8月25日，國民黨軍隊聯勤總部宣布撤銷，“財務署”改組為“預算財務署”，與國防部預算局合並（按：9月1日正式取消。吳嵩慶自9月起任國防部預算財務署署長，並晉升中將）。是日吳嵩慶記下：
“國防部檢討聯勤結束會議，上下午舉行，總長宣布：（1）陳初公（良）任補給次長；（2）趙君粟（家驤，後死於8·23金門炮戰）任四廳長；（3）餘任預算財務署署長；（4）張之久任經理署署長；（5）韓德勤委員代次長職務。在此時期，不能辭，亦不應辭，但艱苦當前，宜如何細心籌劃耶？”
國防部參謀（補給）次長陳良（1896年9月12日至1994年10月9日），應該說是吳嵩慶的老上司了，也正是因其賞識，吳嵩慶才得以進入國民黨軍需財務係統。陳良字初如，1917年東渡日本，入東京農業大學，1921年返國任教浙江省第六師範學校。在蔣介石任黃埔軍校校長時，赴粵。1925年4月奉命返浙江，在陳果夫領導下秘密募兵，8月又回黃埔擔任軍校政治部科長（政治部主任為周恩來），旋任經理科長。1927年國民政府定都南京時，任軍校經理處長，1934年改任軍政部軍需署副署長。 1935年轉任軍政部會計長，1940年改任軍政部軍需署署長（1944年延攬吳嵩慶為副署長）。1945年日本投降，獲青天白日勳章。1946年6月出任聯勤總部副總司令，1948年3月任糧食部次長。1949年4月蔣介石命陳轉任上海市秘書長（市長吳國楨），5月5日代市長職，是國民政府最後一任上海市長，主要任務是監督湯恩伯，把上海最後的國庫資金與滬上所存重要物資運去台灣。此次國防部改組，自1949年9月起，任國防部參謀次長，支持後勤業務，又為吳嵩慶職務上司。
吳嵩慶對這國民黨軍隊軍費“大總管”的職務，可謂勞心費力，心力交瘁。此時他就像一隻疲倦的蝴蝶，又宛如一片滄桑的落葉，在疾風中舞蹈，卻又欲罷不能。當他正孳孳汲汲，想盡千方欲運回蘭金時，卻突聞蘭州已“失陷”的訊息，不由懊悔至極。“先父人不是很機靈，蔣8日‘來電話，催設法運回蘭金’一定是有原因的，一定是知道馬家軍有問題，蘭州吃緊了。他還以為是政治遊戲。當然是老先生的總裁辦公室有電台，收集各地軍政情報，而父親不知道，隻能跟著蔣介石轉。”其子吳興鏞博士如是評價此事。
8月25日，解放軍即攻占蘭州，馬步芳逃到重慶；蔣介石白白丟掉了5萬兩黃金，相當於300萬塊銀圓。這一大筆黃金大概有一部分進了馬步芳的個人口袋；後來馬步芳到台灣不久，就拿著人民的血汗錢，溜到中東去鬧桃色新聞，搞得當地華僑怨聲載道。這位曾公開宣稱“生我、我生者外無不奸”的昔日“西北王”，據後來旅居中東的回族僑民向台灣國民黨當局的控訴，包括漢、回、滿、蒙、藏、哈（薩克）、撒（拉）等各族女性在內，被其蹂躪過的女性，不下5000人。
8月29日，財政部部長徐堪想要調撥的5萬兩黃金（作為7月銀圓券準備金及廣州行政費用，見上文7月7日吳嵩慶日記），拖至月餘，終於運抵廣州。次日，徐堪又再次催運台金（見6月27日徐堪報告，有“每月20萬兩”之數）。事見30日吳嵩慶日記（在廣州）：
“……徐部長（堪）數次電話，催運台金。餘因一麵電渝報告，一麵商先運7萬兩，以5萬兩留穗，2萬兩轉蓉。”
當時蔣介石人在重慶，此7萬兩在中央銀行賬上留有記錄，連同29日運穗的5萬兩黃金，都是從8月裏由美國運回的黃金裏支出的。吳嵩慶能做決定，而且是運到廣州的財務署，表明是軍費。此外財政部還需要向吳嵩慶“借2萬兩濟急”（見8月31日吳嵩慶日記）。
據大溪檔案記載，1949年8月裏又有兩批黃金從美國運至台灣，分別是8月22日的第五批和30日的第六批，數額各為9.9萬兩（99530兩）。此兩批應為2月8日劉攻芸在上海告訴周宏濤存美國38萬兩裏的半數左右（詳見第四章第一節）。這也就是中共所稱：“國民黨當局為了支撐內戰形成的金融危局，分兩次從美國撤運庫存黃金到台灣。”此近20萬兩黃金中的10萬餘兩（約半數）在8月29日及9月3日運廣州央行做行政費，另外9萬餘兩做軍費（見第八章表8.1、8.5及圖8.1）。從8月底起，中央銀行也開始記錄部分軍費黃金的付出數量。