舉火儀式由中國佛學院副院長兼教務長、成都文殊院的宗性大和尚主持。眾人誦七遍般若波羅蜜多心經後，按佛教儀軌，進行荼毗。宗性法師手持火燭，誦《為南公懷瑾大士荼毗語》：
應化人間樂太清，七星了然住大坪。
遠走康藏通禪那，繽紛法雨墜紫雲。
恭維南公懷瑾大士。一九一八年農曆二月六日降生。浙東樂清人士。一世行藏，已載籍章。上下五千年，縱橫十萬裏，經綸三大教，出入百家言。平生功績，難描難繪。二零一二年農曆八月十四日，化緣既盡，大事已畢。遊戲人間九十有五載。醉心法海七十餘春秋。向上一乘，早識貧無立錐之旨；隨順世情，不費依樣畫葫之機。今予：諸行無常，是生滅法；生滅滅已，寂滅為樂。笑曰：俄而一夢，是夢非夢，夢裏夢外，夢夢夢夢。南公懷瑾大士，印如是耶？既今末後一著荼毗一句，又如何舉揚？
靈岩諸子出火宅，太湖水印娥眉月。
四大五蘊如意樹，一粒粟米滄海闊。
宗性拙
然後投火入爐。火光熊熊而起。
眾人紛紛跪拜，口誦佛號，向火中的南老遺體行禮。我與王紅、高紅梅等人跪在一起，隻聽得彼此哭聲不止。
從此一別太湖後，世上再無南懷瑾。
此時，不由想起了南師的那首《聚散》。
桌麵團團
人也團圓
也無聚散也無常
若心常相印
何處不周旋
但願此情長久
哪裏分地北天南
南師與眾人，聚亦散，散亦聚，聚散兩依依。
七
從南師一些友朋和學生的文字中，可以為我們簡單地梳理出南師最後的時光。
早在半年前，就有一些不好的征兆出現。
2012年4月4日，有道友拜訪南師時，南師說：半年後可能不在了。後又怕道友憂慮，遂說：半年後去其他地方住。
5月29日，樂清市人大主任趙樂強、副市長方青，南師老家所在的翁陽街道辦事處書記趙旺傑和主任朱小恭去看望南師時，那晚南師講到自己龍年有劫，也許當時來訪者隻看到南師當時精神矍鑠、健步如飛的一麵，沒有留意他這淡淡一語；或許大家都期望南師長命百歲，根本就不相信南師這一說。
據魏承思先生文中所記：
8月13日，我打算去大學堂，懷師讓馬秘書轉告：老師感冒，我去了他就要招呼我，希望這次不要去。我頓時覺得他這次一定病得不輕，因為20年來從來沒有一次不想我去看他的。8月16日，我在報告中問他，讀完了12遍《楞嚴經》，接下去應該讀哪一部經。4天後，他在報告上最後一次批示：最近氣運不對，我也在維摩病中，深深業力之感，不可說不可說啊，無法與不知者言也。你從那年開始學佛，憑我深切的記憶，你真正發心想修行學佛，散散漫漫的還不到兩年。承蒙信任，你懇切讀《大寶積經》後，我希望你先能做到精讀《楞嚴經》100遍，希望在10年、20年中貫通事理、證得真如，此話早已有所說明，隻是你並不留意。我從青蔥學道，身心投入出世修證法門，至今95歲，經常自慚暗頓，對於《楞伽》《楞嚴》二經，我從數十年身心投入求證的功力，尚不敢說是望及涯際。你這個話已經問過我三次以上，我都有所答複，或微笑而輕答，實際上語重心長，都已說得明白了。你如果對此有疑，今後10年、20年中，希望你深入《華嚴經》《瑜伽師地論》兩部大經論去吧。我老了，再沒精力多說了，言盡於此，抱歉。懷師以前對我說話從未如此嚴厲過，最初有點難受。反複讀了很多遍，才體會懷師對我的拳拳之心。但隻以為他是對我愛之深、責之切，沒想到乃是最後遺言。
9月2日，我寫報告回複懷師的批評，回顧了專修兩年來的曆程。5日，懷師請秘書回話：現在四大違和，這篇報告要嚴重答複的，所以不要著急。慢慢來。但最後沒有等來他老人家的隻言片語。懷師會怎樣答複？這將是夠我參一輩子的話頭了。
據劉雨虹老師（時間：2013-06-1910：26：58）在她的博客劉雨虹博客中發文《東拉西扯·說老人、說老師、說老話（四十九）》中有記載，我們可以大致梳理出南師入院過程。博文如下：
多日來，常常聽到一些不實的傳言，有關南老師走前的一些情況。老師生前曾多次說過，他是不會進醫院的，去年八月身體欠安時，也說過不去醫院。