斐洛的出發點，是柏拉圖的理念論。柏拉圖認為，理念是客觀存在的，理念與神是不同的存在。而斐洛對柏拉圖理念作了修正，直接將理念歸結為神的思想。
神是一幢宅第，是無形理念的無形居處；神是萬物之父，因為神出生萬物，同時，又是智慧的丈夫，為了人類把幸福的種子，投落到善的處女地之中。
對古希臘的柏拉圖來說，理念世界的獨立存在是很自然的，但作為一名虔誠的猶太教徒斐洛來講則是十分困難的，因為在他的意識深處，以色列的神是唯一的最高存在。
由於把理念解釋為神的思想觀念，這就決定了斐洛必須重新說明神的創世。因為在《舊約》的創世中，神是從無中創造世界的，“起初神創造天地……神說：‘要有光’，就有了光。”斐洛將神的創世分為兩個階段：第一階段，神“首先完全地形成了可知世界，為的是神可以使用和它完全一樣的和無形的範型”；第二階段，神以可知世界為模型，創造可感世界。斐洛將可知世界的無形範型稱為邏各斯。這裏，邏各斯相當於神與世界的中介，是神賦予自然的規律：“這些作用，是在命定和規律下永恒不變地發揮作用的；這些命定和規律，是神把它們作為永恒不變的東西，擬定在他的宇宙之中的。”正是這種規律意義上的邏各斯，宇宙秩序中出現了周期性運動，這種神聖的邏各斯決定城市的興起和衰敗，決定民族的退化和新生，決定國家的強大和落後，它川流不息，永無休止。
基督教的創世紀：“太初有道，道與神同在，道就是神。”這裏的道，在斐洛看來就是邏各斯。從赫拉克利特的自然邏各斯到斯多亞學派的倫理邏各斯，現在又有了神聖邏各斯。與《舊約》相區別，斐洛的神不是從“無”中去創造世界的，而是按“規律”去創造世界的。再進一步，斐洛將邏各斯分為“內在的、無形的邏各斯”和“外在的、可感的邏各斯”；前者決定神的偉大城市，後者則決定人類之城。與此相對應，人也有雙重的存在：靈魂和肉體。對靈魂來說，肉體是監獄、棺柩、墳墓。靈魂必須擺脫肉體和感官的束縛，才能尋找到神的居所。因此，人必須在上帝的關懷和幫助下，將自身的美德和智慧，提升至高於他的可感存在，最後在迷狂中與神性之光融為一體。恩格斯指出，斐洛的理論已經包含著基督教全部的本質觀念——原罪、邏各斯（這個詞是神所有的並且本身就是神，它是神與人之間的中介），不是用犧牲而是把自己的心奉獻給神的懺悔……因此，斐洛“是基督教的真正父親。”
斐洛之後，生於埃及的普羅提諾（公元204—270年）將包含斐洛著作中的神秘主義發揮到一個新的階段。普羅提諾理論的核心是所謂“三一原理”。他認為世界的本原是“太一”，它是唯一的、絕對的，它超越精神和物質，無法言說和形容。“太一”的流溢產生第二原理——“心智”，這是對太一的沉思，是從“太一”中獲得的多樣性。這種多樣性的發展導致第三原理，即“靈魂”，靈魂是處於無形心智世界和有形的感覺世界的中間環節，它不可避免存在雙重性質，高等級的靈魂屬於非物質世界，低等級的靈魂屬於可見而可悲可恥的物質世界。人隻有擺脫物欲，才能與神同在。
我們一定要趕快脫離這個世界上的事事物物，痛恨把我們縛在這些事物上的鎖鏈，最後以我們的整個靈魂擁抱愛的對象，不讓我們有一部分不與神接觸。即便在這個世界裏，在肉體中間，我們也可能用這樣的方式來看神和我們自己，因為我們這樣看是合法的。我們看到自己沐浴在光明之中，充滿著靈明事物的光輝，甚至可以說充滿了光明本身，純淨，毫無重量，一直向上升。
與斐洛相似，普羅提諾的上升過程同樣具有濃重的思辨色彩，首先，通過理智靜觀的淨化，靈魂擺脫了可感世界的誘惑。其次，心智感受到多樣性世界背後的數字和諧與形式秩序。再次，心智期待“太一”的降臨並與之融為一體。這樣，猶太教的教義和古希臘哲學的方法結合，通過斐洛和普羅提諾的改造，發生了重要的變化。這種變化主要表現為從律法到信仰，從奇跡到神學。
但在斐洛和普羅提諾看來，敬仰上帝不僅是遵守律法，更重要的是要與上帝心靈相通，理解神聖的邏各斯，迎接“太一”的閃現，從而進入一種與神同在的境界。這些思想與保羅的格言“人稱義是因著信，不在乎遵行律法”一脈相通。唯有真誠的信仰方能與上帝溝通，個人隻有通過內心的祈禱和虔誠方能得救，隻要信仰上帝與耶穌的都可以成為基督教徒。外在的強製變為了內在的道德律令，這種道德律令轉變為了信仰，這對於西方的思想發展有著不可估量的影響。後來，馬丁·路德和加爾文就是以此為起點進行宗教改革，從中鍛造出新教倫理。