在他掌權後，為了獨霸新疆，他幾乎是把新疆封閉起來，正是由於這種封閉才限製了新疆的發展。他禁止關內人進入新疆，也禁止新疆人進入關內。對於中央政府派往新疆的官員，除特殊情況外，他拒絕接納。
在軍事上他實行大量裁軍，認為兵多事多。同時他的軍隊待遇低，武器也差，而且缺少戰鬥能力。楊增新擔心軍隊會謀反，要求各部駐軍各自為政，不許交往。上了年紀的楊增新曾經對別人說，他在新疆一直唱的都是“空城計”。
楊增新自身節儉，他十分憎恨那些魚肉人民的貪官汙吏，以及那些欺負民女的惡霸。對於這些人他知道一個殺死一個。他的屬下馬福興在地方上長期壓迫人民，無惡不作，結果楊增新一聲不響地就把他除掉了。
他要求新疆人民種地，學手藝，不要學很多知識，更不能向政治靠近。那些信奉伊斯蘭教的小孩，也不用去學堂，在禮拜寺念經就行。他不相信科學，一味沉浸在中國的儒釋道學說裏。他也希望他所統治的新疆人民做個不問世事的太古人。
1917年，黎元洪任總統後，委任樊耀南到新疆做阿克蘇道尹。樊耀南是新疆官場中較為精明幹練之人，他接受過先進的國外教育，思想開放，討厭楊增新的“小國寡民”政治主張和封建腐敗氣息。在他上任後不久，以革新、民主的旗號重整新疆並提出了五項挽救新疆局麵的辦法，“民族平等、整理財政、鏟除貪汙、發展教育、整頓軍隊”。而楊增新和他的想法完全相反，這就增加了楊增新對他的仇恨。
楊增新為了不得罪北京政府，表麵上盡量拉攏樊耀南，在一些事情上也很照顧樊耀南。但實際上他又限製著樊耀南。在樊耀南的母親病故時，樊耀南提出回家奔喪，可是楊增新以種種理由不讓他回家，並給他的老家彙去了一大筆喪葬費。同時他也知道樊耀南的確有一手，在治理新疆上有一定的才幹，特別在對中國新疆和蘇聯交涉方麵作出過貢獻，被稱為“對外交涉的台柱”。
楊增新在北洋政府垮台後，感覺失去了靠山，便想辭職。樊耀南得知此事後很是得意，以為終於到了自己大顯身手的時候了。於是便放肆起來，說了一些不該說的話和做了一些不該做的事。楊增新對於這些也不理睬。但是當楊增新知道閻錫山、馬福祥向南京靠攏後依舊官複原職之後，他又不想辭職了。於是他致電擁護南京國民政府，並聲稱“服從國民政府，奉行三民主義，以後新疆一切善後事宜，均秉承國民政府辦理，以歸統一”。之後，楊增新按照國民政府的指示重新組閣，並任新疆省政府主席兼總司令。這樣，他依然獨霸新疆。
一心想有一番作為的樊耀南見此情況後，隻好忍氣吞聲。楊增新執政後期，派係分化嚴重，一派是楊增新、金樹仁、閻毓善、杜發榮、張培元等人為首的“陝甘派”，另一派是樊耀南、張純熙、張馨、呂藻如等人為首的“南湖派”。南湖派一心推翻楊增新的統治，重整新疆。這兩派勢不兩立，為了新疆的統治權他們明爭暗鬥。
樊耀南一邊小心地應付著楊增新一邊四處聯絡反楊力量。在他的努力下，時間不長就有一些思想開明的人加入到樊耀南的隊伍中。其中，俄文政法專門學校的教務主任張純熙就是其中的一位骨幹分子。
北伐戰爭時期，樊耀南向楊增新提出想回關內，可是被楊增新當場拒絕了。其實這是樊耀南有意試探楊增新。樊耀南知道，隻要楊增新一天不死，他就會一直被其控製。
一天，省議會議長饒孜和樊耀南待在一起閑談。饒孜說：“現在的老百姓深受楊增新的壓迫呀！”樊耀南馬上說道：“這種日子快結束了，但願以後我們合作愉快。”
1928年的二次北伐，讓樊耀南看到形勢大好，於是決定先發製人，盡快除掉楊增新。
沒過幾天，樊耀南為首的“南湖派”便在新疆外交署的後花園裏商討具體刺殺楊增新的行動計劃。他們認為在省政府和楊增新外出時都不利於下手，因為省政府人多，不利於事後逃走，而外出時的楊一般都帶有眾多的士兵，也不利於事後逃走。最後，他們把地點定在了楊增新創辦的俄文政法專門學校，因為那裏是“南湖派”的聚會地點，在那裏一切都很方便。