本次債務重組，三九醫藥重組債務為人民幣35.94億元。其中，三九醫藥因對三九藥業部分債務及三九生化部分債務提供擔保還需承擔5.14億元。償付方自債務重組協議生效日起1個月內向債權人一次性全額支付人民幣44.57億元，用以清償全部集團層麵和三九醫藥層麵重組債務本金、三九醫藥層麵欠息以及訴訟費。
三九醫藥稱，債務重組協議的簽訂，是三九集團引進戰略投資者的前提，是三九集團解決資金占用問題的關鍵。本次簽署的債務重組協議為三九集團整體債務重組協議，與三九醫藥的清欠密切相關。重組前，由於大股東三九集團已嚴重資不抵債，無力清償對公司的巨額資金占用，必須通過本次債務重組及引進戰略投資者才能徹底解決對三九醫藥的資金占用。另外，債務重組後，三九醫藥向銀行借款不超過人民幣6億元。
以上方案的敲定，對於三九集團的核心企業——上市公司S三九而言，可謂了卻一塊長期的心病。
公告顯示，為S三九解決的債務占到了本次債務額的80%。值得注意的是，債務重組完成後，債權人同意豁免所有S三九層麵重組債務相關的罰息及複利；解除S三九對相關重組債務的擔保責任；解除所有與S三九層麵重組債務相關的抵押、質押及查封、凍結，並對其提起的所有與重組債務相關的訴訟案件、仲裁案件及執行案件予以撤訴或撤銷執行申請。
招商證券分析師李陽認為，對於三九如此龐大的債務基數，罰息和複利也是一筆巨款，此番債權人同意豁免罰息，並“網開一麵”地解除擔保責任和抵押、予以撤訴，對於S三九無疑是非常重大的利好，為三九集團和S三九免去了很多後續的麻煩。
公告還顯示，債務重組後，S三九預計負有不超過人民幣6億元的銀行借款。李陽表示，6億的銀行借款對於S三九這樣一個大型醫藥上市公司而言，是非常正常的負債額度，實現了“輕裝上陣”，而且S三九的基本麵和業績都尚佳，從此可以專注於提升業績。
在二級市場上，此方案的推出也得到了投資者的認可和追捧，S三九開盤即直接無量封漲停。不過，對於三九集團近百億債務餘下部分的處置辦法，公告並沒有說明。S三九董事會秘書周輝表示，公告重點披露了有關上市公司的內容，但涉及集團層麵的細節，不在公告需要披露的範圍內。
三九集團自2003年底陷入資不抵債境地後，生產經營出現嚴重的信用和債務危機。2004年7月，國務院批準對三九集團實施債務重組。2007年3月16日，國務院國資委發布通告，選定華潤（集團）有限公司為三九重組的戰略投資者。六天後，一家全新的公司——新三九控股有限公司在國家工商總局注冊，擬管理重組三九的資產。到10月債務重組協議簽訂後，華潤集團將成為國內最大醫藥集團，實力也與國內的中生集團、中國國藥集團等大大拉開。
北京證發投行分析師王堅稱，從2006年開始，華潤集團就重組了華源集團，並收購了深國投51%的股權。在重組三九集團債務後，華潤集團的規模將進一步膨脹。但另一個方麵，華潤集團收購華源、三九這些高債務公司也耗費超過百億元的資金，如何整合重組三九，對華潤而言，是一個不小挑戰。（本案例來源於：《京華時報》，作者：張春健、楊珺）
三九醫藥發布公告稱，三九醫藥作為三九集團下屬核心企業，將簽署《三九集團債務重組協議》。經過多方商議，最後，由華潤集團、新三九控股有限公司、三九集團及其下屬企業在自債務重組協議生效日起1個月內向債權人一次性全額支付人民幣4457002080元，用以清償全部集團層麵和三九醫藥層麵重組債務本金、三九醫藥層麵欠息以及訴訟費。
據了解，簽署債務重組協議的債權人是與三九集團及其下屬企業發生直接債務及或有債務關係的債權人委員會成員單位，共有20家金融債權人，簽署債務重組協議的債務人為三九集團及其下屬企業（含三九醫藥及其下屬企業）。
本次重組債務包括三個部分，分別為三九集團層麵重組債務、三九醫藥層麵重組債務以及三九生化（000403）、深圳市三九醫藥連鎖股份有限公司及其控股的各級子公司重組債務。
而三九醫藥層麵重組債務（截至債權債務核實日2007年6月20日）本金共計人民幣3594217187元；其中，三九醫藥因對三九藥業部分債務及三九生化部分債務提供擔保而需要承擔連帶還款責任的債務本金共計513748415元。
同時，三九集團作為大股東，也占用了三九醫藥37.4億元的非經營性資金。重組前，三九集團已嚴重資不抵債，無力清償對公司的巨額資金占用。必須通過本次債務重組及引進戰略投資者才能徹底解決對三九醫藥的資金占用。2007年4月份，國資委批準華潤集團作為戰略投資者，重組三九集團。而在4月底，三九醫藥曾公布大股東清欠方案：以現金償還約23億元，以資抵債約11億元，債務重組約3~4億元。但由於清欠與大股東資產債務重組相關聯，且清欠協議的部分條款需與債務重組協議的有關約定一致，三九集團債務重組協議無法簽訂之前，清欠方案一直無法實施。因此，三九醫藥董事會曾於7月份發布公告向投資者致歉。
公告稱，債務重組完成後，債權人同意豁免所有三九醫藥層麵重組債務相關的罰息及複利；解除三九醫藥對相關重組債務的擔保責任；解除所有與三九醫藥層麵重組債務相關的抵押、質押及查封、凍結，並對其提起的所有與重組債務相關的訴訟案件、仲裁案件及執行案件予以撤訴或撤銷執行申請。而協議生效還必須經由協議各方法定代表人或授權代表簽字並加蓋公章；並報經國務院或國家有關部門批準。
三九醫藥稱，債務重組協議的簽訂，是三九集團引進戰略投資者的前提，是三九集團解決資金占用問題的關鍵。本次簽署的債務重組協議為三九集團整體債務重組協議，與三九醫藥的清欠密切相關。重組前，由於大股東三九集團已嚴重資不抵債，無力清償對公司的巨額資金占用，必須通過本次債務重組及引進戰略投資者才能徹底解決對三九醫藥的資金占用。另外，債務重組後，預計三九醫藥銀行借款將不超過人民幣6億元。協議的簽訂有利於改善公司財務狀況，降低或有風險，償付方通過向債權人一次性償付，有助於解決對三九醫藥的資金占用問題；同時基本解決了以前年度形成的對外擔保，降低了或有風險。