁怎樣公開提議、單獨商量甚至堅決要求，都被蔣介石拒絕了。閻錫山給李宗仁的這勺閉門羹，切斷了白崇禧出長國防部和布防廣東的道路。從此，國民黨再沒有得到過美國的任何支援。而閻錫山此舉亦並非爭霸兵權，因為他從組閣之日兼長國防部起，就始終沒調遣過一兵一卒，一切軍事部署都是由顧祝同直接請示蔣介石決定；有特殊情況時，蔣介石徑自調兵遣將，國防部事先都一無所知。最善見風使舵的閻錫山，隻是想維持蔣介石獨斷軍事的現狀，以示忠心而已。有職無權，空長國防的架勢是閻錫山在組閣之前始料所及的。如今李代總統要集兩廣軍隊全力保衛廣州，蔣總裁要選各方精銳堅守東南沿海，雙方都在背著國防部行事；而國防部總參謀長顧祝同又保留著大量軍事秘密不讓閻部長知道。閻錫山也不聞不問，盡管廣州局勢日益危急，他仍舊安之若素，除了開會、會客，連院長、部長的辦公室也很少去，依然安靜地待在廟前直街官邸，編寫著各式各樣的“方案”。當8月16日福州解放，17日贛州解放時，顧祝同兩次向閻錫山報告緊急軍情，屢次向院、部辦公室打電話都沒有人接，最後都在官邸的書房裏找到了他，見到他在埋頭寫作。8月23日中午，蔣介石突然由台北飛到廣州，李宗仁和閻錫山事先都不知道，隻有顧祝同、薛嶽、餘漢謀等去機場迎接。蔣下機後驅車到蘭園，到北樓訪晤李宗仁；得知行政院就在南樓，就叫蔣經國去通知閻錫山。誰知閻中午回了官邸休息。蔣介石料他一定在官邸午睡，沒料到蔣經國領頭進入閻氏官邸時，卻見閻在寫東西。蔣介石問他忙什麼，他回說是根據以前提出的《扭轉時局案》，按那次中央非常委員會的決定，讓行政院分給有關部門訂出實施細則；但原案是原則性的提法，不易厘訂細則，隻有先分門別類訂些分案。蔣介石問他，最近李宗仁召集陳濟棠、餘漢謀、薛嶽、白崇禧等在總統府開會，決定任命餘漢謀為華南軍政長官，令他統一指揮廣東境內及其周圍的陸海空三軍，全力保衛廣州；又把院轄市廣州改為省轄市，以利統一指揮等措施，究竟要怎樣搞？對此有何看法？閻答道：“此事剛從旁聽說，未接總統府通知，尚不明真相。”蔣介石聽後反而十分滿意，知道閻沒受李的拉攏，因而對閻說：“你集中精力為大局全麵與長久打算，深謀遠慮，很好。至於保衛華南和保衛廣州的實戰指揮我已有了部署。”閻錫山深知蔣、李的矛盾日益尖銳，已無調和的可能性。廣州防務，二人各搞一套，他斡旋無力，也隻能由他去了。李宗仁召開的軍事會議一般不要閻參加，通常召集的隻有白崇禧、張發奎、餘漢謀、陳濟棠等，對閻保密，有時僅知照一下。至於國防部召開的會議，雖然用閻的名義召集，可是參加人員卻由顧祝同來指定，一般出不了軍統鄭介民、毛錫彪、毛人鳳等人。這次蔣介石在廣州隻住了一夜，深夜在國防部召開軍事會議，參加的有閻錫山、顧祝同、鄭介民、胡宗南、白崇禧、陳濟棠。會上，蔣介石親自部署胡宗南部扼守川陝邊境，白崇禧部扼守湘贛邊境，最後決定國民政府準備撤出廣州，西遷重慶。蔣介石在會見李宗仁和閻錫山後，還親自接見了聯勤總司令郭懺、廣州衛戍總司令李及蘭，讓他們一定要保衛華南，尤其保衛行都所在地廣州，然後才離開廣州到重慶。之後，廣州全城開始實行戒嚴，禁止結隊遊行請願；即使在汽車上橫掛旗幟、裝載人員、遊行宣傳等行為都嚴加禁止。8月24日，蔣介石飛去重慶。此番蔣介石到穗即離，不敢久留，是因為對自己的安全有顧慮。廣州已經告急，美國駐廣州的大使館顧問何義均正式通知，大使館停止辦公，人員全部撤往香港。閻錫山連夜部署交通工具，編製西遷序列，並通知各部會立即派人去重慶打前站；同時也並未因此放棄其樂此不疲的“紙上談兵”。
據馬宣偉著《蔣介石從成都逃往台灣》（2004年）一文：
“……8月24日，國民黨總裁蔣介石在廣州部署完‘廣州保衛戰’之後，於上午9時乘專機抵達重慶白市驛機場。西南軍政長官張群、副長官兼重慶市長楊森等到機場迎接，並送蔣介石到林園的荷屋住下。蔣介石這次來川，認為四川地廣人多物產豐富，為西南的大省；而西南各省又是抗日戰爭時期之最後基地，沒有西南，抗戰很難取得勝利。蔣介石這次來到一別四年多的重慶，妄圖抓住西南各省與人民解放軍頑抗，以挽回敗局。蔣介石與張群商定：29日上午10時召開西南軍政人員會議。參加會議的有：西南軍政副長官鄧錫侯、楊森、錢大鈞、王纘緒、唐式遵、賀國光及四川省主席王陵基、西康省主席劉文輝、貴州省主席穀正倫、川鄂邊區綏靖公署主任孫震、川陝甘邊區綏靖公署主任胡宗南，還有兵團司令宋希濂、羅廣文等，隻有雲南省主席盧漢未到會。在會上，蔣介石先對各方麵的情勢作了檢討，然後提出，要拒中共部隊於川境之外，以隴南與陝南為決戰地帶，而不在四川境內與中共部隊周旋的方針。”