2004年2月，由於有關“石一歌”的誹謗浪潮已經延續四年仍未有消停跡象，卻又一直沒有出示任何證據，餘秋雨本人就采取了“懸賞”的辦法。宣布“隻要證明本人曾用這個筆名寫過一篇、一段、一節、一行、一句這種文章，立即支付自己的全年薪金”，還公布了執行律師的姓名。十二年後，餘秋雨宣布懸賞期結束，以一篇《“石一歌”事件》作出總結。
2004年3月，參加聯合國開發計劃署《人類發展報告》的設計、研討和審核。2004年年底，被聯合國教科文組織、北京大學、中華英才雜誌等單位選為“中國十大文化精英”“中國文化傳播坐標人物”。
2005年4月，應邀赴美國巡回演講：
（1）4月9日講《中國文化的困境和出路》（在紐約大學亨特學院）；
（2）4月10日講《中國知識分子的問題所在》（在北美華文作家協會）；
（3）4月12日上午講《空間意義上的中華文化》（在馬裏蘭大學）；
（4）4月12日下午講《君子的腳步》（在華盛頓國會圖書館）；
（5）4月13日講《時間意義上的中華文化》（在耶魯大學）；
（6）4月15日講《中國文化所追求的集體人格》（在哈佛大學）；
（7）4月17日講《中華文化的三大優勢和四大泥潭》（在休斯頓美南華文寫作協會）。
2005年7月20日，在聯合國“世界文明大會”上發表主題演講《利瑪竇的結論》，論述中華文明自古以來的非侵略本性，引起極大轟動。演說的論據，後來一再被各國政界、學界引用。
2005年11月，應邀撰寫《法門寺碑》（含書法），鐫刻於陝西法門寺大雄寶殿前的映壁。
2006年4月，應邀撰寫《炎帝陵碑》（含書法），鐫刻於株洲炎帝陵紀念塔。
2005年一2008年，被香港浸會大學聘請為“健全人格教育奠基教授”，每年在香港工作時間不低於半年。
2007年1月，發表《問卜中華》，詳盡敘述了甲骨文的出土在中華文明瀕臨湮滅的20世紀初年所帶來的神奇力量，同時論述了商代的曆史麵貌。
2007年3月，發表《古道西風》，係統敘述了中華文化的兩大始祖老子和孔子的精神風采。
2007年5月，發表《稷下學宮》，對比古希臘的雅典學院，首度將兩千年前東西方兩大學術中心進行對比。
2007年7月，發表《黑色的光亮》，以充滿感情的筆觸表現了被中國文化史長期冷落的平民思想家墨子的人格光輝。
2007年8月，應邀為七十年前解救大批猶太難民的中國外交官何鳳山博士撰寫碑文（含書法），鐫刻於湖南益陽何鳳山紀念墓地。
2007年9月，發表《詩人是什麼》，論述“中國第一詩人”屈原為華夏文明注入的詩化魂魄，分析了他獲得全民每年紀念的原因，並解釋了一些曆史誤會。
2007年11月，發表《曆史的母本》，以最高坐標評價了司馬遷為整個中華民族帶來的曆史理性、曆史品格和曆史力量。
2008年5月12日，中國發生“汶川大地震”，第一時間趕到災區參加救援。見到遇難學生留在廢墟間的破殘課本，決定獨資捐建三個學生圖書館，卻被人在網絡上炒作成“詐捐”，在全國範圍喧鬧了兩個月之久。後由災區教育局一再說明捐建實情，又由王蒙、馮驥才、張賢亮、賈平凹、劉詩昆、白先勇、餘光中等名家紛紛為三個學生圖書館題詞，風波才得以平息。
2008年9月，上海市教育委員會頒授成立“餘秋雨大師工作室”（此前上海教育係統僅有一所“周小燕大師工作室”）。上海市靜安區政府決定為“餘秋雨大師工作室”贈建辦公小樓。
2009年5月，應邀為山西大同雲岡石窟題詞“中國由此邁向大唐”，鐫刻於石窟西端。
2010年1月，《揚子晚報》在全國青少年讀者中問卷調查“你最喜愛的中國當代作家”，餘秋雨名列第一。“冠軍獎座”是錢為教授雕塑的餘秋雨銅像。
2010年3月27日，獲澳門科技大學所頒“榮譽文學博士”稱號。同時獲頒榮譽博士稱號的有袁隆平、鍾南山、歐陽自遠、孫家棟等著名專家。
2010年4月30日，接受澳門科技大學任命，出任該校人文藝術學院院長。宣布在任期間每年年薪五十萬港元全數捐獻，作為設計專業和傳播專業研究生的獎學金。
