鐵木真稱汗引起了雄心勃勃的劄木合的忌恨，劄木合結合塔塔兒、泰赤兀等13部向鐵木真發動了“十三翼之戰”。草原其他部貴族也害怕鐵木真的崛起，紛紛推舉劄木合為“古兒汗”，即眾汗之汗，誓與鐵木真為敵。他們組建13部聯軍，向鐵木真和克烈部發動了闊亦田之戰。劄木合率領的烏合之眾經不住鐵木真王汗聯軍的猛烈打擊，不到一天就土崩瓦解，劄木合投降王汗。隨後鐵木真進攻塔塔爾部，其首領劄鄰不合服毒自殺，塔塔爾部另一首領也客扯連投降，鐵木真尊父親遺詔，投降的部落破城之後，超過車輪高的男子一概斬殺。不投降的，破城之後全城夷為平地，雞犬不留，一律播種牧草。
鐵木真的部隊在戰場上每殺死一千人，要倒掛一具敵人的屍體，一場戰爭下來，倒掛的屍體比比皆是，後來部眾覺得如此太繁瑣，於是將倒掛屍體的舉措改為每殺一千人，割一隻右耳，一場戰爭下來，割下的右耳數之不盡。
也正是聽從了父親的遺言，濫殺俘虜，導致俘虜激烈反抗，付出了沉重的代價。不過也正是在消滅塔塔爾的戰爭中，鐵木真得到了兩位美女也遂和也速幹，也遂是鐵木真諸多汗妃之中最重要的一個，為鐵木真統一蒙古起了非常重要的作用。
隨著自己力量的不斷壯大，鐵木真開始向殺害父祖的敵人尋仇。擊敗主兒乞部，殺其首領，部將木華黎父子投誠。後木華黎成為鐵木真的第一名將，封太師國王，讓他獨當一麵地經略中原。
此後，泰赤兀部舉族投降，泰赤兀部的覆滅，鏟除了鐵木真進一步統一蒙古各部的巨大障礙，而其幾員部將如神箭手哲別、納牙阿等卻成為鐵木真征服天下的得力助手。後來遠征西遼消滅屈出律的是他們，第一次在西征中哲別和速不台作用最為特殊，追趕摩訶末蘇丹的是他們，活捉禿兒罕太後的是他們，敗羅斯基輔大公的也是他們。
強大的克烈部被滅後，鐵木真占據了水草豐美的東部草原--呼倫貝爾草原。蒙古草原上隻剩下乃蠻部還有力量能夠與鐵木真對抗，敗於鐵木真之手的各部貴族先後彙集於乃蠻汗廷，企圖借助太陽汗的支持奪回自己失去的牛羊和牧場。但草原人民並不希望部落林立的局麵重演，而未經戰陣的“太陽汗”也不堪一擊，經過納忽崖之戰，乃蠻部被其徹底消滅。
1206年春天，1206年，鐵木真在斡難河（今蒙古鄂嫩河）源召開忽裏台大會，即蒙古國大汗位，諸王和群臣為鐵木真上尊號“成吉思汗”。蒙古帝國由此開始。
建國後，大批原來的部落人口被分編在不同千戶中，許多部落的界限從而泯滅，鄰近的吉利吉思、畏兀兒、哈剌魯等部分別在1207年、1209年、1211年歸附成吉思汗。開始形成共同的蒙古民族，成吉思汗對此起了積極的曆史作用。