1913年3月20日晚，上海滬寧火車站的候車廳裏，人來人往。在接待室裏幾位西裝革履的人物正在握手道別。其中有一位便是國民黨代理理事長宋教仁先生，他和幾位新議員準備乘坐今晚11點的列車抵達京城，商議國事。
火車在10點45分進站了。旅客們紛紛擁向檢票口，宋教仁和幾位議員也向檢票口走去，在排隊檢票時，宋教仁很自覺地站在隊伍的最後麵。
正當大家都在排隊檢票時，突然一聲槍響，人群沸騰了。然後緊接著又是“砰”“砰”兩聲。隻見宋教仁捂住肚子向後晃了晃，靠在了柵欄上。他低聲說：“我中槍了，有刺客！”黃興離他最近，看到倒在柵欄邊的宋教仁他大吃一驚，連忙上前扶住他，同行的其他人也紛紛擁上前來。人群像炸開了鍋，亂作一團，一片驚叫聲。有一個黑影在驚恐的人群中逃竄，在沒有任何人阻攔的情況下逃跑了。此時，火車站巡邏的巡警們也不知為何消失了。
此時，於右任等人還待在接待室裏，他們聽到槍聲後馬上從裏麵衝出來，此時的宋教仁倒在黃興懷裏。
於右任立刻先安排人去報警，然後又找來車，親自把宋教仁送到附近的一家醫院。
大家強烈要求醫院醫師會診急救，院方請來了格爾本醫師和比林哈斯醫生，他們共同診視後說必須手術。緊接著，宋教仁被推進了手術室，醫生從他的身體裏取出了一顆子彈，傷口周圍已經變黑，子彈帶著劇毒，毒性讓宋教仁曾幾度昏迷。在宋教仁清醒過來後，他深知自己的傷情十分嚴重，生命即將麵臨終結，於是向他的老朋友於右任招手示意，於右任來到宋教仁的身旁，宋教仁用十分微弱的語氣交代了三件事：
（1）我所有在南京、北京及東京寄存之書籍，悉捐入南京圖書館。
（2）我本寒家，老母尚在，我死後，請克強及諸公為我照料。
（3）諸公皆當勉力進行，勿以我為念而放棄責任心。我為調和南北事費盡心力，造謠者及一班人不知原委，每多誤解，我受痛苦也是應當，死亦何悔？
為了能保住宋教仁的生命，當晚午夜兩點，醫院決定再次為宋教仁實施手術，這次都是資深專家，他們把破損的腸子進行清洗，清洗幹淨之後進行縫合。手術之後，傷口的疼痛深深折磨著宋教仁，即使多次打止痛針也無濟於事，這一夜宋教仁被疼痛折磨得沒有合眼。
21日一大早，黃興和眾人便急匆匆來到宋教仁的病床前，宋教仁看到他們便斷斷續續地說：“我快不行了，但我死後還有很多事情要諸位去辦，快給北京政府發電報！”然後便口述了電報的內容。
到了21日晚，宋教仁已是奄奄一息。次日淩晨，宋教仁用戀戀不舍的眼光環顧了一下周圍，然後用最後一點兒力氣說：“我們要集中全國力量一致對外……”然後便永遠離開了這個世界，當時年僅31歲。
當人們得知宋教仁逝去這一噩耗時，大家都驚呆了。大家都不相信這麼一位偉大的革命者就這樣匆匆地走了。醫院門前車水馬龍，水泄不通，他們都是前來吊唁的人。
23日，宋教仁的好友陳其美親自為宋教仁買了棺材，並請來了照相館的人為宋教仁的遺體拍照。黃興為宋教仁清洗了身體，並為他穿好禮服，照了遺照。並照下了一張作為證據的照片備用。下午入殮時，周圍全是自發而來為宋教仁送行的人們，有普通的老百姓，有政界人士，還有外國友人。在場的人們強烈要求一定要緝拿凶手，為宋教仁報仇。
22日，黃興致電北京《民主報》，說明了宋教仁被刺的詳細經過，並請求在報紙上發表此事，告之天下。與此同時，國民黨上海交通部也發出這樣的通告：“本黨代理理事長宋先生之喪，各黨員纏黑紗誌哀。”
當時孫中山正在日本考察，他聽說此事，極為悲痛，馬上致電北京國民黨本部和上海國民黨交通部，一定要全力查凶。
北京那邊聽到宋教仁被刺的事情很是震驚，國民黨北京本部也因為宋教仁的遇害而悲傷和憤怒，他們多次致電上海詢問有關情況。陳家鼎等其他幾位議員也聯名上書強烈要求迅速捉拿凶手，追究主謀，以揭開宋教仁遇害的真相。
國民黨的成立，宋教仁付出了太多的汗水，他的功勞最大。1904年他和黃興等人在長沙創立革命團體華興會，他任副會長。華興會成立不久，他便聯絡革命誌士，準備起義。起義失敗後他便在日本留學。一年之後，他與孫中山一起創立了中國同盟會。
隨著同盟會在南方起義的失敗，宋教仁便決定轉移革命的重心，並成立了中部同盟會，親自領導了長江革命。1912年1月1日中華民國誕生了，南京成為臨時政府，宋教仁被任命為法製院院長。
在南京臨時政府成立之後，清皇帝在袁世凱的逼迫下宣布退位，而孫中山也按照之前的約定提出辭職，推舉了袁世凱任臨時大總統。
一個月後袁世凱當上了臨時大總統。為了限製袁世凱，孫中山讓宋教仁起草製定了《中華民國臨時約法》。該約法按照宋教仁的主張將總統製改為內閣製。