2010年5月21日，聯合國發布自成立以來第一份以文化為主題的“世界報告”，發布儀式的主要環節，是聯合國教科文組織總幹事博科娃女士與餘秋雨先生進行一場對話。餘秋雨發言的標題為《駁亨廷頓“文明衝突論”》。
2011年10月10日，寫作《一個轉折點》一文，以親身經曆為“文革”十年劃分出四個時期，在同類研究中是一個首創。不久，又發表《文化之痛》一文，揭示“文革”的文化本質，嚴厲批判目前社會上為“文革”翻案的逆流。本文還從“文化夢魘”的角度，論述文革式的極權專製和民粹專製的組合，在中國有深厚的文化土壤，必須對此保持強烈的痛感。
2012年1—9月，最終完成以萊辛式的“極品解析”方法來論述中國美學的著作《極品美學》。
2012年10月12日，中國藝術研究院成立“秋雨書院”。北京眾多著名學者、高官、企業家出席成立大會，並熱情致辭。該書院是一個培養博士生的高層教學機構，現培養兩個專業的博士研究生：一、中國文化史專業；二、中國藝術史專業。
2013年10月18日下午，再度應邀赴美國紐約聯合國總部大廈演講《中華文化為何長壽》。當天聯合國網站將此演講列為國際第一要聞。
2013年10月20日，在紐約大學演講《中國文脈簡述》。
2013年12月，完成莊子《逍遙遊》的巨幅行草書寫，並將《逍遙遊》譯成可誦可吟的現代散文。
2014年1月，完成屈原《離騷》的巨幅行書書寫，並將《離騷》譯成可誦可吟的現代散文。
2014年1月25—31日，完成《祭筆》。此文概括了作者自己握筆寫作的全部人生曆程，記述了“文革”時期和“苦旅”時期的艱辛筆墨，更是以沉痛的心情回顧了從20世紀90年代以來難以想象的文化遭遇。
2014年3月，發表以現代思維解析《般若波羅蜜多心經》的文章《解經修行》，並表明這是一項重大學術規劃的開端。那就是，在已經完成了的“時間意義上的中國、空間意義上的中國、人格意義上的中國、審美意義上的中國”四大研究專題共二十餘卷著作之後，繼續完成“修行意義上的中國”這最後一個專題。該書名為《泥步修行》，由“破惑”“問道”“安頓”三部分組成。
2014年4月，《餘秋雨學術六卷》出版發行。
2014年5月，古典象征主義小說《冰河》（含劇本）出版發行。
2014年8月，係統論述中華文化人格範型的《君子之道》出版發行，立即受到海峽兩岸讀書界的熱烈歡迎。
2014年10月，《秋雨合集》二十二卷出版發行。
2014年10月28日，出任上海圖書館理事長。
2015年3月，再度應邀在台灣大學和台灣各大城市進行“環島巡回演講”，自台北市、新北市、台中市到高雄市。雙目失明的星雲大師聞訊從澳大利亞趕回台灣，親率僧侶團隊到高雄車站長時間等待和迎接。這是餘秋雨自1991年首度訪問台灣後第四次大規模的環島演講。本次演講的主題是“中華文化和君子之道”。
2015年4月，懸疑推理小說《空島》和人生哲理小說《信客》出版發行。
2015年9月，應邀為佛教聖地普陀山書寫《心經》，鐫刻於該島迥瀾亭。
2016年3月，應邀為佛教聖地寶華山書寫《心經》，鐫刻於該山平台。
2016年11月，被選為世界餘氏宗親會名譽會長。
2017年，中華書局編輯出版《中華文化讀本》七卷，均選自餘秋雨著作。
（周行、劉超英整理，經大師工作室校核）
獲獎記錄
餘秋雨先生獲獎頗多，難以統計，大致有：
1984年全國戲劇理論著作獎；
1986年上海哲學社會科學著作獎；
1991年上海優秀文學藝術獎；
1992年中國出版獎；
1993年全國優秀教材一等獎；
1995年金石堂最有影響力書獎；
1997年台灣讀書人最佳書獎；
1998年北京《中關村》“最受尊敬的知識分子”獎；
2001年香港電台最受聽眾推薦獎；
2002年台灣白金作家獎；
2002年馬來西亞最受歡迎華語作家獎；
2006年全球數據測評係統推薦影響百年百位華人獎；
2010年台灣桂冠文學家獎（設立至今幾十年隻評出過五位）；
2014年全國美術書籍金牛杯金獎（書法集）；
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