1949年10月3日，在解放軍的“隆隆”炮火聲中，蔣介石黯然離開廣州，永遠離開了這座他發跡的城市。10月7日，他來到廈門（“……10時船到廈門，停泊於大學前海麵……”），8日率國民黨軍政要員多人巡視，並召開“防衛”會議。時任福建省主席、東南軍政長官公署廈門分署主任兼廈門警備部司令湯恩伯等人，吹噓廈門防禦“固若金湯”，但9天後即10月16日廈門即棄守，國民黨軍隊撤出鼓浪嶼島。當然，此時鼓浪嶼島上的金銀早已轉移到台灣了（從8月16日啟運，詳見本章第二節）。在廈門戰役中，國民黨守軍除高級將領及166師大部逃往金門外，其餘2.7萬人全部被殲。
湯恩伯棄守廈門後將總部移到金門，10月底，解放軍登陸金門島，與國民黨軍隊發生古寧頭之戰。
10月24日深夜，距離廈門僅有5.5海裏的金門，吹著微弱的東北風，炮聲劃破了寧靜的黑夜。
次日清晨，因擔心金門戰火一夜沒睡的陳誠，去參加慶祝台灣光複四周年的運動會。“戰況也是還在打吧，所以一晚沒有睡，可是我父親第二天早上，正好是台灣省10月25號光複節舉行什麼運動大會。他做主席還上台去演講，所以一路上他還告訴我，他坐車到司令台到總統府，然後到台上講話的時候，心裏還不知道前線戰況如何。他走到司令台之前接到通知，勝券在握已經掌握局勢了。哦，他說他如釋重負，他在心中那種感覺，他講這是一種高興的感覺。他知道台灣的安危，那一刹那之間定了，他就當眾宣布，才和大家狂歡，高興的那種氣氛，好久不能平息。”陳誠之子陳履安多年後接受采訪時如是說。
而蔣介石在10月25日的日記裏，亦提及獲知金門島24日夜有解放軍登陸，雙方正在激戰，後接報告稱大部分“匪軍”已被消滅，隻剩千餘占據碉堡頑抗。26日蔣介石接到陳誠電話，稱湯恩伯說登陸匪軍已被肅清（10月26日蔣介石日記：“……金門之敵已肅清……”）。蔣介石已不敢信任前方的軍情報告，派蔣經國親自去金門視察，回來報告確已全部肅清，方才安心，“金門勝利後，定海士氣亦受良好影響，官兵較能積極奮發也。”（1949年10月30日蔣介石日記）
此即金門古寧頭戰役（國民黨稱“古寧頭大捷”），是役解放軍攻擊金門失利，登島部隊三個加強團9000餘人全部損失，成為內戰爆發以來解放軍最慘重的一次敗仗。而當時國民黨守衛部隊胡璉12兵團及李良榮22兵團總數則約3萬人。“以3個團去打敵人3個軍，後援不繼，全部被敵殲滅，這是解放戰爭三年多以來第一次不應有的損失。”11月18日毛澤東總結失敗教訓時說，中央軍委同時命令三野第10兵團司令葉飛總結經驗，接受教訓，準備再次攻打金門（後因朝鮮戰爭爆發停止）。
這場戰役，讓當時在大陸一路潰散的國民黨部隊以及蔣介石都得到了喘息，也備受鼓舞。金門之戰後，被毛澤東稱之為“狡如狐，勇如虎”的胡璉即擔任“金門防衛司令”兼福建省“主席”，後升任“陸軍副總司令”，晉級“陸軍一級上將”，1977年病逝。胡璉死後的1979年，粟裕視察南京軍區、福州軍區時，與三野老將們座談，提及胡璉不無惋惜地說：“悍將謀才，古寧頭之恨難消啊。”
不過，毛澤東最後留著國民黨政府在金門，或是一種戰略眼光，想用它拉住台灣，直到有一天他有足夠的軍事力量能快速占領台灣。這樣，金馬澎湖就像“胎（台）”兒的一根臍帶，吮吸著母體——大陸，台灣與大陸就永遠分不開了。
在解放軍三野解放廈門、金門的同時，解放軍的二野（鄧小平、劉伯承部）、四野，於11月初正沿鄂川、湘川公路，由東南麵向國民黨軍隊“嫡係”宋希濂部進擊，宋部節節向西潰退。在內地，大批百姓加入了逃難大軍。無論火車車頂、車頭，還是客貨輪船的船艙、甲板，都擠滿了逃難的人群和亂七八糟的“家當”。還有很多人拉著塌車，載著全部家產和“希望”，攜妻帶子，在十字路口擠得滿滿當當，導致交通堵塞。因為台灣實行“入境管製”，許多人便想方設法逃往香港。在內地與香港邊界，成千上萬的難民排隊領取進入香港的通行許可證，入港後，住在香港政府安排的臨時收容所內。
而此時負責發放軍費支持國民黨軍隊作戰的“總賬房”吳嵩慶，其工作更是困難重重：一則上麵“婆婆”（蔣介石、陳良）太多，二則掣肘的人（財政部、央行的人）也不少，而金銀實在有限。巧婦難為無米之炊，唯有歎息。事見其下列日記：
10月25日（在重慶）：
“上午趙（掄元）、倪二君來談，西安經費（胡宗南部）決折發黃金一部，以抵過去之戰（時）臨（時）費銀圓。”
26日：
“……為華南軍費及整個軍費之核算，次長限明日答複。董司長（德成）及司徒（光）科長今日回。晚得刁（培然）局長電話，請明日同往漢中。餘以胡（宗南）主任今日已到渝，程司令等亦在渝，似不必往，婉辭。”
28日：
“……上午至央行算賬，陳署長照規定計算不肯放鬆，康心之照央行實力不肯撥款。在兩重困難下，又不見諒於陳次長（良）。個人進退事小，其望國家整個之改觀實不可能。餘日望美援，但美援又望梅止渴，是否引起國際糾紛（導致美國幹涉），均是問題。算清舊賬，計9月應補596萬（銀圓），10月應補204萬，共計800萬。但如將台灣軍費扣算（560萬+100萬）（按：蔣介石一定曾指示，以台灣軍費優先），將僅餘140萬，有數（限）錢作無數用，決難支持。”