毛人鳳漸漸進入了仕途的瓶頸期。搞政治鬥爭已經沒有任何進展，他唯有舉起屠刀，不停的用那些無辜者的屍體，來堆壘出自己的前進之途。蔣介石對他殺戮尤為欣賞。但是國民黨在大陸已經走到了窮途末路。殺人隻能讓他們失去更多的民心。
——血染紅岩國人哀戚
11月，在毛人鳳的陪同下，蔣介石乘飛機到重慶，保密局西南地區區長徐遠舉，為迎接蔣介石，動員了在重慶的大部分特務、國民黨黨政機關的職員以及一些地痞流氓到機場迎接。此時的蔣介石心還沒有安下來，一路上他一直怕他的行動被解放軍發覺，在空中被攔擊或遭炮擊。專機降落後，機艙門剛一打開，舷梯還沒有推到門口，蔣介石已經站在那裏向西邊張望了。一看保密局早以布置好保衛，才放下心來，恢複往日的從容，走下了飛機。
一下飛機，蔣介石顧不上休息，馬上召集在重慶的主要特務頭子開會。徐遠舉、周養浩、郭旭、毛人鳳等參加了會議，會議廳裏一片寂靜，誰都知道局勢緊張，蔣介石心情不好。可出乎意料的是，大家首先聽到的竟是老蔣的表揚，蔣介石說：“保密局在上海撤退前的工作做得好，抓了有嫌疑的人犯3000多人，撤離時，殺了1300多人。”
下麵響起一陣掌聲。
蔣又問：“聽說這次對楊虎城的工作幹得不錯，具體執行人員有哪幾個。”
楊進興等站了起來。
“好，就應該這樣，”蔣介石一邊表揚，一邊發狠：“過去由於我們殺人太少，對一些反對我們的人沒有殺掉，以致越來越多的人不再害怕我們。今後隻有多殺掉一些，才能挽回這種不利於我們的局麵。”
這時候毛人鳳站起來，“委座，重慶的工作怎樣安排？”
“那還用問嗎？在重慶也應該同在上海一樣，凡是有嫌疑的人立即予以逮捕，凡是應槍斃的立即槍斃，絕不姑息。”
毛人鳳又問：“關在白公館與渣滓洞的人犯怎麼辦？”
“這豈不是廢話。我們過去那樣有勢力的時候，這些人都不肯投降，今天我們到處打敗仗，他們還會轉變過來嗎？當然是全都殺掉。”蔣介石惡狠狠地說。
布置完任務後，蔣介石就馬上走了。
蔣一走，毛人鳳把人員再次召集起來。“委員長已布置下任務，希望同誌們一定好好完成。不要偷工減料，更不要貪生怕死，賣國投降。”毛人鳳一等人員坐定就開始說。
很快，關於白公館、渣滓洞的大屠殺就布置完畢，眾特務領命而下。
白公館看守所、渣滓洞看守所和楊家山、黃家院子、紅爐場秘密囚室組成了龐大的軍統集中營、中美合作所建立後，這裏成為一個與世隔絕的禁區，出入要“特別通行證”，內部使用“代金券”，在區域內的人員一律佩戴特製的藍底紅字鋼質圓型證章。歌樂山下的四平方公裏的範圍，崗哨林立、電網密布，陰森恐怖、與世隔絕。原來的良田村舍變成了特務住房和訓練場所，自然的幽穀山泉、小橋溪澗被插上了鐵絲網和建起了崗樓。
在白公館、渣滓洞中關押的有不少意誌堅定的革命誌士，也有大量“嫌疑犯”，甚至在無意中路過這些地方的人，也別想再出這魔窟。1941年，李仲達、石作聖、馮鴻柵、陳河鎮四名國立六中學生由璧山來渝，打算從三峽上解放區，途中誤入磁器口“特區”而被逮捕，在白公館一關就是八年，受盡折磨，最後被害。
特務們把這充滿血腥的地方視為寶地，視折磨這些反抗者為賞心悅意的遊戲。可這些都壓不住反抗的火種，現在，當這火種發展成吞噬這些反動派的熊熊烈火時，他們看到了自己的毀滅而變得瘋狂。這一心理過程在毛人鳳身上最為顯著。他親眼看到三大戰役以後，新生的人民政權日益強大，人民解放軍以摧柘拉朽之勢挺進。與此相對，國民黨內部卻分崩離析，蔣介石集團日益陷入四麵楚歌、眾叛親離的絕境。毛人鳳深知“黨國”氣數將盡，可自己又不願就這麼退出中國曆史大舞台，他心有不甘，他心有仇恨，這滿腔的仇恨全都指向共產黨。如果說以前，他折磨犯人，半是為了完成任務獲取情報，半是為了遊戲、快樂的話，現在他對這些人則充滿刻骨仇恨，下定決心要報複，要讓他們不得好死。在這種心情下，他簽發了大屠殺的命令。
11月27日，渣滓洞的氣氛跟以往並無區別，犯人們照常忍受著身體和心靈上的雙重折磨，充滿期待地等待著自由的降臨。
