十二月二日，袁肅將營口總司令部撤往奉天，既然遼東戰事已經結束，他也應該掛印辭官，不過畢竟此次中日衝突留下了一個不容小視的隱患，陸軍部還是決定保留總司令部的一些單位留駐在奉天，以備不時之需。
到奉天之後，袁肅與蔣百裏、趙山河、陳文年、田文烈、朱泮藻等人召開了一次中央軍的戰後會議，首先是合算此次作戰的戰損，其次則是論功行賞，再者也就是對中央陸軍第二師、第五師以及奉天十七師的新防區劃分。
按照總統府和陸軍部三天發回來的指示，此次中央軍在遼東作戰是包含一定政治目的，那就是將中央勢力拓展到地方，謹防東三省會像西南諸省那邊擁兵自重。所以盡管第二師、第五師都是近畿部隊，但索性也就趁此機會常駐在東三省。即便不常駐，也要堅持度過目前這個敏感時期，等到遼東突發事件的陰影全部消除之後，再另行定奪。
此役曆時二十二天，陣亡將士合計一千六百三十三人，受傷離開編製者三千八百五十人。戰爭消耗物資折算資金一百七十餘萬，而戰後重建和撫恤物資折算資金初步預計會需要兩百萬左右。不過戰爭中通過搜繳和劫掠所得的利益差不多也有一百多萬，再加上把俘獲戰利品變賣，勉強算是能抵消此次作戰付出的經濟代價。
論功行賞方麵，司令部軍功司和陸軍部軍功司特派專員早已做好了一份初篩名單，由袁肅負責從初篩名單中核定人選和功績。袁肅這邊通過與後勤司令部、前線各指揮部的磋商，業已確定了一份所屬名單。基本上將此次參與作戰各部都均衡的安排了“功勞”，就算從始至終還怎麼開過槍的朱泮藻第五師，也算是一份“勞苦之功”。
經過一番討論，袁肅決定委派田文烈第二師駐守營口，第五師駐守鳳城，第十師暫時返回山海關屯駐。這麼做的目的並非是為了讓個人勢力遠離是非之地，而是減輕東三省地方財政對中央軍的負擔，反正山海關距離營口不算遠，又有鐵路四通八達的連接，真要出兵也就幾天的時間。再者在自己的地盤上由自己來供養，省的與東三省地方政府斤斤計較。
至於中央陸軍第一兵團，司令部暫時歸編在統戰總司令部麾下，一起進駐奉天。包括兵團直轄幾個預備役團也都留在奉天，第一旅、警衛團和預備炮兵團這三支部隊返回直隸，繼續加以訓練和擴充。
戰後會議結束後，袁肅又趕往第一兵團臨時集合地，走訪並慰問了兵團上上下下的官兵，也專門挑選了一個傷兵聚集的醫院進行一番安撫。在剛才戰後會議軍功論賞時，他是特別為第一兵團的一些基層軍官進行了表彰，畢竟第一兵團擴充迅速，很多軍官沒什麼實戰經驗，卻能在戰爭中發揮極好的領導作用，當真很是叫人欣慰。
尤其是孫連仲，在側翼陣地失守之際，單憑麾下一個團部分兵力殿後，掩護傷員和物資撤回蓋州城內，竟然能以最小的傷亡代價，拖延住日軍洶湧的進攻。袁肅在與孫連仲見麵時，熱情洋溢的拍著對方的肩膀稱讚道：“昔諸葛亮出岐山，失利於箕穀，而趙雲隨即聚攏部隊，固守箕穀，沒有造成大損。部隊撤退時，趙雲又親自斷後，阻止曹軍追擊，因此軍資和人員的損失都不大。今日孫仿魯之功，不亞三國趙雲，當是彰功以效典範。”
在奉天停留了一段時間之後，北京總統府和陸軍部皆發來電文，告知袁肅盡快返回北京。總統府並沒有說是所為何事，但是既然沒有說，那推測起來肯定還是袁世凱要找他商議帝製一事。而陸軍部發來的電文，則是表示要對袁肅此次作戰進行授勳嘉賞。
臨行前一天下午，袁肅找到蔣百裏和陳文年二人私底下會晤了一番。
雖然這段時間袁肅一直在忙著遼東戰場善後的工作，但是對於國內輿論氣氛的變向還是有所關注，不管是北洋政府或者籌安會私底下推波助瀾，又或者是民間自發的掀起了眼下這股風浪，稍微有一點頭腦的人都很清楚國家很快會有一場重大的變故發生。
在過去大半年時間裏，以北洋軍官俱樂部為首的北洋少壯派團體，一直在散播著袁肅的一些個人看法，所以對目前國內氣氛的變化，袁肅麾下所掌握的軍隊這一塊，並沒有太明顯的反應。就算有先見之明的諸如蔣百裏、陳文年、高順等人，其三人為首的核心軍官階層，也沒有對所謂的帝製感到反感。