一大早，大特務們首先派小特務們開車去重慶，買回十桶汽油。中午吃過飯，補好體力，又令人收拾出來一間大牢房，一切準備就緒。
晚上七點，“工作”開始。
李、徐、鍾三人先把樓上、樓下的牢房巡視一遍，宣布所有犯人到收拾出的7號大牢房集中，聽毛局長訓話。
人家都不知情，拖著滿是傷痕的疲憊身軀走人大牢房。待所有人都進去了，鐵門“哐啷”一聲被關上了。
按預定計劃，關上鐵大門後，鍾鑄人、李磊、徐貴林端著湯姆生機槍衝過來迅速散開，一人占著一個窗口，對著房內瘋狂掃射：“噠噠噠……”
7號囚室的難友們在罪惡的彈雨中吼叫、怒罵，一批接一批地倒下了，他們你抱著我，我護著你地倒地血泊之中。
“共產黨萬歲！”“打倒國民黨！”的口號聲在彈雨中回旋，驚天動地！
這當中，有的共產黨員為保護其他同誌，主動用身子壓住戰火，希望自己多挨子彈，以掩護同誌，使這些同誌能活著出去。可反動特務根本不可能給他們以活的機會，他們動用了“絕招”。掃射完畢後，徐貴林又步入各監房進行清點，受傷未死的，當即補上一槍。清點完畢，他們把早上買來的汽油全部搬過來，劊子手們在監房和屍體上澆上汽油，劃著火柴，頓時漫成一片火海。徐貴林隔著火牆一段距離，慢慢地往後退，腳步所到之處，一步一個血印。大火持續了一個多小時，直至房子轟然倒塌，火勢微弱、熄滅，剩下一堆瓦爍，冒著雜著肉糊味的青煙。
渣滓洞的屠殺一直進行到28日淩晨，共殺害了140多人，他們大多是中共幹部、黨團員、戰場上被俘的解放軍官兵以及方方麵麵的進步人士。
清理完渣滓洞，下一個目標是新世界集中營。重慶新世界的集中營，是國民黨重慶衛戌區總司令部稽查處的看守所，實際上這個單位由毛人鳳的保密局領導。毛人鳳找來重慶警察局局長楊森說：“我和徐遠舉研究過，要把新世界看守所的那些犯人統統殺了！”
“裏麵好像隻有幾個是查明了的中共黨員，”楊森轉頭向徐遠舉，“大多是嫌疑犯，是吧？”
“現在哪有時間去調查誰是誰不是？”毛人鳳說，“早都說過，寧可錯殺三千，決不放過一個，何況裏麵已經有幾個共產黨了，可以說成統統是共產黨，秘密殺掉就行了！”
“毛局長，白公館已殺了那麼多，我們再殺，若是外界民眾知道了，一定會全市大遊行、抗議，那會影響我們的撤退的。”楊森說，“我來找你，是請求對新世界的囚犯處決要更秘密！”
“行了，行了，我知道了。”毛人鳳不耐煩：“你看，我已定好計劃。”說罷遞上一張紙。
楊森接過，看後不語，走了。
解放後，收繳的政治犯密件留下這樣的檔案：
一、執行主官擬由本區二處二科科長共同負責主持。
二、執行地點經實地勘察結果擬以造石場山後嵐埡（即前本局電信總台）為最適宜，該地區無人居住，僅有衛兵二人，事前可先調離，由挖坑組人員駐守，以保機密。
三、執行工具擬用手槍予以擊斃。
四、執行時間擬以挖坑工作完成後之次日開始執行，為便利拍照起見以白天執行為宜。
五、執行布置與準備：
1．擬設挖坑組，由警衛組派警衛6名，本區派警衛2名，以出公差名義攜帶行李，事前不告知其任務與地點，由熊祥組長偕事務員易大清率領，赴指定地點開始掘坑工作。在工作期間與外界隔離，食宿由區負擔，膳食由易大清同誌負責辦理（購炭米自辦）。挖坑三個，每個一方丈寬，二丈深，預計二日至三日完成。
2．擬設執行組，派熊組長負責，以本區行動組6人、警衛組2人擔任執行。
3．攝影工作擬由張界擔任，為免照壞，慎重起見，借備相機兩部，並購備膠片，每機對“匪屍”連拍兩次，以免衝洗不清之虞。
4．擬分三批執行，以30人為一批，於一日內完成密裁任務。
5．擬請發購置挖坑工具、相機、膠片、膳食等費用500元，並撥卡車一輛，事後報銷。
6．擬於工作畢後，會同二處簽請核給獎金。
六、執行步驟，擬以新設立第三看守所名義將第二看守所移解三所借以掩護，以免在押犯人騷動，於提解時，由張法官界、李所長磊驗明正身製作筆錄並簽名後提至刑場槍斃，並由主官蒞場驗明無訛，於屍身標識姓名攝成照片後由掘坑組掩埋，又執行時其警戒由挖坑組擔任，掩埋時由執行組擔任警戒。
七、執行時之受刑名單由二處二科造冊辦理。
八、擬執行時報總局備查，執行完畢檢具照片名冊報總局核備……
文字的東西是死的，特務們是有“創造性”的，在執行時，他們充分理解並完全貫徹了毛人鳳的意圖。尤其毛人鳳已答應按每殺一人給兩塊大洋的獎勵，為多掙錢，他們準備好好殺一頓。
11月29日到了，本來此項任務是由稽查處行動組組長廖雄董持執行，楊進興臨時增派加入。他們事先在中美合作所的鬆林坡挖好深坑，行動的當天上午9時，廖雄把約100名誌士從新世界看守所提出，用大卡車、吉普車押至鬆林坡。先押30人上山。
30人下車，一看到挖好的坑，馬上明白了一切。“同誌們，跟劊子手拚了。”一個女聲響起。
“拚了，拚了……”人們呐喊著分別衝向特務，刹時間與特務扭打起來。
站在土坑右前製高點上的督刑手楊進興看到這個混戰的局麵，似乎並不著急，他握著手槍不語，甚至嘴角還浮起一絲冷笑。特務鄧元桂氣急敗壞跑過來：“怎麼辦，我們的人跟他們扭成一團了！”
“命令我們的人撤出來，然後，用機槍掃射！楊進興命令，“你站在這裏掃！”
鄧元桂忙跳上一塊石頭：“撤，快撤出來！”
“噠噠……”鄧元桂手中的槍響了。
罪惡的子彈瘋狂飛向人群，一個，兩個，……人們紛紛倒下了……
接著特務們押上第二批、第三批，鬆林中彈聲如鬼哭、如狼嚎，襯得革命者“中國共產黨萬歲！”“中華人民共和國萬歲”的響亮口號愈發高亢、愈發悲壯。
由毛人鳳親手布置、直接領導的大屠殺至此基本結束。毛人鳳表示滿意，大行發獎金行賞。但除了極少數，大多數都不願要錢，而提出：“局長，我們不要錢，您給我們機票吧。帶我們去台灣。”
毛人鳳手一揮：“你們要就要，不要拉倒。台灣是不能帶你們去的，黨國還需要你們在大陸埋伏，等我們打回來時，你們一接應就成了國家的功臣，那豈不更好？”
特務們都知道，反攻機會微乎其微，但機票又弄不到，隻能在恐懼中想法逃跑。這些人手上沾滿鮮血，常常在夜裏夢到被殺的犯人站起來，向自己走過來……每天縈繞在他們腦海的都是：“我們這樣殺人，共產黨會饒恕我們嗎？”
——混亂的真假保密局
蔣介石此時已經覺得難以在大陸繼續自己的統治。開始尋找一個另外的巢穴。他記起抗戰時期在重慶的時候，一次到峨眉遊曆，在廟裏遇到一算命和尚，隨即抽簽卜卦，那和尚在解釋卦辭時，跟蔣介石說了八個字：勝不離川，敗不離灣。
當時的蔣介石隻是一笑置之。於是抗戰剛剛結束，蔣介石就急於還都南京，結果不到兩年時間，局勢急劇惡化，到1948年居然兵敗如山倒。現在看來那個和尚的話不信不行。於是他立即經營台灣，預做退路。
蔣介石從1947下半年開始，就開始重點經營台灣，以作為大潰敗之後的藏身之所。他之所以看中台灣，因為台灣自古以來就有非常重要的戰略地位。甲午戰爭後，台灣被清廷割給了日本長達50餘年，1945年8月15日，日本天皇“聖斷”停戰，第二次世界大戰終於在亞洲散盡硝煙，同祖國分離多日的台灣亦回歸祖國。日本剛宣布投降，蔣介石即著手安排台灣接收事宜。
台灣四麵環海、易守難攻，作為軍事據點，海軍優勢可以發揮，且台灣地處東亞交通要道，可以很方便地從日本、南洋、美國得到外援。如此重要的地位使它成為蔣介石在失敗之後的必然選擇。
人是政治活動的關鍵。既然把台灣當成是自己最後的退身之地，便不能將其由外人治理。蔣介石最親近的人當然是自己的兒子，但蔣經國資曆還不能承擔治理台灣的大任，況且局勢艱難，非兒子在身邊不可收拾。人事決定一切。蔣介石著手安排心腹之人控製台灣。他在1948年底下令，由陳誠接替魏明道任台灣省主席。
而在軍事上，蔣介石同樣做了部署，使靠近台灣的幾省駐紮重兵，企圖遲緩解放軍對台灣的攻擊。從1949年1月19日到21日，連續發布五道命令，任命其親信方天、朱紹良、薛嶽、餘漢謀為江西、福建、廣東、廣西省主要長官，任命湯恩伯為京（南京）滬杭警備總司令，將屏障台灣的各省掌握在其親信手中。